가. 청구법인은 1975.3.17.부터 OOO에서건축공사 건설업을 영위하는 법인사업자로, 청구법인의 임대사업용 공장용지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 수 필지로 분할하여 매각하면서 2013.1.4. OOO주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)와 쟁점부동산에 대한 대수선공사계약을 체결한 후 2013.6.1. 청구외법인으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 OOO원(토지와 건물의 공급가액으로 안분계산, 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 토지와 관련된 매입세액으로 보아 불공제하여 2013년 제1기 부가가치세 예정신고를 하였다.

나. 청구법인은 2013.6.11. 쟁점세금계산서가 부동산의 양도와 관련된 것이므로 쟁점세액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 2013.8.19. 쟁점세금계산서가 건물을 철거하고 토지만을 매각하기 위한 것이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

사업용으로 사용하던 부동산을 일괄로 양도하는데 어려움을 겪던중 분할매수자가 나타나 분할 매매계약을 체결하였으며 매매조건에 따라 그 조건을 충족시키기 위하여 발생된 비용으로, 공사업체인 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 토지관련 매입세액이 아니고 사업용으로 사용하던 부동산의 양도와 관련하여 양도의 조건을 충족시키기 위하여 소요된 비용이며 토지의 취득이나 자본적 지출과 관련된 비용이 아니다.

나. 처분청 의견

청구법인은 부동산을 양도하기 위하여 대수선업무 중 하나인 토지에 정착된 건물철거 등을 해주는 조건으로 계약을 한 것이고, 청구외법인으로부터 지출한 철거에 관련된 비용은 부동산의 양도와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액이 아닌 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이며 건물 등의 철거를 통하여 토지의 매매가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 해당하므로 경정거부 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 매각을 위해 건물 철거공사 비용을 지출하고 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액이 토지와 관련된 매입세액인지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 청구외법인과 체결한 대수선공사 계약서에 의하면, OOO 토지에 대해 A, B, C, C1, D, E, F의 7필지로 분할하면서 3필지(D, E, F)에 대해서는 철골 및 판넬 설치공사를 실시하였고 다른 3필지(B, C, C1)에 대해서는 철거공사, 석면해체, 비계 및 분진망 공사 등을 실시하는 것으로 되어있으며, 특약사항을 보면 대수선공사 업무에는 신고, 허가, 철거, 측량, 분할, 멸실, 등기 등을 포함하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 매수인들과 체결한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 4필지(A, D, E, F)에 대한 매매계약서 특약사항에는 계약일 현재 매도인의 시설상태 그대로 인수하기로 하며, 통신, 상하수도, 소방설비공사 및 건물에 필요한 공사 등은 소유권이전 후 매수자가 부담하는 것으로 기재되어 있으나 다른 3필지(B, C, C1)에 대한 매매계약서에는 나대지 상태로 매매한다고 약정하고 있어 수 필지로 분할한 후 매각하거나 매각을 위해 토지에 정착된 건물을 철거해주는 조건으로 계약한 것으로 확인되고, 필지별 구체적인 매매계약 내역은 아래와 같다.

(단위 :m2)

(3) 청구법인이 제출한 2013년 제1기 부가가치세 신고서, 경정청구관련 자료 등에 의하면, 청구법인은 2013.6.11. 당초 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 쟁점세액을 전액 환급세액으로 경정청구를 한 데 대해 처분청은 이를 토지에 관련된 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였으며, 청구법인은 2013.7.25. 청구법인은 대수선 공사비 전액OOO에 대해 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2013년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세액이 철거공사 비용으로 쟁점부동산의 양도조건을 충족시키기 위한 것이므로 토지의 자본적 지출과 관련이 없어 매입세액 공제가 가능하다고 주장하나, 쟁점부동산의 건물을 철거하고 부지를 분할해 매각하기 위한 공사비와 관련된 쟁점세액은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당하여 토지의 취득 및 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 비용으로 보이는 바(조심 2012서3961, 2012.11.23. 같은 뜻임), 처분청이 쟁점세액을 토지에 관련된 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.