가. 청구법인은 1992.6.9. 설립되어 종합통신서비스 제공업을 영위 중인 법인으로, 2008.9.4. OOO와 OOO 간 복선전철OOO 구축공사OOO 중 OOO를 공급가액 OOO에 공급하기로 하는 계약(이하 “쟁점용역”이라 하고, 이에 따라 작성된 계약서를 “쟁점계약서”라 한다)을 체결하고, 2009년 4월부터 2012년 1월까지 24회에 걸쳐 자재를 분할공급하면서, 쟁점계약서의 일반조건에 따라 각 공급자재의 분할공급시점별 기성검사완료일을 공급시기로 하여 세금계산서를 교부하고 관련 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. OOO국세청장은 청구법인의 거래처인 OOO에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 가스절연개폐장치 등 5건(이하 “쟁점자재”라 한다)의 공급가액 OOO에 대하여 OOO에게 교부한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점자재의 공급시기를 쟁점계약서의 특수조건에 따라 사양승인시 30%, 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전완료시 20%로 구분하여, 2014.7.17. 청구법인에게 부가가치세 2010년 제2기분 OOO, 2011년 제1기분 OOO 및 2011년 제2기분 OOO을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.15. 이의신청을 거쳐 2015.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「부가가치세법」상 공급시기는 재화가 인도되거나 역무의 제공이 완료되는 때를 기준으로 확정하여야 하며, 계속적·장기적으로 재화나 용역이 공급되어 각 과세기간에 공급되는 재화나 용역의 가치가 구분·식별되지 않은 경우에는 각 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 보고 있고, 어떤 재화나 용역의 공급시기를 확정하려면 과세대상이 되는 재화나 용역의 과세객체가 특정되어야 하며, 재화를 공급하고 역무를 제공하는 자의 제공 범위, 계약 조건 등의 제반사항을 동시에 고려하여 거래당사자 사이에 재화의 이동이나 역무의 제공사실을 가장 확실하게 확인할 수 있는 시점이 도래되어야 한다. 그런데, 쟁점자재에 대하여 쟁점계약서 뿐만 아니라 원발주처인 OOO과 OOO 간의 계약 내용에도 어떤 정의나 규정이 되어 있지 않다. 따라서, 청구법인을 비롯한 계약상대방인 OOO과 OOO은 주관적인 판단이나 서로 간의 합의를 통하여 임의로 쟁점자재를 규정하고, 공급시기를 결정하지 않고, 계약기간 동안 일관되게 일반조건에 따라 기본적으로 월 1회 기성검사를 거쳐 세금계산서를 발행하였다. 그런데, 처분청은 고가이며 고장시 피해가 크다는 추상적이고 자의적인 이유로 특정장비를 주요설치장비(쟁점자재)로 규정하고, 거래당사자가 아닌 감리단의 보고서를 근거로 공급시기를 임의로 확정하였다.

쟁점계약서상 일반조건 외에 특수조건에 의한 공급시기가 규정되어 있지만, 특수조건을 적용할 재화나 용역이 특정되지 않았고, 특수조건에 따라 대가를 받기로 한 때에 대하여 객관적으로 확정하기가 어려운 거래에 있어서 자의적인 판단과 기준을 배제하고 계약기간의 처음부터 끝까지 일관되게 일반조건에 의하여 원발주처의 기성검사를 토대로 일관되게 세금계산서를 발행하였고, 공급시기를 임의로 조정하거나 고의로 세금계산서를 지연발행하려는 의도가 없었을 뿐 아니라 「부가가치세법」상 적법한 공급시기에 세금계산서를 발급하였음에도 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점이 되는 주요설치장비(쟁점자재)에 대하여 청구법인과 OOO 간 및 OOO과 원발주처인 OOO 간의 계약 내용에 정의나 규정된 것이 없으며, 쟁점세금계산서가 쟁점계약서상 일반조건에 따라 기본적으로 월 1회의 기성검사를 거쳐 발행한 세금계산서이므로 정당하다는 입장이나, 쟁점계약서 중 일반조건의 제24조(대가의 지급)를 보면 검사를 완료한 후 계약상대자의 청구를 받은 날로부터 60일 이내에 지급한다고 명시되어 있을 뿐, 일반조건 어디에도 월 1회 기성검사를 거쳐 대금을 지급한다는 규정이 없으며, 상기 계약의 특수조건에는 원발주처의 지급조건에 따른다고 규정이 되어 있고, 원발주처 지급조건은 사양승인시, 제작공정 검수완료시, 현장반입시, 현장설치시, 시운전완료시 각각의 시기에 30%, 20%, 20%, 10%, 20%의 비율로 지급한다고 특정하고 있어 일반조건보다 특수조건이 대금지급시기 및 금액에 대하여 구체적으로 규정하고 있음을 알 수 있으므로 일반조건보다 특수조건으로 지급조건을 해석하는 것이 합리적이라고 판단된다. 다만, 특수조건을 적용하기 위해서는 ‘사양승인’, ‘제작공정 검수완료’, ‘현장반입’, ‘현장설치’, ‘시운전완료’라는 각 시점을 특정할 수 있는 것이 필요한데, 쟁점자재는 대당 가격이 약 OOO 내지 OOO까지 하는 고가의 설비로, OOO 공사에서 차지하는 비중이 높고 변전설비에 이상이 생길 경우 전차선로에 전기공급이 불가능하여 주요설치장비로 정해 관리와 검사를 강화함으로써 공사진행을 원활히 하기 위하여 특수조건을 둔 것이며, OOO이 세무조사 당시 쟁점자재에 대한 공급시기를 증명할 증빙서류로 OOO 책임감리원이 작업진행정도에 따라 작성한 보고서 등 작업일지와 공문을 제출하여 쟁점자재에 대하여는 특수조건에 따라 공급시점을 특정할 수 있다.

이에 대하여 OOO은 당사자가 아닌 제3자인 OOO이OOO 주식회사에 보고하기 위해 내부업무 처리용으로 작성한문서이므로 과세 근거자료로서 타당하지 않다고 주장하나, OOO이쟁점자재에 대하여 관리를 소홀히 하여 공급시기를 특정할 수 없는상황에서 OOO 책임감리원의 감리결과에 따른 승인일자를 공급시기로보는 것은 합리적이라고 판단된다.

따라서, 특수조건에 의하여 각 대금을 지급받기로 한 날에 세금계산서를 교부하는 것이 타당하므로 당초 월 1회 기성청구를 바탕으로 교부한 세금계산서 중 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급시기가사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)

제9조(거래시기) ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것)

제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다.(단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인과 OOO 간 2008.9.4. 작성한 쟁점계약서의 일반조건 제24조 제1항 본문에서 계약이행의 대가는 검사를 완료한 후 계약상대자의 청구를 받은 날로부터 60일 이내에 지급한다고 규정되어 있는 반면, 동 계약서의 특수조건 제1항에서 ‘기성부분의 대가는 원발주처 지급조건에 의하여 지급한다’고 약정하면서 그 아래에 참고표시를 하고 원발주처 지급조건을 사양승인시 30%, 제작공장 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료시 20%로 기재하였다. 한편, 원발주처의 지급조건은 공사계약 특수조건 제3항에서 ‘기성부분의 대가는 매월 지급조건이고을OOO은 대가지급청구서를 작성하여 제출하여야 하며, 갑OOO은 기성검사 완료 후 기성대가를 확정하여 을에게 지급한다. 단, 주요설치장비에 대해서는 사양승인시 30%, 제작공정 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전 완료 후 20%를 지급하도록 한다’고 약정되어 있으나, 첨부된 공사 세부내역에는 주요설치장비가 별도로 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

(나) OOO법인이 발행한 OOO의 감사보고서(2008～2012사업연도)에 의하면, OOO은 쟁점자재를 포함하여 건설공사 하도급계약을 하나의 거래단위로 보아 진행기준에 따라 수익을 인식하였고, 이를 손익계산서상 공사수익으로 계상한 것으로 나타난다.

(다) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점자재는 OOO 변압기, OOO 개폐장치 170kv, OOO 개폐장치 72.5kv, OOO 개폐장치 72.5kv, OOO 개폐장치 등 5종류로 구성되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 통상적인 용역의 공급의 경우 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때이나 완성도기준지급 조건부 용역의 공급시기는 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때라 할 것인바, 원발주처인 OOO 및 하도급업체인 OOO이 2008.7.28. 쟁점공사와 체결한 건설공사 하도급계약에서 공사대가를 OOO이 기성확인을 거친 후에 OOO에게 지급하는 것으로 되어 있고, OOO은 기성고에 따라 공사대가의 각 부분을 받은 것으로 나타나므로 쟁점공사는 ‘완성도기준지급 조건부 용역’에 해당하는 점, 청구법인은 이러한 ‘완성도기준지급 조건부 용역’인 쟁점공사에 소요되는 OOO를 OOO에게 공급하기로 하는 계약(쟁점자재구매계약)을 체결하고, 기성고에 따라 OOO으로부터 쟁점자재의 공급대가를 받은 것으로 보아 쟁점용역 또한 ‘완성도기준지급 조건부 용역’으로 볼 수 있는 점, OOO도 쟁점자재가 포함된 쟁점공사를 하나의 거래단위로 보아 진행기준에 따라 수익을 인식하여 이를 손익계산서에 계상한 점, 쟁점계약서의 특수조건 제1항에서 기성부분의 대가는 원발주처의 지급조건에 의하여 지급한다고 되어 있고, 원발주처인 OOO의 지급조건은 쟁점자재의 공급시기별로 구분하는 것으로 되어 있으나, 원발주처인 OOO과 OOO 간의 쟁점공사 관련 계약서에서 쟁점자재를 별도로 지정한 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 OOO이 OOO의 기성고 확인에 따라 세금계산서를 발급하고 이에 따라 대금을 지급받은 것으로 보아 쟁점자재를 주요설치장비로 지정하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점자재의 공급시기를 결정함에 있어 쟁점계약서의 특수조건을 적용하여 쟁점자재의 공급시기별로 구분(사양승인시 30%, 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전완료시 20%)하기는 어렵고, 기성검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 쟁점용역의 공급시기로 보는 것이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점자재의 공급시기를 쟁점계약서의 특수조건에 따라 사양승인시 30%, 검수완료시 20%, 현장반입시 20%, 현장설치시 10%, 시운전완료시 20%로 하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.