2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 원고에게 00,000,000원 및 이에 대하여 2013. 0. 0.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

가. 원고는 '과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립・운영 및 육성에 관한 법률'에 따라 기계분야의 산업원천기술 개발 및 성과확산, 신뢰성평가, 시험평가 등을 주된 목적으로 설립된 정부출연연구기관이다.

나. 이BB은 원고 부설 연구소의 직원으로 스폰지티타늄 제련기술 관련 8건의 발명의 발명자이고, 원고는 위 8건의 발명에 대한 권리를 승계하여 특허(이하 '이 사건 특허'라 한다)를 취득한 특허권자이다.

다. 원고는 2009. 6. 이 사건 특허에 관하여 주식회사 옥CCCCCC와 기술이전계약을 체결하고 그 대가로 0억 0,000만 원을 지급받은 다음 내부규정인 '지식재산권 관리규정'1), '기술이전 운영요령'2) 등에 따라 위 특허의 발명자인 이BB에게 2009. 0. 0. 보상금으로 0억 0,000만 원을 지급하였는데(이하 '이 사건 보상금'이라 한다), 그 중 0,000만 원에 대하여는 과세대상 소득으로 보아 소득세를 원천징수하였으나, 나머지 0,000만 원에 대하여는 비과세소득으로 보아 소득세를 원천징수하지 않았다.

라. 그런데 DDD원은 원고와 같은 비영리기관이 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 실시하는 대가로 기술료를 징수하여 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 발명진흥법상의 직무발명보상금과 성격이 다른 과세대상소득에 해당한다고 보아 2011. 0.경 000장에게 그 성과급 등에 소득세를 징수하도록 통보하였다.

마. 이에 따라 00세무서장은 2013. 0. 0. 원고에게 이BB의 보상금에 관한 근로소득세 00,000,000원을 경정・고지하였고(이하 '이 사건 과세처분'이라 한다), 원고는 위 과세처분에 대하여 특별히 다투지 않고 세금을 납부하였다.

바. 한편 원고와 같은 정부출연연구기관인 한국FFF원, 한국RRR원 등도 원고와 마찬가지로 기술 이전에 따른 대가의 일부를 기술개발에 참여한 연구원에게 보상금으로 지급하면서 소득세를 원천징수하여 납부하지 않았는데, 이들 기관의 관할 세무서장 역시 위 라.항과 같은 경위로 위 각 기관에 소득세등 부과처분을 하였다. 그런데 이들 기관은 그 소득세등 부과처분에 불복하여 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고, 이에 대하여 법원은 위와 같이 지급된 보상금은 발명진흥법 제15조에 의한 직무발명보상금이고, 이는 소득세법 제12조 제5호 라목 1) 소정의 비과세대상 기타소득에 해당하므로 이에 대한 소득세등 부과처분은 위법하다는 이유로 그 처분을 취소하는 판결을 하였으며 그 판결은 2015. 0.경 최종 확정되었다.

사. 유사 사건에서 위와 같이 소득세 등 부과처분이 판결에 의하여 취소되자 이BB은 2015. 0. 00. 00세무서장에게 이 사건 보상금 중 0,000만 원에 대하여 납부한 소득세를 환급하여 달라는 취지의 고충민원신청을 하였다. 00세무서장은 위 고충민원신청을 받아들여 2015. 0. 00. 이BB에게 00,000,000원을 환급하는 경정결정을 하고 위 금액을 환급하여 주었다.

아. 한편 원고는 2015. 0. 00. 00세무서장에게 이 사건 과세처분의 경정을 구하는 경정청구를 하였으나 00세무서장은 2015. 0. 00. 경정청구 신청기한 경과를 이유로 각하하는 결정을 하였다.

2. 주장과 판단

가. 원고 주장의 요지

이 사건 과세처분은 법령의 근거 없이 이루어진 처분으로 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효이므로 피고는 원고에게 위 처분에 따라 징수한 소득세 00,000,000원을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

나. 판단

1) 살피건대 종업원등이 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 직무발명보상금을 받을 권리를 가지고[발명진흥법(2013. 7. 30. 법률제11960호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항], 직무발명보상에 대하여 계약이나 근무규정에서 정하고 있는 경우 그에 따른 보상이 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준을 정할 때 사용자등과 종업원등 사이에 행하여진 협의의 상황, 책

정된 보상기준의 공표・게시 등 종업원등에 대한 보상기준의 제시 상황, 보상형태와 보상액을 결정할 때 종업원등으로부터의 의견 청취 상황 등을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 직무발명보상으로 보는 점(같은 조 2항), 또한 원고의 내부규정인 '지 식재산권 관리규정' 제3조 제1항에서 원고가 정관과 고용계약서의 규정에 따라 발명자의 직무발명에 대한 특허를 받을 수 있는 권리 또는 특허권을 승계하는 것으로 정하되, 같은 규정 제23조에서 원고는 특허권의 양도, 전용실시권 설정 또는 통상실시권의 설정 등으로 수입이 발생하였을 경우에는 인센티브지급규정에 따라 실시보상금을 인센티브로 발명자에게 지급한다 고 규정하고 있으며, '기술이전 관리요령' 제12조 제1항제2호에서 정부 법령 등에 기술료 사용이 명시된 경우 외에는 연구개발 참여 연구원에 대한 보상금으로 기술료 징수액의 50% 이상을 지급하도록 정하고 있는 점과 앞서 본바와 같은 이 사건 보상금이 지급된 경위 및 그 액수를 종합하여 보면, 이 사건 보상금은 원고 소속 종업원인 이BB이 지식재산권 관리규정 제3조에 따라 원고에게 직무발명에 대한 권리 등을 승계하여 주고, 이를 원인으로 하여 같은 규정 제23조 등에 따라 지급받은 실시보상금으로서, 그 성격이 발명진흥법 제15조에 의한 직무발명보상금이라 봄이 타당하다. 그리고 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제5호 라목 1)에서 '종업원이 「발명진흥법」 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금'을 소득세를 과세하지 않는 비과세소득으로 정하고 있으므로, 이 사건 보상금에 소득세를 부과한 이 사건 과세처분은 하자 있는 위법한 처분이라 할 것이다.

2) 그런데 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결, 판결 등 참조).이 사건에서 원고를 관할하는 00세무서장은, 원고와 같은 비영리기관이 연구개발과제 결과물의 실시 대가로 징수한 기술료를 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급등이 발명진흥법상의 직무발명보상금과 성격이 다른 과세대상소득에 해당하므로 소득세를 징수하여야 한다는 DDD원의 소득세법 해석 및 지적에 따라 이 사건 보상금에 대한 이 사건 과세처분을 한 것으로 보이는 점, 정부출연연구기관 소속 연구원이 개발한 결과물에 대하여 해당 연구기관이 취득한 권리의 성질과 그 권리의 실시 대가로 징수한 기술료를 참여연구원에게 지급한 경우 참여연구원이 지급받은 금원에 적용되는 소득세법 규정에 관한 법리가 이 사건 소득세 과세처분 전에 다툼의 여지가 없을 정도로 이미 확립되어 있었던 것으로 보이지 않는 점, 원고가 이BB에게 지급한 0억 0,000만원 중 이 사건 과세처분의 대상이 된 0,000만 원이 발명진흥법 및 원고의 내부 규정에 따른 정당한 직무발명 보상범위 내에 있는지 여부도 사실관계를 보다 정확히 조사해 보아야만 확인될 수 있는 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 과세처분에 대하여 전혀 불복하지 않고 그 세금을 납부하였다가 그로부터 2년여가 지난 후 유사 사례에서 위와 같이 과세처분이 위법하다는 판결이 확정되자 비로소 경정청구를 하는 등으로 대응하였는바, 원고에게도 이 사건 과세처분의 하자가 명백하지는 않았던 것으로 보이는 점 등의 사정을 고려해 보면, 앞서 본 바와 같은 이 사건 과세처분의 하자는 중대하고도 명백하다고 할 수 없어 이 사건 과세처분이 당연무효라고 볼 수는 없다.

3) 원고는 그 외 ① 이 사건 보상금 중 0,000만 원에 대하여 부과된 소득세에 대하여 00세무서장이 이BB의 고충민원신청을 받아들여 그 소득세를 환급하는 경정결정을 하였고, ② 나머지 0,000만 원에 대하여는 관할 세무서의 요구에 따라 경정청구 형식으로 환급을 구하였는데 이를 고충민원신청과 달리 취급할 이유가 없으며, ③ 관할 세무서장은 위 0,000만 원 소득 관련 경정청구에 대하여 부과제척기간 경과를 이유로 각 하하였는데, 위 경정청구는 부과제척기간 경과 전에 제출되었으므로 위 각하처분을 위법, 무효로 보아야 하므로, 피고는 원고에게 원고가 납부한 소득세 00,000,000원을 부당이득으로 반환하여야 한다는 취지의 주장도 한다.

그러나 이 사건 보상금 중 일부에 대하여 납부한 소득세에 대한 고충민원이 받아들여져 환급하는 경정처분이 있었다고 하더라도 나머지 보상금에 대한 소득세 과세처분이 당연히 무효로 된다고 볼 수 없고, 위 나머지 보상금에 관련된 이 사건 과세처분에 대한 경정청구는 부과제척기간 경과를 이유로 한 것이 아니라 경정청구기간 경과를 이유로 각하된 것으로 보일 뿐이며, 달리 위 각하결정을 무효라고 볼만한 사정도 없다. 그러므로 위와 같은 사유를 들이 피고가 원고에게 이 사건 과세처분에 따라 징수한 소득세 00,000,000원을 부당이득으로 반환하여야 한다는 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.