부가가치세법시행령 제17조 제2항(개정 전)

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1989. 7.경 ○○○ ○○○구 ○○○동 ○○○-○○○ 토지와 그 지상 3층 건물(이하 이 사건 건물이라 한다)의 소유권을 취득하여 간이과세자로 신고한 후 이 사건 건물을 이용하여 부동산임대업을 해오던 중 임대수입금액이 간이과세기준을 초과하자 2000. 7.경부터는 일반과세자로 과세유형을 전환하여 사업을 계속하여 오다가 2001. 11. 15. ○○○에게 이 사건 건물 및 그 부지를 대금 360,000,000원에 매도하면서 이 사건 건물에 관한 원고와 임차인들 사이의 모든 임대차관계를 ○○○로 하여금 승계하게 하였다.

나. ○○○는 2001. 12. 21. 이 사건 건물 및 그 부지에 관하여 그 명의로 소유권이전등기를 경료하고 그 무렵 간이과세자로 신고한 후 역시 이 사건 건물을 이용하여 부동산임대사업을 하였다.

다. 피고는 2004. 3. 3. 이 사건 건물의 양도가 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급에 해당한다고 판단하여 이 사건 건물의 공급가액을 위 매매대금 360,000,000원에 대하여 이 사건 건물 및 그 부지의 각 감정평가가액의 비율에 따라 안분 계산한 81,820,979원으로 결정하여 원고에 대하여 2001년 2기분 부가가치세 12,972,710원을 추가로 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

2. 원고의 주장과 그에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고는, 그가 ○○○에게 이 사건 건물과 그 부지를 양도한 것은 그 임대차관계를 포함하여 양도한 것이어서 이는 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 및 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항에 의하여 재화의 공급으로 보지 아니하는, 따라서 부가가치세의 부과대상이 되지 아니하는 '사업의 양도'에 해당되고, 비록 위 시행령 제17조 제2항이 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니하는 '사업의 양도'에서 제외하고 있고, 양수인인 ○○○가 간이과세자로 신고하였다 하더라도, 이 사건 건물을 이용한 부동산임대업은 그 임대수입이 간이과세기준을 초과하여 일반과세대상인 사업에 해당하므로, ○○○의 간이과세자 신고에도 불구하고, 이 사건 사업양도는 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도한 경우에 해당되지 아니한다고 할 것이고, 뿐만 아니라 원고는 처음 이 사건 건물의 임대업을 시작할 때 간이과세자로 신고하여 매입세액공제를 받지 아니하였고, 2001. 7.경 일반과세자로 전환될 당시에도 재고물품에 대한 매입세액공제를 받지 아니하였으므로, 원고에 대하여는 이 사건 건물의 양도에 따른 부가가치세를 부과하지 아니하는 것이 위 시행령 규정의 입법취지에 부합하는 것이라 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 원고는 또, 가사 이 사건 건물의 양도가 위 시행령 규정상의 부가가치세 비과세대상인 '사업의 양도'에 해당되지 아니한다고 하더라도, 원고와 ○○○는 이 사건 양도 당시 이 사건 건물의 매매가격을 60,000,000원으로 정하였고, 위 시행령 제49조 제1항 제1호도 과세기간이 10기(5년) 경과된 건물의 시가를 0원으로 보고 있는데, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 이 사건 건물 및 그 부지의 시가에 관하여 소급감정을 한 다음 그 감정평가가액의 비율에 따라 이 사건 건물의 공급가액을 81,820,979원으로 정한 것은 위법하다고 주장한다.

나. 판단

(1) 원고의 위 (1) 주장에 대한 판단

부가가치세법 제6조 제6항 제2호 및 구 부가가치세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항은 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급에 해당되지 아니하는 것으로 보되, 다만 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우는 제외한다고 규정하고 있는바, 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고는 이 사건 건물 및 그 부지를 ○○○에게 양도하면서 임대차관계도 모두 승계시켰으므로, 이는 위 시행령 소정의 '사업의 양도'에 해당한다고 할 것이다.

그런데 위 시행령 규정에서 사업의 양도를 부가가치세의 비과세대상으로 한 것은, 일반적으로 사업의 양도는 유기적으로 결합된 인적, 물적 시설이 포괄적으로 양도됨으로써 사업의 동일성은 유지되면서 경영주체만 바뀌는 것이어서 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세법상의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니하고, 또 그 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 과세실익이 없음에도 이와 같은 거래에 대하여 매출세액을 징수하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되므로 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 필요성 때문이고, 한편 위 규정에서 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 부가가치세 비과세대상에서 제외한 것은, 일반과세자가 간이과세자에게 양도하는 경우에는 양수인인 간이과세자가 발생시키는 매출세액이 양도인인 일반과세자의 공제 매입세액보다 적어서 양도인에게 부가가치세를 부과하여야 할 과세실익이 있기 때문이라 할 것이므로, 비록 이 사건 건물의 임대수입이 간이과세기준을 초과한다고 하더라도, 사업의 양수인인 ○○○가 간이과세자로 신고한 이상 피고가 이를 즉시 일반과세자로 전환시킬 수 있는 법적 수단이 마련되어 있지 아니한 상태에서는(위 시행령 제74조의2 제1항 단서에 의하면, 신규사업자의 경우 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 전환이 가능하다), 원고의 이 사건 건물 등의 양도는 위 시행령 규정이 정하는 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도한 것에 해당되어 부가가치세 과세대상이 된다고 할 것이다.

나아가 원고가 사업을 개시하면서 간이과세자로 신고하여 매입세액공제를 받지 아니하고, 일반과세자로 전환하면서도 재고물품 등에 대한 매입세액공제를 받지 아니하였다 하더라도, 위와 같은 사정만으로는 부가가치세 비과세대상이 된다고 할 수 없다.

(2) 원고의 위 (2) 주장에 대한 판단

부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액이 구분이 불분명한 경우 감정평가가액이 있으면 그 감정평가가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다.

그러므로 먼저 원고와 ○○○ 사이에 약정한 이 사건 건물 및 그 부지의 매매대금 360,000,000원 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한지 여부에 관하여 살피건대, 갑 제4호증의 기재에 의하면 위 매매대금 360,000,000원 중 이 사건 건물의 가액이 60,000,000원이고, 그 부지의 가액이 300,000,000원이라는 취지의 ○○○ 명의의 확인서가 피고의 직원에게 제출된 사실은 인정되나, 위 확인서는 위 매매계약이 있은 때로부터 2년 이상이 경과된 2004. 2. 18. 작성된 것인 점, 원고는 이 사건 건물 및 그 부지의 각 가격이 구분되어 있다는 점을 가장 직접적으로 입증할 수 있는 ○○○와의 매매계약서를 제출하지 아니하고 있는 점 등에 비추어 보면, 갑 제4호증의 기재는 믿기 어렵고, 달리 위 매매대금 중 이 사건 건물의 가액과 그 부지의 가액을 구분할 증거가 없다.

한편 원고가 들고 있는 위 시행령 제49조 제1항 제1호는 자가공급 등에 대한 과세표준에 관한 규정으로서 이 사건 건물의 양도에 따른 부가가치세의 과세표준에는 적용될 수 없는 규정이다.

따라서 피고가 위 매매대금 중 이 사건 건물의 가액과 그 부지의 가액의 구분이 불분명하다고 판단하여, 감정평가가액에 비례하여 이 사건 건물의 실지거래가액을 계산한 것은 위 시행령 규정에 따른 것으로 적법하다고 할 것이므로, 이를 탓하는 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.