가. 원고의 지위 원고는 전라남도 담양군 대덕면 금산리 산1에서 토사석아스콘제조판매업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고의 부가가치세 신고 원고는 유한회사 현대유조(아래에서는 ‘현대유조’라 한다)로부터 벙커씨유 매입 관련하여 공급가액 합계 744,273,095원(＝2011년 제1기분 205,609,014원 ＋ 2011년 제2기분 385,631,410원 ＋ 2012년 제1기분 153,032,671원)의 매입세금계산서를 교부받고, 위 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하고 납부하였다.

다. 피고의 부가가치세 경정처분 피고는 2013. 1. 17. 원고에 대하여, 원고가 현대유조로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 합계 744,273,095원) 중 일부(2011년 제1기분 205,609,014원 중 104,964,000원, 2011년 제2기분 385,631,410원 중 209,236,000원, 2012년 제1기분 153,032,671원 중 151,640,000원, 아래에서는 이 부분에 해당하는 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)가 공급자가 현대유조가 아닌 A로서 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 원고가 부당한 방법 내지 부정행위로 부가가치세 과세표준 등을 과소신고하였다는 이유로 부당 내지 부정과소신고가산세를 가산하여 계산한 부가가치세에서 원고가 기존에 신고납부한 세액을 차감한 부가가치세 2011년 1기분 18,453,670원(본세 10,496,369원 ＋ 세금계산서위장가산세 2,099,280원 ＋ 납부불성실가산세 1,659,475원 ＋ 부당과소신고가산세 4,198,547원), 2011년 2기분 35,618,150원(본세 20,923,541원 ＋ 세금계산서위장가산세 4,184,720원 ＋ 납부불성실가산세 2,140,478원 ＋ 부당과소신고가산세 8,369,416원), 2012년 1기분 24,994,730원 본세 15,163,943원 ＋ 세금계산서위장가산세 3,032...