조세특례제한법 시행령 제79조의2, 소득세법 제104조의2

2. 소송비용은 원고가 부답한다.

가. 처분의 경위

(1) 원고는 1990. 10. 31. ○○ ○○구 ○○동 416-23 대지 6.9㎡, 같은 동 416-25 대지 118.7㎡ 및 그 지상 건물 501.98㎡(이하 위 각 부동산을 '이 사건 각 부동산'이라 한다)를 각 취득하였다가, 2005. 6. 27. 소외 주식회사 △△씨에게 이를 매도하기로 한 후 위 회사로부터 매수인의 지위를 승계한 소외 주식회사 ◇◇트 (이하 '소외 회사'라 한다)로부터 2006. 12. 7. 이 사건 각 부동산의 잔대금을 모두 지급받음으로써 이 사건 각 부동산을 양도하였다.

(2) 원고는 2007. 2.경 피고에게 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 2006년도 귀속 양도소득세 예정신고 및 납부를 하면서 이 사건 각 부동산이 소득세법 제104조의2에 의한 지정지역(이하 '투기지역'이라 한다)에 해당하여 이 사건 각 부동산의 실지거래가 액을 기준으로 산정한 양도소득세로 533,567,430원(과세표준금액 1,679,313,085원)을 신고, 납부하였다가, 2007. 5. 30. 피고에게 이 사건 각 부동산이 구 「조세특례제한 법」 (2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조의 규정(이하 '이 사건 과세특례규정'이라 한다)에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상으로 위 규정에 따라 기준시가를 기준으로 양도소득세를 계산할 경우 양도소득세액이 159,266,230원(과세표준 금액 524,062,445원)이므로, 그에 따라 당초 납부한 세액과의 차액 374,301,200원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

(3) 이에 대하여 피고는 2007. 7. 25. 이 사건 각 부동산의 양도 당시까지 양수인인 소외 회사가 공익사업시행자로 지정되지 아니하여 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

나. 도시환경정비구역의 지정 및 사업시행인가 등

(1) 이 사건 각 부동산이 속한 ○○ ○○구는 2005. 6. 30.자로 투기지역으로 지정 되었고, 한편 이 사건 각 부동산이 위치한 ○○구 ○○1구역은 2003. 11. 18. ○○시 고시 2003-374호로 균형발전촉진지구로 지정되었으며, 2006. 3. 13. ○○시 고시 제2006-87호 도시환경정비구역으로 지정, 고시되었다.

(2) 소외 회사는 도시환경정비구역인 ○○1구역 내에서 정비사업을 시행하기 위하여 이 사건 각 부동산 등을 취득하는 한편, ○○1구역에 대한 도시환경정비사업 시행 계획을 수립하면서 2006. 5. 4. ○○시 ○○구청장으로부터 도시환경정비사업과 관련한 문화재보존을 위한 조치사항을 통보받았고, 2006. 6. 19. ○○시 교통영향심의위원회로부터 교통영향평가서에 관한 조건부가결 결정을 받았으며, 2006. 6. 29.경 ○○시 서부교육청으로부터 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제를 통보 받았고, 2006. 7. 12.경에는 ○○시 ○○구청장으로부터 2006. 6. 30.자 ○○시 건축위원회의 심의결과를 통보받았다.

(3) 그 후 소외 회사는 이 사건 각 부동산에 대한 잔금청산일 이후인 2006. 12. 22.○○구청장에게 ○○1구역 도시환경정비구역 사업시행인가신청을 하였고, 이에 ○○구청장은 2007. 5. 25. 소외 회사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인 가 통지 및 고시를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 8호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 이 사건 각 부동산을 이 사건 과세특례규정에서 정한 취득시기인 "정비구역 지정일 전에" 취득하여 위 규정에서 정한 양도시기인 2006. 12. 31. 이전"인 2006. 12. 7. 도시환경정비사업 시행자인 소외 회사에게 이를 양도하였으므로, 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어서도 이 사건 과세특례규정이 적용되어 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하여야 할 것이므로, 그에 따른 원고의 경정 청구를 거부한 이 사건 처분은 부적법하다. 이 사건 양도 당시 소외 회사는 다음과 같은 이유에서 도시환경정비사업의 시행자로 볼 수 있다.

① 도시 및 주거환경정비법(이하 '도시정비법'이라 한다) 상 사업시행자는 '도시정비법이 정한 절차에 따라 정비구역 안에서 도시환경정비사업 등을 실지로 행하는 주체'이고, 도시정비법 상의 사업시행인가는 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 권리를 발생시키는 행정처분일 뿐이므로 그 사업시행인가를 받기 전에라도 토지 등의 소유자가 사업시행계획을 작성할 단계에 이른 때에는 도시정비법 상의 사업시행자로 봄이 타당하다. 소외 회사는 사업시행계획수립과 관련하여 2006. 6. 19.경 ○○시 교통영향심의위원회로부터 교통영향평가결과를, 2006. 6. 29.경 ○○시 ○○교육청으로부터 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제를, 2006. 7. 12.경 ○○시 ○○구청으로부터 ○○시 건축위원회의 심의결과를 각 통보받음으로써 관계 행정청으로부터 사업시행자로서의 지위에 있음을 인정받았고, 그 후인 2007. 5. 25. ○○1구역 도시환경정비구역에 대하여 사업시행인가를 받았으므로 2006. 6. 19.부터는 도시정비법 상의 사업시행자에 해당한다.

② 설령 토지등소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지등소유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다고 하더라도, 이 사건 각 부동산의 양도 당시 소외 회사는 이미 관계 행정청으로부터 문화재 보존을 위한 조치사항의 통보, 교통영향평가에 관한 조건부가결 결정 통보, 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제 통보, 건축위원회 심의결과 통보를 각 받았고, 이는 도시정비법 상의 사업시행인가가 일부 이행된 경우라고 볼 수 있으므로 결국 이 사건 각 부동산 양도 당시 소외 회사는 도시정비법 상 사업사행자에 해당한다.

나. 판단

(1) 관련 법리(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009두14088 판결)

구 「조세특레제한법」 (2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제85조 제5호, 구 「조세특례제한법 시행령」 (2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제79조의2 제1항은, 거주자가 구 「소득세법」 (2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 구 「도시 및 주거환경정비법」 (2007. 12. 21. 법률 제8785호로 개정되기 전의 것, 이하 '도시정비법'이라 한다) 제4조의 규정에 의하여 정비구역을 지정한 날 전에 취득하여 2006. 12. 31. 이전에 도시정비법에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다)하는 경우에는 양도소득세 과세표준을 산정함에 있어 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다.

한편, 도시정비법 제8조 제3항, 제4항은 도시환경정비사업은 토지등소유자로 구성된 조합 또는 토지등소유자가 시행할 수 있으며 시장 ・ 군수는 일정한 사유가 있는 경우 토지등소유자를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다고 규정하고, 제28조 제1항은 사업시행자가 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 사업시행계획서 등을 시장 ・ 군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다고 규정하면서, 제38조는 사업시행자는 정비사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 토지 ・ 물건 또는 그 밖의 권리를 수용 또는 사용할 수 있다고 각 규정하고 있다. 그리고 도시정비법 제85조 제7호는 사업시행인가를 받지 아니하고 정비사업을 시행한 자는 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금에 처한다고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언내용과 입법취지, 특히 도시정비법상 사업시행자에게는 부동산에 대한 수용 권한 등을 인정하고 있어 양도인이 부동산을 사업시행자에게 양도하더라도 그 양도가액에 관한 의사결정권한이 제한될 수밖에 없으므로 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 양도소득세 부담을 완화함과 동시에 정비사업의 원활한 시행을 도모하는 데 이 사건 과세특레규정의 입법취지가 있는 점, 도시정비법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가를 받지 아니하고는 정비사업을 시행할 수 없는 것이 원칙인 점, 토지등소유자가 사업시행자가 되고자 하는 경우 도시정비법 제8조 제4항에 의하여 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 사업시행자를 토지등소유자로 하는 사업시행인가를 받은 때에 비로소 구체적으로 사업시행자로 확정 되는 것이므로 사업시행인가 전까지는 사업시행자를 특정하기 어려울 뿐만 아니라 사업시행인가가 예정되어 있다고 할 수도 없고 사업시행자에게 부여되는 수용 권한 등이 인정된다고 보기도 어려운 점, 사업시행인가를 받기 전의 토지등소유자에게 부동산을 양도한 경우에도 이 사건 과세특례규정을 적용하게 되면 그 기준시점이 불분명하여 이 사건 과세특례규정의 감면요건 자체가 불명확해질 수 있는 점, 도시정비법상 조합이 설립인가를 받아 사업시행자가 되거나 시장 ・ 군수의 지정을 받은 사업시행자 등이 있을 수 있고, 사업시행을 계속 하려면 사업시행인가를 받도록 규정하려는 데 그 입법목적이 있다는 점을 염두에 둔다면, 도시정비법 제28조는 그 전후 문맥상 위와 같은 경우 등을 포함하여 일반적으로 사업시행인가를 신청하는 절차를 규정하고 있는 것으로 해석될 뿐이고, 토지등소유자가 사업시행을 하는 경우에까지도 반드시 사업시행인가를 받기 전의 사업시행의 개념을 인정하고 있는 것으로 단정하기는 어려운 점 등을 고려하면, 토지등소유자가 시행하는 도시환경정비사업에 있어서는 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 사업시행인가를 받은 토지등소유자에게 부동산 을 양도한 경우에만 이 사건 과세특례규정이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지등소 유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 이 사건 과세특례규정의 적용대상이 될 수 없다고 해석함이 상당하다.

(2) 구체적 판단

원고의 위 ① 주장은 위 관련 법리에 어긋나는 것으로서 받아들일 수 없고, 원고의 위 ② 주장은 관계 행정청으로부터 문화재보존을 위한 조치사항의 통보, 교통영향평가에 관한 조건부가결 결정, 학교환경위생정화구역 내 금지행위 및 시설해제 통보, 건축심의결과 통보를 받은 것을 두고 도시정비법 제28조의 사업시행인가가 있었거나 일부 이행된 경우라고 볼 만한 법률적 근거가 부족하므로 역시 채택하기 어렵다. 결국 원고의 위 ① 또는 ② 주장에 기초한 원고의 주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 적법 하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.