2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 해운업을 영위하는 회사로서, 1989. 7. 1. 구 조세감면규제법(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것) 제56조의2 에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 소유 재산에 대하여 자산재평가를 실시하고 그 재평가차액 14,724,629,134원을 법인세법 제15조 제1항 제5호 에 의하여 익금에 산입하지 아니한 채 1989 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. 기업공개시 재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었는데, 피고는 원고 가 상장기한 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다는 이유로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것, 이하 같다) 부칙 제23조 제1항에 의하여 재평가차액을 자산재평가법에 의한 재평가차액이 아닌 임의평가차액으로 보고 1989 사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산에서 이를 익금에 산입하여 2004. 1. 16. 원고에 대하여 1989 사업연도 귀속 법인세 14,014,222,100원(과소신고가산세 및 미납부가산세 9,155,094,490원이 포함된 금액)과 방위세 1,457,738,280원(가산세 242,956,380원이 포함된 금액)을 결정·고지하였다.

다. 이에 불복하여 원고가 2004. 3. 5. 국세심판을 제기하였는데, 국세심판원은 2005. 3. 28. 1989 사업연도 법인세와 방위세 중 과소신고가산세와 미납부가산세를 과세하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정하라는 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2005. 3. 30. 당초 결정금액을 법인세는 5,211,365,618원으로, 방위세는 1,302,841,404원으로 감액경정하였다(피고가 2004. 1. 16. 원고에 대하여 부과한 1989사업연도 법인세와 방위세 중 위와 같이 감액 경정되고 남은 5,211,365,618원의 법인세 부과처분과 1,302,841,404원의 방위세 부과처분을 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 9, 을 제2호증의 1 내지 13의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 주장한다.

⑴ 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 적용한 근거 법률은 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항과 이를 모법으로 한 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조 라 할 것인데, 구 조세감면규제법은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되어 1994. 1. 1.자로 시행된 조세감면규제법으로 그 효력을 상실하였고, 모법인 구 조세감면규제법이 효력이 없는 이상 하위 규정인 위 조세특례제한법 시행령 역시 근거규정이 없는 무효의 규정이라 할 것이므로 이 사건 부과처분은 무효의 규정에 근거한 것으로서 조세법률주의에 위배된다.

⑵ 구 조세감면규제법이 1994. 1. 1.부터 효력이 없으므로 이 사건 부과처분의 근거규정은 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 조세감면규제법 시행령이 될 수 있으나, 위 조세감면규제법 시행령 제66조 는 상장기간을 재평가일로부터 5년으로 규정하고 있고, 이에 따르면 피고는 국세를 부과할 수 있는 날(재평가일인 1989. 7. 1.부터 상장기간인 5년이 경과한 다음날인 1994. 7. 1.이다)로부터 국세기본법 제26조의2 소정의 제척기간인 5년간 과세를 하지 아니하였으므로 이 사건 부과처분의 제척기간은 1999. 7. 1.자로 도과하였다.

⑶ 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 소정의 ‘주식을 상장하지 아니하는 경우’의 해석과 관련하여 자본시장육성을 위하여 기업공개시의 재평가특례를 규정하고 있는 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 구 조세감면규제법과 경과규정인 구 조세감면규제법 부칙의 입법취지에 비추어 볼 때 이를 납세자의 귀책사유로 인하여 주식을 상장하지 아니한 경우로 한정적으로 해석하여야 할 것이다. 그런데 1990년, 1991년, 1992년, 2002년의 각 상장시도는 감가상각계산방식에 관한 증권감독원과의 견해차이, 주가하락에 따른 증권감독위원회의 상장안건 미상정, 상장여건 난조로 인한 상장철회, 공모가에 대한 주간사와의 이견 등으로 인해 무산되었고, 또한 정부가 주식시장의 과잉 공급을 이유로 주식회사의 상장요건을 엄격하게 요구하는 정책의 변화 때문에 상장요건을 충족하지 못하여 상장하지 못한 것인바, 이는 원고의 귀책사유로 인한 것이 아니므로, 결국 원고는 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 소정의 주식을 상장하지 아니하는 경우에 해당하지 아니하여 이 사건 부과처분은 과세요건을 결하였다.

⑷ 원고가 당초 자산재평가를 한 것은 정부 당국의 상장 장려정책에 호응하고 나아가 상장요건에 관하여 별 무리 없이 충족할 수 있는 것으로 신뢰하였기 때문이고, 또한 증시의 침체 등으로 인하여 여러 차례의 상장기간의 연장을 통하여 원고는 상장기간의 연장이 계속되어 과세가 되지 아니할 것을 신뢰하고 있었음에도 불구하고 별다른 사정 변경이 없었음에도 상장기간의 연장을 중단하고 이 사건 부과처분을 한 것은 원고의 정당한 신뢰를 침해한 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 구 조세감면규제법은 우량주식의 공급확대를 통해 자본시장이 건전하게 발전할 수 있도록 지원하기 위하여 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하고자, 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정되면서 제56조의2(이하 ‘종전의 제56조의2’라 한다) 를 신설하여 그 제1항 에서 “ 증권거래법 제88조 제1항 의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조 의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.”고 규정하였는데, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호 에 의하면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의평가차익과는 달리 법인의 소득금액계산상 익금에 산입되지 아니하고, 또한 재평가 이후의 각 사업연도소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감각상각비나 양도차익 등을 산정하게 된다.

구 조세감면규제법 중 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)은 종전의 제56조의2 를 삭제함과 아울러 위 규정에 의하여 이미 재평가를 실시한 법인을 규율하기 위하여 경과규정인 부칙 제23조(이하 '이 사건 부칙규정'이라 한다)를 두었는데, 제1항은 “ 종전의 제56조의2 에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.”고, 제2항은 “재평가를 한 법인이 제1항의 기간 이내에 재평가를 취소하는 경우에는 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고·납부하여야 한다.”고 규정하였고, 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제66조 는 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 “ 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 기간’이라 함은 5년을 말한다.”고 규정하였다.

그 후 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되어 1994. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법(이하 ‘전문 개정된 조세감면규제법’이라 한다)은 부칙 제2조에서 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.”는 ‘일반적 적용례’를 두면서도 종전의 제56조의2 내지 이 사건 부칙규정에 대하여는 별도의 경과규정을 두지 아니하였다.

한편, 전문 개정된 조세감면규제법이 시행된 이후에도 구 조세감면규제법 시행령 등은 여전히 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’에 대하여 이를 순차적으로 ‘8년’( 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조 ), ‘10년’( 1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조 ), ‘11년’( 1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조 ), ‘13년’( 2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조 ), ‘2003년 12월 31일까지의 기간’( 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조 )으로 각 연장하는 내용의 규정을 두었다.

나) 법률의 개정시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만, 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것인바( 대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법률에서 종전의 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이고, 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다.

그런데 이 사건 부칙규정은 자산재평가 특례제도 규정인 종전의 제56조의2 가 삭제되면서 위 규정에 의하여 이미 자산재평가를 실시한 법인만을 사후적으로 규율하기 위하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력( 제1항 ), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력( 제2항 ) 등을 정하는 한편, 그 상장기한에 대하여만 대통령령에 구체적으로 위임하였으므로, 전문 개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙규정을 계속하여 적용한다는 내용의 경과규정 등을 두지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아 전문 개정된 조세감면규제법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보이는 점, 전문 개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙규정의 효력이 1994. 1. 1.자로 상실되는 것으로 본다면 종전의 제56조의2 에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대하여는 사후관리가 불가능하게 되는 법률상 공백상태에 이르게 되는 점, 이에 따라 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인에 대하여는 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에도 불구하고 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하거나( 이 사건 부칙규정 제1항의 실효) 재평가를 취소한 법인에 대하여는 재평가된 자산가액을 기초로 계상한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못한다면( 이 사건 부칙규정 제2항의 실효), 이는 종전의 제56조의2 에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고·납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어 조세공평주의 이념에 반하게 되는 점, 반면에 종전의 제56조의2 에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙규정을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해친다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부칙규정은 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 보아야 할 것이다( 대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결 참조).

다) 이 사건 부칙규정을 근거로 하여 이루어진 이 사건 처분이 적법하고, 이와 달리 이 사건 부칙규정이 무효의 규정임을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

가) 국세기본법 제26조의2 는 ‘국세부과의 제척기간’이라는 제목으로 그 제1항 에서 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 ‘부과할 수 있는 날’부터 5년간으로 규정하고 있다.

구 법인세법 제9조 제2항 , 구 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제5호 에 의하면 자산재평가법에 의하지 아니한 자산의 임의평가차익은 당해 법인의 소득을 계산함에 있어 익금에 산입되는 반면, 자산재평가법에 의한 재평가차액은 구 법인세법 제15조 제1항 제5호 에 의하여 익금에 산입되지 않으나 종전의 제56조의2 에 따라 자산재평가를 한 법인이 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 경우에는 이 사건 부칙규정 제1항에 의하여 그 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에 따라 비로소 그 재평가차액이 익금에 산입되어야 하는 점, 따라서 과세관청으로서는 위 기간이 도래하기 전까지는 당해 법인이 주식을 상장하지 않고 있다고 하더라도 그 재평가차액을 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하여 당해 사업연도의 법인세를 부과할 수는 없었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙규정 제1항에 따른 법인세(부가세인 방위세를 포함한다)를 부과할 수 있는 날은 2004. 1. 1.로 보아야 한다.

나) 따라서 2004. 1. 16.에 이루어진 이 사건 부과처분은 제척기간의 기산일인 2004. 1. 1.로부터 5년 내에 이루어진 것이 역수상 명백하므로, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대한 판단

가) 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항은 “… 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.”라고만 규정하고 있을 뿐, 주식을 상장하지 아니하는 경우의 전제요건으로 ‘납세자의 귀책사유가 있을 것’을 규정하고 있지 아니하므로, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

나) 가사, 납세자의 귀책사유로 인하여 상장을 하지 아니한 경우에 한하여 자산재평가법에 의한 평가로 보지 아니한다고 위 규정을 한정·해석한다 하더라도, 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고 주장과 같이 정부가 주식시장의 과잉 공급을 이유로 주식회사의 상장요건을 엄격하게 요구하였다는 사정이 있다 하더라도 이러한 사정만을 들어 그 상장요건을 충족하지 못한 것이 원고의 귀책사유에 기인한 것이 아니라고 단정할 수도 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 갑 제8호증 내지 제14호증의 각 기재에 의하면, 원고는 1990년에 주식 상장을 위하여 증권감독원에 유가증권 등록법인신청을 하였으나 수시감리결과 원고 회사의 감사보고서 중 선박에 대한 감가상각비를 과소계상하는 등 분식회계 사실이 있음이 밝혀져 결국 주식을 제때 상장을 하지 못하였던 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 미상장에 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 볼 수 없고, 갑 제26, 30, 32, 39호증의 각 기재 및 당심 증인 소외인의 증언만으로는 1990년 미상장이 원고의 귀책사유에 의한 것이 아니라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(2) 1991년에 주가가 하락하여 증권감독위원회가 원고의 상장안을 안건으로 상정하지 아니하여 원고가 상장하지 못하였다는 점에 관하여 살피건대, 갑 제24, 25, 27 내지 29호증의 각 기재 및 당심 증인 소외인의 증언만으로는 이를 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 1992년도에 상장신청을 철회하였다는 점 및 2002년도에 공모가에 대한 주간사와의 이견으로 인해 상장하지 못하였다는 점에 관하여 살피건대, 가사 원고의 주장이 인정된다고 하더라도 상장하지 못한 데에 원고의 귀책사유가 없다고 할 수 없다.

4) 네 번째 주장에 대한 판단

앞서 본 바와 같이 조세감면규제법 시행령과 조세특례제한법 시행령이 수회에 걸쳐 개정되면서 주식의 상장기간이 연장된 것은 기업공개에 따른 주식물량의 과다공급으로 주식시장에 미치는 파급효과를 고려한 측면도 있고, 그 한편으로 재평가특례 규정에 의하여 자산재평가를 한 법인의 사정 등을 종합적으로 고려한 것으로도 풀이되나, 상장기간이 수년간 연장된 사정이 있다 하더라도 이를 두고 장래에 계속적·항시적으로 상장기간을 연장하겠다거나 기업공개시의 재평가특례규정을 근거로 자산재평가를 한 법인에 대하여 구 조세감면규제법에 따라 법인세를 부과하지 않겠다는 신뢰관계가 원고와 정부 및 피고에게 형성되었다고 할 수 없고, 따라서 2001. 12. 31. 개정된 조세제한특례법 시행령에서 주식의 상장기간을 2003. 12. 31.까지로 명시한 후 상장기간을 더 연장하지 않았다고 하더라도 원고가 신의칙 위반을 주장할 수는 없다 할 것이므로, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]