부가가치세경정거부처분취소
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
1. 처분의 경위
가. 원고는 부동산의 매매 및 임대업, 임대차관리업, 장례식장업 등을 목적으로 1979. 1. 6. 설립된 회사로서, 서울 강남구 B를 사업장소재지로 하여 2009. 6. 15. 개업하였다가 2012. 7. 31. 폐업하였다.
나. 원고와 의료법인 C(이하 ‘C’이라 한다)은 서울 강남구 B 대 1,060.1㎡ 및 지상 9층, 지하 2층 건물(이하 위 건물을 '이 사건 건물‘이라 하고, 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 원고 지분 30/100, C 지분 70/100의 비율로 공유하면서(정확히는 2009. 1. 23.까지는 원고 지분 32/100, C 지분 68/100의 비율로 공유하다가, 2009. 1. 23. 원고 지분 중 2/100가 C에 이전되었다), 2009. 6. 15.부터 2012. 7. 31.까지 기간 동안 당사자 사이의 합의에 따라 원고가 이 사건 건물의 2층을 임대용으로, C은 이 사건 건물 중 2층을 제외한 나머지 부분을 병원으로 각 사용하였다.
다. C이 2012. 6. 19. 학교법인 D(이하 ‘D’이라 한다)에 합병됨에 따라, 원고는 같은 날 이 사건 부동산에 관한 자신의 지분(30/100)을 D에 양도하였고, 원고와 C은 2012. 7. 30. 이 사건 부동산을 D에 인도하였으며, 2012. 8. 2. 이 사건 부동산에 대한 소유지분 전체에 관하여 D 앞으로 2012. 6. 19.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다. 라.
원고는 2012. 7. 31. 폐업신고를 하였고, 이 사건 건물에 관한 원고 지분의 양도(양도가액 2,138,490,960원)에 대하여 전자세금계산서를 발급하지 못한 채 종이세금계산서를 교부하였으며, 2012. 8. 17. 2012년 2기분 부가가치세 213,849,090원을 신고, 납부하였다.
마. 피고는 이 사건 건물에 관한 원고 지분의 양도에 대하여 전자세금계산서를 발급하지 않았다는 이유로 2015. 1. 20. 원고에 대하여 구 부가가치세법 2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하...