가. 원고는 2000. 2. 10. 소프트웨어 개발 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2002. 12. 9. B협회장으로부터 기업부설연구소(이하 ‘이 사건 연구소’라 한다)의 설립을 인정받아 연구소를 운영하여 왔다.

나. 원고는 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 매월 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대하여 근로자퇴직급여 보장법에 따른 확정기여형 퇴직연금보험료로 2012 사업연도 547,732,400원, 2013 사업연도 1,070,284,549원, 2014 사업연도 1,496,284,810원, 2015 사업연도 1,497,269,550원, 2016 사업연도 114,017,630원 합계 4,725,588,939원을 지출하였다

(이하 ‘이 사건 퇴직연금보험료’라고 한다). 다.

원고는 2017. 10. 23. 피고에게, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것의 것, 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 각 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 제1항의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당함에도, 2012 내지 2016 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고시 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 과소하게 적용하여 법인세를 과다하게 납부하였으므로 아래 표 기재와 같이 2012 내지 2016 사업연도 연구ㆍ인력개발비 세액공제액 977,989,300원을 추가하여 2012 사업연도 법인세는 이월세액 공제액을 39,475,260원 증액하고, 나머지 179,617,700원을 환급하여 주며, 2013 내지 2016 사업연도는 이월세액 공제액을 합계 798,371,600원 상당 증액하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

[표] 법인세 신고 및 경정청구 내역 (단위 : 원) 사업 연도 구 분 법...

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