2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 지역개발사업 등을 통하여 BBBB 도민의 복지향상 및 지역사회발전에 이바지함을 목적으로 지방자치법 제146조 및 지방공기업법 제49조에 따라 BBBB가 100%로 출자하여 설립된 지방공기업이다.

나. 원고는 2001. 2. 28. BBBB와 사이에 2000. 12. 1.부터 2010. 12. 31.까지 통행료를 징수할 수 있도록 ○○터널 유로도로 관리운영에 관한 협약을 체결하였고, 2005. 9. 9. BBBB와 사이에 ○○터널의 통행료 요금인하에 따라 징수기간을 2000. 12. 1.부터 2014. 7. 31.까지로 변경하는 협약을 체결하였다.

다. BBBB는 2010. 10. 6.경 ○○터널 통행료 무료화 시행을 추진함에 따라 기존 통행료 징수기간을 2014. 7. 31.에서 2010. 12. 31.로 단축하였고, 2011. 1. 1.부터 ○○터널 통행료를 무료화 하였다.

라. 한편 원고는 2011년 사업연도 법인세 신고시 ○○터널 유료도로 관리권 해지일(2010. 12. 31.)이후 원고가 지출한 ○○터널 관련 비용 ○○○○원(이하 '이 사건 비용'이라 한다)을 손금으로 계상하였다.

마. 그런데 ○○○○국세청장은 원고에 대한 세무조사결과 ① 원고가 BBBB와 체결한 협약상 ○○터널 통행료 징수기간은 2014. 7. 31.까지로 되어 있었으나 통행료 무료화 조치로 인하여 징수기간이 2010. 12. 31.로 단축되어 투자비를 회수하지 못하게 되었으므로 미회수된 투자비 ○○○○원(회계법인 수지결산서상 자금기준 투자비 미회수액)에 대하여 BBBB로부터 회수 받아야 함에도 회수 받지 않은 것(이하 '① 쟁점'이라 한다)과 ② BBBB가 ○○터널 통행료 무료화 비용을 부담하기로 하였음에도 불구하고, 원고가 이 사건 비용을 지출한 것(이하 '② 쟁점'이라 한다)을 특수관계인 간 부당거래로 판단하여 피고에게 이를 익금에 산입하도록 통보하였다.

바. 피고는 2015. 3. 11. 원고에게 2011 사업연도 법인세 ○○○○원으로 증액경정처분을 하였다.

사. 이에 원고는 2015. 5. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원장은 2016. 9. 9. ① 쟁점에 관한 부분은 원고의 청구를 인용하였으나, ② 쟁점에 관한 부분은 원고의 청구를 기각하였다(이 사건의 쟁점이 되는 부분은 ② 쟁점에 해당한다).

아. 피고는 위 심판결정에 따라 2016. 9. 28. 원고의 2011 사업연도 법인세를 ○○○○원으로 감액하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 6, 8, 16, 20호증, 을 제2, 3호증의 각

기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 2010. 10. 6.자 '○○터널 통행료 무료화 추진' 공문을 근거로 BBBB가 ○○터널 통행료 무료화 비용을 부담하여야 한다고 보았으나, 위 공문의 내용은 ○○터널 통행료 징수기간을 단축함으로써 원고에게 손해가 발생할 경우 BBBB에서 이를 보전해준다는 의미이다. 또한 이 사건 비용은 통행료 징수부스 철거비용, 기존 발급한 통행료 정기권 반환 비용 등 원고가 부담하여야 하는 ○○터널 관련 비용이고, 회계법인의 감사를 통하여 원고가 ○○○○원을 초과하여 투자비를 회수한 것으로 나타나 ○○○○원을 BBBB에 반환함으로써 ○○터널 관리운영에 관한 정산이 완료되었다.

2) 설령 이 사건 비용을 BBBB가 부담하여야 한다고 하더라도, 이 사건 비용은 원고가 BBBB를 위해 지출하였다고 볼 수 있으므로 법정기부금으로 보아 전액 손금으로 인정되어야 한다. 그러므로 피고가 이 사건 비용을 부당행위계산으로 보아 익금에 산입한 것은 위법하다.

나. 판단

살피건대, 갑 제15, 17 내지 20호증, 을 제3호증의 각 기재, 증인 CCC의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 비용을 부담하는 것은 정당하고, 원고가 이 사건 비용을 지출한 것이 부당행위계산에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

1) BBBB의 2010. 10. 6.자 '○○터널 통행료 무료화 추진' 공문에 의하면, '무료화 비용: 전액도비 부담', '일시상환부족액: ○○억 정도 예상(도비지원), 징수한 통행료로 무료화 비용 충당 후 사후 정산'이라고 기재되어 있기는 한다. 그러나 위 공문의 '○○

터널 수지분석'에는 '2010년 12월말까지 운영시 ○○억 원의 적립금이 발생할 것으로

예상되고, 적립금으로 일시상환시 ○○억 원이 부족할 것으로 예상됨. 통행료 징수 종료후 회계법인 실사를 통하여 세법에 의거 최종 정산 실시'라고 기재되어 있다. 위 문언을 종합적으로 해석할 경우 '무료화 비용: 전액도비 부담'의 의미는 ○○터널 통행료

징수기간을 단축함으로써 원고에게 손해가 발생할 경우 이를 BBBB에서 보전해준다는 의미이고, BBBB에서 무조건적으로 무료화 비용을 부담한다는 것으로 해석할 수는 없다.

2) 원고는 2010. 11. 9.경 BBBB와 사이에 기존 협약서 중 무상사용기간 및 통행료 징수시기와 비용정산 내용에 관한 규정을 "원고는 통행료를 2010. 12. 31.까지만 징수하고, 무상사용기간 종료시인 2011. 2. 28.까지의 투자비 및 운영비 총액이 일치하지 않고 부족한 금액(공인회계사의 정산감리 결과)에 대하여 BBBB가 원고에게 현금출자를 통해 보전한다."는 내용으로 변경하였다.

3) 원고와 BBBB는 2011. 4. 8. 대신회계법인의 수지결산서에 대한 감사를 실시하였고, 그 결과 원고가 무상사용기간 종료시인 2011. 2. 28.을 기준으로 ○○○○원을 초과하여 투자비를 회수한 것으로 나타났다. 이후 원고는 위 돈을 BBBB에 반환함으로써 원고와 BBBB 사이의 ○○터널 관리운영에 관한 정산이 완료되었다.

4) 특히 ○○회계법인은 2011. 2. 28. 기준으로 유료도로 관리비 중 지급시기가 도래하지 않은 금액, 기존 발급한 통행료 정기권 반환 비용 등을 원고가 부담함을 전제로 위 비용을 부채에 포함하여 감사를 실시하였다. 그러므로 이 사건 각 처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 나아가 판단할 필요없이 위법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.