가. 피고는 토공사 및 주택건설 등을 목적으로 하는 건설회사로서 2010. 8. 30. 한국토지주택공사로부터 C 주택지구 조성공사(이하 ‘이 사건 도급공사’라고 한다)를 공사금액 23,346,779,138원에 도급받았다.

나. 원고는 토공사 및 상하수도 설비 공사 등을 목적으로 하는 건설회사이고, 2012. 6. 1. 피고와 사이에 원고가 2013. 3. 17.까지 이 사건 도급공사 중 토공, 우오수, 상수 및 구조물 공사(이하 ‘이 사건 하도급공사’라고 한다)를 완공하고 피고로부터 공사대금 6,543,607,000원을 지급받기로 하는 하도급계약을 체결하였다.

다. 원고와 피고는 여러 차례에 걸쳐 위 하도급계약을 변경하다가 최종적으로 2013. 9. 30. 공사기한을 2014. 3. 31.까지, 계약금액을 12,897,000,000원(= 공급가액 12,066,000,000원 부가가치세 831,000,000원)으로 변경하는 하도급계약(이하 ‘이 사건 하도급계약’이라고 한다)을 체결하였다. 라.

이 사건 도급공사의 부지 중에는 주택법 제2조 제3호 소정의 국민주택 건설을 위한 부지가 포함되어 있었다.

이에 피고와 한국토지주택공사는 이 사건 도급공사에 따른 총 공사비 중 이 사건 도급공사의 전체 부지 면적에서 국민주택부지 면적이 차지하는 비율에 해당하는 부분은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 ‘국민주택 및 그 주택의 건설용역’에 해당하여 부가가치세가 면제되는 것으로 판단하고, 이 부분에 대한 매출세액은 피고에게 납부의무가 없으므로 한국토지주택공사가 피고에게 이를 지급하지 않는 대신, 피고가 이 부분에 지출한 재료비 매입세액을 공제 내지 환급받지 못하게 되는 사정을 고려하여 한국토지주택공사가 이를 보전해 주고, 국민주택부지 면적비율을 제외한 부분에 대한 매출세액은 피고에게...

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