가. 서울특별시장은 2005. 7. 1. 사업시행자를 에스에이치 공사(이하 ‘SH공사’라고 한다)로 지정하여 서울 강동구 하일동 일대 911,429.4㎡를 강일지구 도시개발구역으로 지정하고 개발계획을 수립하였다.

나. 원고와 계룡건설산업 주식회사(이하 ‘계룡건설’이라 한다)은 공동으로 2005. 9. 5. SH공사와 사이에 강일지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 도시개발사업 단지조성공사에 관한 공사도급계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였는데, 전체 공사는 부지조성공사(택지개발지구 내 토목공사), 국민주택단지 밖의 사회기반시설공사(포장공사, 하천공사, 교량공사, 차도공사, 육교공사) 등으로 구성되어 있었다

(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 공사’라 하고, 이 사건 공사에 따라 제공된 용역을 ‘이 사건 공사용역’이라 한다). 다.

이 사건 사업지구 중 SH공사가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 구 주택법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3호의 ‘국민주택’의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되어 있는데, 당초 이 사건 계약은 이 사건 공사용역 전체가 부가가치세 과세대상인 것을 전제로 체결되었고, 원고는 이에 따라 부가가치세를 신고납부하였다.

그런데 서울특별시는 SH공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 2007. 8. 23. 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세’는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 SH공사에 위와 같은...

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