가. 청구인은 2001.9.15. OOO10-1 대지 및 주택(이하“구주택”이라 한다)을 취득하여 2001.9.20. 지상건축물을 멸실하고 5개월 동안의건축기간을 거쳐 다세대주택 10세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하였으며, 2002.2.2. 사용승인을 받은 후, 2009.8.17. 쟁점주택을 양도하고 2009.9.15. 처분청에 양도소득과세표준 예정신고시 양도소득금액 OOO원 및양도소득세 OOO원에 대해 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택 양도에 대한 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장의 감사지적에 따라 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는다고 보아 양도소득금액 OOO원을 감면배제하여 2012.7.5.청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.9.20. 이의신청을 거쳐 2012.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청이 신축주택취득일로부터 5년이 되는 날까지의 감면소득 계산시 적용한 산식은 “전체 기간동안의 양도소득금액 × (신주택 준공후 5년째 기준시가 - 준공일 기준시가) ／ (양도시 기준시가 - 구주택취득시 기준시가)”으로 위 산식에서의 문제점은 각 기간별 양도차익 산출요소로 적용된 기준시가가 동일한 기준으로 산출된 금액이 아니어서 감면소득산출이 현저히 왜곡된다는 것이며, 위 산식의 기준시가 중 양도시 기준시가와 신주택 준공후 5년이 되는 날의 기준시가는 개별주택공시가격이고 준공일 기준시가는 개별주택공시가격으로 환산한 가액이며, 구주택취득시 기준시가는 과세시가표준액으로, 모두 세법에서 정한 기준시가이기는 하나 금액산출의 기준을 달리하는 여러 가지 형태의 기준시가가 혼재되어 있어 안분계산을 왜곡시키고 있다.

청구인은 위 산식 계산요소 중 그래도 동질성을 유지할 수 있는 것은 과세시가표준액 밖에 없다고 보아 각 산출요소별 과세시가표준액을 산출하여 처분청이 산식에 적용한 기준시가와 비교해 보면, 기준시가 대비 76.5%～87.1% 수준으로 나타나는 바, 처분청은 위 산식에서 분자는 개별주택공시가격에 의한 양도차익을, 분모는 상대적으로 높게 산정된 개별주택공시가격에서 낮게 산정된 과세시가표준액을 차감하고 더 많은 양도차익을 적용하여 결과적으로 감면소득을 감소시킨 것인 바, 생성과 산출이 다른 여러 가지 형태의 기준시가가 있고 그 중 기준이 일정한 산출요소가 한개만 존재한다면 그 산출요소 만으로 비율을 산정하여 안분소득을 산출하여야 합당한 기간소득 산출이 될 수 있으므로 각 시기별로 기준시가 산정방법이 각각 상이한 경우, 시기에 관계없이 과세시가표준액에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

쟁점주택에 대한감면소득금액 계산시 양도시 기준시가와 신주택 준공 후 5년째 기준시가는 개별주택공시가격, 준공일 기준시가는 최초개별주택공시가격을 기준으로 환산한 가액이며, 구주택 취득시 기준시가는 개별 건물기준시가에 대한 당해 건물의 구조·용도·위치·신축연도 등을 기준으로 한 건물기준시가 산정방법에 의하여 건물과세시가표준액을 적용하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 준용하여 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 과다감면 양도소득금액에 대해 양도소득세를 추가경정하였는 바,

조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로써, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 세액 계산이 복잡하다 하여 관련법령에서 규정하고 있지 아니한 방법에 의하여 산정할 수는 없다(대법원 2005다19163, 2006.5.25., 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어 감면소득금액 계산시 과세시가표준액 상승율만으로 기준시가를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)조세특례제한법제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] 제1항에 의하면, 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하면서, 제1호에서 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우, 제2호에서는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우를 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 ] 제2항에서는법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는 바, 같은 령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] 제1항에서는법 제43조 제1항에서 당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한양도소득금액이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서양도소득금액 이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

<다음 산식>

{양도소득금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)／(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(2) 처분청은 쟁점주택에 대한 감면소득금액 계산시 양도시 기준시가와 신주택 준공 후 5년째 기준시가는 개별주택공시가격, 준공일 기준시가는 최초개별주택공시가격을 기준으로 환산한 가액이며, 구주택 취득시 기준시가는 개별 건물에 대한 건물기준시가의 당해 건물의 구조·용도·위치·신축연도 등을 기준으로 한 건물기준시가 산정방법에 의하여 건물과세시가표준액을 적용하여 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 준용하여 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 과다감면 양도소득금액에 대해 양도소득세를 추가경정한 것이므로 적법하다는 의견이다.

(3) 청구인은 처분청이 관련법령에 의하여 적용한 산식이 각 기간별 양도차익 산출요소로 적용된 기준시가가 동일한 기준으로 산출된 금액이 아니어서 감면소득금액 산정이 현저히 왜곡되었고 비록 세법에서 정한 방법이기는 하나 여러가지 형태의 기준시가가 혼재되어 있어 안분계산을 왜곡시키고 있는바, 취득가액을 산정하는 계산요소 중 그래도 동질성을 유지할 수 있는 것은 오직 과세시가표준액 밖에 없으며, 실제로 각 산출요소별 과세시가표준액을 산출하여 처분청이 산식에 적용한 기준시가와 비교해 보면, 기준시가 대비 76.5%～87.1% 수준으로 나타나는 바, 각 시기별로 기준시가 산정방법이 각각 상이한 경우, 시기에 관계없이 과세시가표준액에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 합리적이라고 주장이다.

(4) 살피건대, 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 세액 계산이 복잡하다 하여 관련법령에 규정하고 있지 아니한 방법에 의하여 양도차익을 산정할 수 없다 할 것인바,(대법원 2005다19163, 2006.5.25., 참조)

쟁점주택에 대한 감면소득금액 계산시 세액계산이 복잡하다거나 기준시가의 산정이 동일한 기준에 의하지 아니하여 불합리하다 하여 청구인의 주장과 같이 세법에서 정하지 아니한 산식이나 계산방법에 의할 수는 없다 할 것이어서, 처분청이 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정에 의한 산식에 의거 쟁점주택의 과다 감면소득금액을 계산하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.