가. 원고는 2006. 3. 30. 대구광역시 도시개발공사로부터 공장 신축 목적으로 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다)에 의하여 지정된 달성2차 지방산업단지 내 대구 달성군 구지면 내리 852-4 공장용지 13,082.8㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 1,255,948,800원에 분양받아 2008. 5. 29.까지 위 분양대금을 모두 완납한 후 2008. 6. 20. 자신 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2008. 6. 13. 피고에게 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항에 따라 이 사건 토지의 취득세, 등록세의 면제신청을 하여 이를 모두 면제받았다.

다. 그 후 원고는 2010. 1. 4. 피고로부터 이 사건 토지상에 일반철골구조 지상 2층 공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)의 신축허가를 받고, 2010. 4. 1. 착공하여, 2011. 8. 25. 피고로부터 사용승인을 받았으며, 2011. 9. 21. 이 사건 공장에 관하여 자신 명의로 소유권보존등기를 마쳤다. 라.

피고는 2013. 2. 14. ‘원고가 이 사건 토지를 취득한 날로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하였다’는 이유로 원고에게 구 지방세법 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정된 지방세법 부칙 제5조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면한 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로, 종전 규정에 따라 감면한 지방세를 추징하는 이 사건에는 구 지방세법이 적용된다.

제276조 제1항 단서에 따라 과세예고를 통지하였다.

원고는 이에 불복하여 2013. 3. 12. 과세전적부심사를 청구하였으나 대구광역시장은 2013. 4. 1. 불채택 결정을 하였다.

마. 피고는 2013. 4. 12. 원고에게 별지 목록 ...

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