가. 원고는 지역개발사업 등을 통하여 경상남도 도민의 복지향상 및 지역사회발전에 이바지함을 목적으로 지방자치법 제146조 및 지방공기업법 제49조에 따라 경상남도가 100%로 출자하여 설립된 지방공기업이다.

나. 원고는 2001. 2. 28. 경상남도와 사이에 2000. 12. 1.부터 2010. 12. 31.까지 통행료를 징수할 수 있도록 창원터널 유로도로 관리운영에 관한 협약을 체결하였고, 2005. 9. 9. 경상남도와 사이에 창원터널의 통행료 요금인하(기존 1,000원에서 500원 인하)에 따라 징수기간을 2000. 12. 1.부터 2014. 7. 31.까지로 변경하는 협약을 체결하였다.

다. 경상남도는 2010. 10. 6.경 창원터널 통행료 무료화 시행을 추진함에 따라 기존 통행료 징수기간을 2014. 7. 31.에서 2010. 12. 31.로 단축하였고, 2011. 1. 1.부터 창원터널 통행료를 무료화 하였다. 라.

한편 원고는 2011년 사업연도 법인세 신고시 창원터널 유료도로 관리권 해지일(2010. 12. 31.)이후 원고가 지출한 창원터널 관련 비용 1,366,385,427원(= 수선비, 보험료, 인건비 등 지급액 1,094,842,427원 경상남도에 지급한 271,543,000원, 이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)을 손금으로 계상하였다.

마. 그런데 부산지방국세청장은 원고에 대한 세무조사결과 ① 원고가 경상남도와 체결한 협약상 창원터널 통행료 징수기간은 2014. 7. 31.까지로 되어 있었으나 통행료 무료화 조치로 인하여 징수기간이 2010. 12. 31.로 단축되어 투자비를 회수하지 못하게 되었으므로 미회수된 투자비 3,061,877,000원(회계법인 수지결산서상 자금기준 투자비 미회수액)에 대하여 경상남도로부터 회수 받아야 함에도 회수 받지 않은 것(이하 ‘① 쟁점‘이라 한다)과 ② 경상남도가 창원터널 통행료 무료화 비용을 부담하기로 하였음에도...

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