소송비용은 피고의 부담으로 한다.

2. 피고는 위 과세사유 및 관계법령을 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 첫째로 피고가 원고 회사가 매입기장을 누락시켰다고 인정한 1984년도분 커피두 37,140kg과 1985년도분 커피두 13,992kg은 위 회사의 대표이사인 소외 박치홍이 원고 회사의 이름만 빌려 자신의 계산으로 개인적으로 수입하여 시중에 판매한 것으로서 원고 회사와는 무관한 것임에도 이를 원고회사가 매입한 것으로 본 것은 부당하고, 더구나 1984년도에 공관 350,190개의 매입기장이 누락되었다고 하여도 원·부자재를 투입하여 제품화시켜 매출하였다는 아무런 증거 없이 1984년도에는 캔커피 333,133개 금 70,719,870원 상당의 매출이 기장누락되고, 1985년도에는 레귤러커피 11,553kg 금 37,448,050원 상당의 매출이 기장누락되었다고 간주하여 이를 익금산입함은 부당하고, 둘째로 피고는 원고 회사에 비치된 장부와 실제 제품수불부를 조사 비교하여 1983년도분 매출누락액 104,781,788원, 1984년도분 매출누락액 63,849,829원을 각 적출하였다고 하나 위의 실제 제품수불부란 사실상 출처를 알 수 없는 제보자료에 불과하여 그 진정성립 내지는 신빙성을 인정할 수 없으니 이를 근거로 매출누락액을 산출한 것은 부당하며, 셋째로 원고 회사가 1983년도 1기분 부가가치세의 신고 당시 면세제품인 커피두의 투입비용에 관하여 금 1,189,136원의 의제매입세액공제신고를 한 데 대하여 피고가 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서를 적용하여 그 공제를 부인하였으나 위 시행규칙의 규정은 무효이므로 위 공제부인은 부당하며, 넷째로 피고가 원고 회사 대표이사 박치홍에 대하여 상여처분한 금 415,565,174원에는 특별소비세, 방위세, 부가가치세 등 간접세가 합계 금 138,765,637원 포함되어 있고 원·부자재의 투입비용이 대응원가로 손금처리되지도 아니하였으니 위 금액 전액을 상여처분한 것은 부당하고, 다섯째 1984.5월부터 같은 해 12월까지 자가 소비된 제품 1,089,357kg에 대한 특별소비세의 추징에 있어서 kg당 단가를 2,252.45원으로 신고하였음에도 근거 없이 단가를 3,283원으로 적용하여 세액을 결정, 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

그러므로 우선 원고의 위 첫째 주장에 관하여 살피건대, 을 제18호증의 2 내지 17, 을 제19호증의 2 내지 11, 을 제20호증의 2 내지 11의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 1984년도에 원고 회사가 매입한 캔커피공관 350,190개의 매입기장이 누락되고 원고 회사 명의로 수입된 1984년도분 커피두 37,140kg 및 1985년도분 커피두 13,992kg의 매입기장이 누락된 사실은 인정되나 위와 같이 공관이나 커피두의 매입기장이 누락된 사실만으로 1984년도에 캔커피 333,133개가 추가매출되고 1985년도에 레귤러커피 11,553kg이 추가매출되어 그 기장이 누락되었다고 단정할 수는 없다 할 것이고 달리 위와 같은 매출누락사실을 인정할 증거도 없으니 원고의 위 주장은 이유 있다.

다음 원고의 둘째 주장에 관하여 보건대, 을 제1호증의 16, 을 제3호증의 15의 각 기재와 증인 이가강의 증언을 종합하면 피고는 당초성명불상의 제보자가 제출한 을 제27호증 등 제보자료와 원고 회사에 비치된 장부를 비교하여 원고 회사의 1983년도분 매출액 중 104,781,788원이, 1984년도분 매출액 중 63,849,829원이 각 기장누락된 것으로 조사 적출하여 원고 회사의 대표이사 소외 박치홍에게는 제보자료를 충분히 제시하지도 아니하고 이에 대한 확인서(을 제1호증의 21 내지 24)를 작성받은 후 이를 매출누락액으로 확정하여 익금산입함으로써 이 사건 과세처분을 한 사실이 인정되는바, 위 을 제27호증은 1983년도분에 한한 자료(매출처원장)이고 그 작성자가 불명으로서 진정성립을 인정할 자료가 없을 뿐 아니라 아무런 결재인도 찍혀 있지 아니하는 등 그 문서의 형식과 내용에 비추어 이를 원고 회사의 장부로 보기 어려워 과세처분의 자료로 삼을수 없다 할 것이고, 을 제1호증의 21은 피고가 제보자료를 충분히 제시하지도 아니한 채 대표이사에게 날인을 요구하여 작성한 문서이니 이는 독립하여 과세근거가 될 수 없다 할 것이고, 그 밖에 피고는 위 매출누락을 인정한 과세자료로 을 제22 내지 25호증, 을 제26호증, 을 제28호증의 1, 2, 을 제29, 30, 32호증을 제출하고 있으나 을 제22, 24, 25호증, 을 제28호증의 1, 2는 모두 위 을 제27호증을 근거로 작성한 집계표에 불과하고, 을 제26호증의 1 내지 973, 을 제30,32호증은 원고 회사의 1983-1984년도분 출하지시서, 매출결의서철이고, 을 제29호증은 위 매출결의서 등의 집계표인바, 동 매출결의서에 의한 매출금액은 앞서 피고가 이 사건 매출누락금액으로 조사 적출한 확인서상의 금액과 상호 연관성이 없을 뿐 아니라 이로써 그 매출누락 부분을 특정하여 금액을 확정할 수도 없으니 위 확인서와 위 매출결의서 등을 종합하여도 피고가 주장하는 위 매출기장누락사실은 인정할 수 없다 할 것이고 달리 이를 인정할 만한 증거도 없으므로 원고의 위 주장도 이유 있다.

다음 원고의 위 셋째 주장에 관하여 살피건대, 부가가치세법 제17조 제3항 은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물 등을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고, 이에 따라 동 시행령 제62조 제1항 은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 공제하도록 규정하고, 재무부령인 동 시행규칙(1984.5.1. 부령 제1609호로써 개정되기 전의 것) 제19조 제1항 본문은 그 율을 110분의 10(수출에 공하는 경우는 105분의 5)으로 정하고 그 단서에서 다만 별표 3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 부가가치세법 제17조 제3항 은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산방법만을 시행령에 위임하였고 동 시행령 제62조 제1항 도 공제하여 할 의제매입세액이 존재 할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼 것임에도 불구하고, 위 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은 항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동 시행령에 위반되는 무효의 건이라 할 것이고 따라서 원고 회사의 우 의제매입세액공제신고에 대하여 위 시행규칙 제19조 제1항 단서를 적용하여 그 공제를 부인한 피고의 위 과세처분은 위법하고 이 부분 원고의 주장 역시 이유있다 할 것이다.

3. 그렇다면 위 매입기장누락으로 인하여 1984년도분 70,719,807원, 1985년도분 37,448,050원의 각 매출기장누락이 되고, 그 외에 1983년도분 104,781,788원, 1984년도분 63,849,829원의 각 제품매출기장이 누락되었음을 전제로 하고 또 1983년도 1기분 부가가치세액에 대하여는 부당하게 의제매입세액의 공제를 부인하여 산출한 이 사건 법인세, 부가가치세, 특별소비세, 방위세 및 갑종근로소득세의 각 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살필 것 없이 위법하다 할 것인즉 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 지홍원(재판장) 김선중 이길수

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