가. 원고는 2008. 1. 1. 임대인 B로부터 서울 강남구 C 소재 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 2 내지 7층을 임차하여 2 내지 4층에서는 고시원사업을 하고, 5 내지 7층에서는 원룸 및 투룸 임대사업(이하 ‘주택임대사업’이라 한다)을 하였는데, 과세관청에 고시원사업 부분에 대해서만 사업자등록을 하였다.

나. 당시 원고는 B와 사이에 이 사건 건물의 2 내지 4층에 관하여는 임대차보증금 5,000만 원 및 월차임 300만 원, 5 내지 7층에 관하여는 임대차보증금 3억 원 및 월차임 1,300만 원인 각 임대차계약서(이하 통칭하여 ‘이 사건 각 임대차계약서’라고 한다)를 작성하였다.

다. 2008년부터 2011년까지 원고의 고시원사업으로 인한 수입금액은 총 894,846,000원(2008년 209,697,000원, 2009년 241,707,000원, 2010년 238,802,000원 및 2011년 204,640,000원), 고시원사업 부분 임차료는 총 138,000,000원(2008~2010년 각 36,000,000원, 2011년 30,000,000원)이었고, 주택임대사업으로 인한 수입금액은 총 191,191,000원(2008년 45,882,000원, 2009년 44,670,000원, 2010년 53,894,000원 및 2011년 46,745,000원), 주택임대사업 부분 임차료는 총 598,000,000원(2008~2010년 각 156,000,000원, 2011년 130,000,000원)이었다. 라.

피고는 2014. 3. 20.부터 2014. 5. 22.까지 원고에 대한 종합소득세 세무조사를 실시한 결과 원고의 소득금액 중 일부가 신고 누락된 것을 발견하고 원고의 과세전적부심사청구에 대한 심사를 거쳐 2014. 8. 11. 원고에 대하여 2008~2012년 귀속 각 종합소득세 합계 217,686,510원의 부과처분을 하였다

(이하 ‘당초 처분’이라 한다). 마.

원고는 2014. 11. 5. 피고에게 주택임대사업 부분 임차료도 당해 소득금액에서 필요경비로 공제반영해달라는 취지로 당초 처분에 대한 이의신청을 제기하면서...