가. 원고는 2009. 7.경 한국도로공사와 사이에 한국도로공사가 발주하는 ‘고속국도 제65호선 동해고속도로(주문진~속초간) 제7공구 건설공사’(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)와 관련하여 원고가 그 권리를 보유한 ‘프리스트레스트 합성트러스 보 및 그의 제조방법’에 관한 특허(등록번호 제10-0423757호, 이하 ‘이 사건 특허’라 한다)발명을 사용하기로 하는 내용의 신기술 사용 협약을 체결하였다.

나. 한국도로공사는 2009. 9. 10. 피고와 한신공영 주식회사(이하 ‘한신공영’이라 한다)를 공동수급자(지분율: 피고 64%, 한신공영 36%)로 하여 이 사건 공사에 관한 도급계약을 체결하였다.

다. 원고는 2012. 8. 23. 피고와 사이에 이 사건 공사 중 척산 1, 2교의 공사와 관련하여 피고에게 이 사건 특허에 관한 통상실시권을 부여하고, 위 공사를 진행하는데 필요한 기술지원을 하는 내용의 통상실시권 설정 등 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

제3조(통상실시권의 범위) ① 피고는 척산 1, 2교에서 이 사건 특허에 대한 통상실시권을 갖는다.

② 피고는 이 사건 특허에 의거하여 척산 1, 2교 교량 상판 구조물의 공사를 시공할 수 있다.

제4조(통상실시권의 설정기간) 피고는 계약일로부터 척산 1, 2교의 시공 기간 동안 이 사건 특허에 대한 통상실시권을 갖는다.

제5조(특허 사용료 및 기술료) ① 피고는 이 계약 체결 이후 척산 1, 2교 공사 시공건을 담보로 특허권 사용료 500,000,000원을 계약일로부터 30일 이내에 원고에게 지급하고, 기술지원비 500,000,000원을 공사 기성율에 준해 원고에게 지급한다.

② 제1항의 기술지원비는 피고가 기성금을 지급받은 날로부터 15일 이내에 지급하여야 한다....