2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. ○○산업개발 주식회사와 ○○개발산업 주식회사는 1998. 11. 18. 철도청장과 사이에 국유철도의 운영에 관한 특례법에 따라 서울 용산구 ○○로 3가 40-1 등 약 280,000㎡ 지상에 역무시설 및 부대시설을 구비한 종합역사시설을 건설하고, 이를 관리 · 운영하는 사업인 '용산역세권개발 1단계(민자역사) 사업(이하 이 사건 민자역사사업이라 한다)을 추진하기로 하되, 사업시행 방법으로 먼저 출자회사를 설립하여 민자역사의 건설 및 운영을 담당하게 하고 역무시설은 준공과 동시에 철도청에 무상으로 귀속시키기로 하는 내용의 사업추진협약(이하 이 사건 사업협약이라 한다)을 체결하였다.

이 사건 사업협약 제12조, 제13조에는 출자회사가 설치하는 시설물 중 역무시설과 기타 국유철도사업에 직접 필요로 하는 시설은 준공과 동시에 철도청 소유로 무상귀속시키고, 본 사업의 시설 중 상업시설의 업종내용 및 배치와 운영은 출자회사로 하여금 하게 한다고 규정되어 있다.

나. 원고는 1999. 1. 16. 이 사건 사업협약에 따라 출자회사로 설립되었고, 2000. 1. 24. 건설교통부장관으로부터 고속철도건설촉진법 제4조 제2항의 규정에 의하여 이 사건 민자역사사업의 사업시행자로 지정되었으며, 2000. 12. 30. 이 사건 민자역사사업의 실시계획에 대하여 같은 법 제7조 제1항에 의한 승인을 받은 후, 2001. 12. 15. 및 2002. 12. 17. 같은 법 제7조 제5항에 의한 실시계획의 변경승인을 받았다.

이 사건 민자역사사업 실시계획의 내용은 다음과 같다.

건물명

건축면적(㎡)

연면적(㎡)

층수

고속철도역사 및 상업시설

54,936,68

262,143,41

지하3, 지상9

종합건설사업소

841.24

7,812.65

지하1, 지상10

군사시설

507.90

2,198.83

지하1, 지상5

합계

56,285.82

272,154.89

사업시행기간 : 2001. 1. ~ 2005. 9. (단, 역무시설은 2003. 10.)

다. 원고는 이 사건 민자역사사업 실시계획대로 지하 3층과 지상 5층의 용산역사 역무시설 부분을 우선 완공한 후 2003. 12. 24. 고속철도건설촉진법 제14조 제4항에 따라 건설교통부장관으로부터 준공 전 사용허가를 받고, 그 무렵 철도청에 용산역사 역무시설에 관하여 공급가액 46,780,808,006원의 세금계산서를 발행하였으며, 철도청은 2003. 12. 28.부터 용산역사 역무시설을 관리·운영하고 있다.

라. 원고는 2003년 제2기분 부가가치세를 신고함에 있어 공급가액 46,780,808,006원인 용산역사 역무시설 매출액을 과세표준에 산입하여 매출과세표준 46,804,208,006원에 대한 매출세액을 4,680,420,801원으로, 매입세액을 5,579,969,216원으로 신고하여, 899,548,415원을 환급받았다.

마. 원고는 용산역사 역무시설이 위 부가가치세 과세기간 중에 시행되던 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것) 제105조 제3호의 2(이하 이 사건 영세율 조항이라 한다) 소정의 부가가치세 영세율 적용대상이라는 이유로, 2005. 2. 21. 피고에게 2003년 제2기분 매출과세표준 중 용산역사 역무시설의 공급가액 46,780,808,006원에 대하여 영세율을 적용하여 그 부분에 대한 부가가치세 4,678,080,801원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2005. 3. 28. 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 이 사건 거부처분이라 한다)을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 제2호증의 1, 2, 제3호증의 1 내지 8, 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 제6호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

원고가 이 사건 민자역사사업 시행자로 지정될 당시의 민간투자법에서는 철도시설을 사회간접자본시설로 규정하고 있지 않았기 때문에 원고는 고속철도건설촉진법에 따라 사업시행을 하였을 뿐이다. 고속철도건설촉진법과 민간투자법에 정한 사업시행방식은 완전히 동일하고, 원고가 용산역사 역무시설을 국가에 공급하기 직전인 2003. 7. 29. 민간투자법 제2조 제1호 오목에 "철도산업발전기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 철도시설"이 신설되어 용산역사 역무시설도 민간투자법이 정한 사회간접자본시설에 해당하게 되었다. 이 사건 영세율 조항은 사회간접자본시설의 공급 방식만을 규정하고 있을 뿐 공급자를 민간투자법이 정한 사업시행자에 한정하고 있지는 아니하므로, 원고의 용산역사 역무시설을 공급에 대하여 이 사건 영세율 조항이 적용되어야 한다.

2) 피고

원고는 민간투자법에 의한 사업시행자로 지정받은 자가 아니고 단순히 사회간접자본시설을 기부채납한 사업자일 뿐이므로, 용산역사 역무시설의 공급은 이 사건 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 사회간접자본시설 공급에 대한 부가가치세와 관련하여 민간투자법 및 조세특례제한법 조항은 다음과 같이 제정, 개정되어 왔다.

가) 1994. 8. 3 제정된 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(법률 4773호) 제50조에 "국가 또는 지방자치단체는 민자유치를 촉진하기 위하여 조세감면규제법이 정하는 바에 의하여 조세를 감면할 수 있다"고 규정되어 있었다.

이에 따라 사회간접자본의 확충을 위한 민자유치사업의 활성화를 위하여 민자유치사업으로 건설한 도로·항만시설 등 제1종 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 및 용역의 공급에 대한 부가가치세를 면제할 목적으로, 1997. 8. 30 개정된 조세감면규제법(법률 5402호) 제100조 제1항 제7호에 "사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"의 공급에 대한 부가가치세를 면제하는 규정이 신설되었다(그 이전의 조세감면규제법에는 사회간접자본시설 공급에 대한 부가가치세 면제규정이 없었다).

나) 조세감면규제법은 1998. 12. 28 법률 5584호로 전문개정되면서 법령명이 "조세특례제한법"으로 변경되었는데, 위 조세감면규제법 제100조 제1항 제7호 규정은 조문 순서만 바뀌어 그대로 유지되었다(106조 제1항 제5호).

사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법은 1998. 12. 31. 법률 5624호로 전문 개정되면서 법령명이 "사회간접자본시설에 대한 민간투자법"으로 변경되었는데, 위 민간투자 촉진을 위한 조세감면 규정도 조문 순서만 바뀌어 그대로 유지되었다(제57조).

다) 조세특례제한법은 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정되었는데, 제106조 제1항 제5호는 삭제되고, 제105조 제3호의 2가 신설되어 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"의 공급을 부가가치세 영세율 적용대상으로 하였다(이는 종전에는 기부채납단계에서는 부가가치세를 과세하고 사용수익단계에서는 면제하여 오던 것을 사업시행자의 초기부담을 최대한 경감하고 수익이 발생하는 운용단계에서 과세하도록 한 것이다).

그 후 조세특례제한법 제105조 제3호의 2는 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"으로(2001. 12. 29. 법률 제6538호, 이 사건 영세율 조항이다), 다시 "민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"으로(2004. 12. 31. 법률 제7322호) 각 개정되었다.

라) 역무시설은 민간투자법 제2조 제1호 각목에 정한 사회간접자본시설 포함되어있지 않았는데, 2003. 7. 29. 법률 제6955호로 철도산업발전기본법이 제정(2003. 10. 30. 시행)되면서, 민간투자법 제2조 제1호 오목에 "철도산업발전기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 철도시설"이 신설되어(2003. 7. 29 법률 제6955호), 역무시설도 민간투자법상 사회간접자본시설에 포함되게 되었다.

2) 민간투자법 제4조는 "민간투자사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다"고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제5호는 "민간투자사업이라 함은 제9조의 규정에 의한 민간제안사업 또는 제10조의 규정에 의한 민간투자시설사업 기본계획에 따라 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설사업을 말한다"고 규정되어 있어, 민간투자법 제4조 자체가 민간투자법이 정한 사업시행자(제2조 제7호)의 개념을 전제로 하고 있다.

3) 위 1), 2)항에서 나타난 바와 같이 ① "국가 또는 지방자치단체는 민자유치를 촉진하기 위하여 조세감면규제법이 정하는 바에 의하여 조세를 감면할 수 있다"는 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 규정에 따라 사회간접자본의 확충을 위한 민자유치사업의 활성화를 위하여 민자유치사업으로 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 및 용역의 공급에 대한 부가가치세를 면제하는 조세감면규제법 규정이 제정되었으며, 그 후 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"의 공급에 대한 부가가치세 영세율 규정이 신설되었다가 이 사건 영세율 조항으로 개정된 것으로서, 위 개정 경과에 비추어 보면 이 사건 영세율 조항은 민간투자법에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설의 공급에 대하여 부가가치세 부담을 완화함으로써 민간투자사업을 활성화하려는 것이지 사회간접자본시설에 해당하는 시설을 공급하는 모든 경우에 영세율을 적용하려는 취지는 아닌 것으로 보이는 점, ② 이 사건 영세율 조항은 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"의 공급에 대한 부가가치세에 대하여 영세율을 적용한다는 것인데, 앞서 본 대로 민간투자법 제4조 제1호의 규정 자체가 민간투자법이 정한 "사업시행자"의 개념을 전제로 하고 있다는 점 등을 종합하면, 이 사건 영세율 조항은 기부채납방식으로 사회간접자본시설에 해당하는 시설을 공급하는 모든 경우에 적용되는 것이 아니라 민간투자법이 정한 "사업시행자"가 동법에 정한 사회간접자본시설을 공급하는 경우에 한하여 적용되는 것으로 보아야 한다(따라서 2004. 12. 31. 개정된 조세특례제한법이 영세율의 적용대상을 "민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"이라고 규정한 것은 이와 같은 법리를 보다 명확히 확인한 것으로 보인다).

4) 따라서 원고가 용산역사 역무시설을 기부채납한 것은 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가에 귀속되고 원고에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식에 의한 것으로서 그 방식만으로 보면 민간투자법 제4조 제1호 규정에 의한 방식과 동일하나, 원고는 고속철도건설촉진법에 따라 이 사건 민자역사사업을 시행하고 용산역사 역무시설 공급하였을 뿐이어서 원고는 민간투자법에 의한 사업시행자가 아니므로, 원고의 용산역사 역무시설의 공급에 대하여 이 사건 영세율 조항이 적용되지 않기로 한 이 사건 거부처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.