처분청은 청구법인이 1989.8.28 산업정책심의회의 의결에 따라 산업합리화 대상기업으로 지정되어 청구외 ㅇㅇ조선공업(주)를 흡수합병을 한 후 1994.10.4 합병등기(이하 “이건 합병등기”라 한다)를 하였으므로 법률 제4666호 조세감면규제법 부칙 제17조제1항 및 구조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 이전의 것, 이하 “구조세감면규제법”이라 한다) 제46조제1항(현행 조세감면규제법 제35조제4항)의 규정에 의거 등록세를 면제하고, 농어촌특별세 과세대상인 등록세의 과세면제세액(5,431,857,860원)에 농어촌특별세법 제5조제1항제1호의 세율(100분의 20)을 적용하여 산출한 농어촌특별세 1,195,008,720원을 1994.11.23 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 내연기관 및 동부품에 대한 제조·판매업 등을 영위하는 법인으로써 1989.8.28 산업정책심의회의 의결에 따라 산업합리화 대상기업으로 지정되어 이건 합병등기를 하고, 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제17조제1항에 따라 등록세를 면제받았는 바, 농어촌특별세법 제4조제12호에 의하면 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것은 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 동법시행령 제4조제6항제1호는 “법 제4조제12호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다”고 하면서 그 제1호에서 “ 조세감면규제법 제9조 내지 제13조, 제15조, 제43조 내지 제46조 ... 등에 의한 감면”을 규정하고 있으며, 또한 농어촌특별세법시행령 제4조제7항의 규정에 의하면 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세비과세대상으로 규정된 조세감면규제법 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당규정에 대하여 동법부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정”되어 있으므로 이건 합병등기에 대한 등록세 면제세액은 농어촌특별세 비과세대상에 해당됨에도 이건 농어촌특별세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 청구법인이 산업합리화 대상기업으로 지정되어 흡수합병 등기를 하면서 등록세를 면제받은 경우에 그 면제세액을 농어촌특별세 과세대상으로 보아 이건 농어촌특별세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

농어촌특별세법 제4조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고, 그 제12호에서 “기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하면서, 같은법시행령 제4조제6항에서 “법 제4조제12호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다”라고 규정하고, 그 제1호에는 “ 조세감면규제법 제9조 내지 제13조, 제15조 ... 의 규정에 의한 감면”이라고 규정하고, 같은법시행령 제4조제7항에서 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 법률 제4666호 조세감면규제법 부칙 제17조제1항에서 “이 법 시행전에 종전의 제47조의 규정에 의하여 산업합리화 대상으로 지정된 산업 또는 기업에 대하여는 당해 합리화 기준에 따라 종전의 제46조 ... 의 규정을 적용한다”라고 규정하고, 구조세감면규제법 제46조제1항에서 “산업합리화 대상으로 지정된 산업 또는 기업(생략)이 합리화 기준에 따라 합병을 하는 경우에는 등록세 및 취득세를 면제한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 1989.8.28 산업정책심의회의 의결에 따라 산업합리화 대상기업으로 지정된 후 청구외 ㅇㅇ조선공업(주)를 1994.10.4 흡수합병 등기한 사실과 처분청에서 이건 등기에 대하여 등록세를 면제한 후 등록세 면제세액을 과세표준으로 하여 이건 농어촌특별세를 1994.11.23 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 이건 합병등기는 1993.12.31 개정된 법률 제4666호 조세감면규제법 부칙 제17조제1항에서 “이법 시행전에 종전의 제47조의 규정에 의하여 산업합리화 대상으로 지정된 산업 또는 기업에 대하여는 당해 합리화 기준에 따라 종전의 제46조 ... 의 규정을 적용한다”라고 규정하고, 농어촌특별세법시행령 제4조제7항에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정되어 있으므로 이건 합병등기에 대한 등록세 면제세액은 농어촌특별세의 비과세대상에 해당된다고 주장하지만, 농어촌특별세법 제4조제12호 및 같은법시행령 제4조제6항제1호에 의하면 기술 및 인력개발 ... 등 국가경쟁력의 확보 등을 위하여 “ 조세감면규제법 제9조 내지 제13조, 제15조 ... 에 해당하는 경우” 농어촌특별세 비과세대상으로 규정하고, 같은조 제7항에는 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”라고 규정하고 있는 바, 위 규정을 종합하여 보면, “산업합리화 대상기업으로 지정되어 합병등기한 경우의 취득세와 등록세 감면세액은 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조제6항에서 비과세대상으로 규정되어 있지 아니한 이상 이를 근거로 한 같은법시행령 제4조제7항의 규정에도 해당되지 아니한다 할 것이므로 청구법인과 같이 “산업합리화 대상기업으로 지정된 기업이 합리화기준에 따라 합병하는 경우 조세감면규제법 제35조제4항(종전 제46조제1항)의 규정에 의한 등록세 및 취득세 면제분에 대해서는 농어촌특별세법시행령 제4조제7항의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세대상에 해당되지 아니하므로(재무부 기번 46070-263, 1994.11.16)” 처분청에서 청구법인의 이건 합병등기에 대한 등록세 면제세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과고지한 처분은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1995. 5. 23

내 무 부 장 관