가. 피고는 2009. 11. 17. 원고에게 2009년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과고지하였고, 원고는 위 부과고지의 오류를 발견하고 2009. 12. 7. 종합부동산세법 제16조 제3항에 따라 종합부동산세액을 13,980,244,580원으로, 농어촌특별세액을 2,796,048,900원으로 수정신고하였다.

나. 원고는 위 수정신고에 따라 2009. 12. 15. 1차분 종합부동산세 6,990,122,290원 및 농어촌특별세 1,398,024,450원을, 2010. 2. 16. 2차분 종합부동산세 6,990,122,290원 및 농어촌특별세 1,398,024,450원을 각 납부하였다.

다. 이후 피고가 2012. 6. 25. 일부 토지 면적을 조정하여 종합부동산세 27,086,870원 및 농어촌특별세 5,417,370원을 환급함에 따라 2009년 귀속 종합부동산세액은 13,953,157,710원 13,953,157,710원 ( = 13,980,244,580원 - 27,086,870원) 으로, 농어촌특별세액은 2,790,631,530원 2,790,631,530원( = 2,796,048,900원 - 5,417,370원) 으로 감액되었다. 라.

피고는 위 부과고지에 관하여 종합부동산세법(2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 이후에는 이 사건 쟁점에 관하여 같은 내용이 유지되고 있으므로, 위 개정 이후의 법을 이하 ‘개정법’이라 한다.) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항에 따라 종합부동산세액을 계산하면서, 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 이후에는 이 사건 쟁점에 관하여 같은 내용이 유지되고 있으므로, 위 개정 이후의 시행령을 이하 ‘개정 시행령’이라 한다.) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항 및 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세...

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