처분청은 건축업 등을 목적사업으로 하여 1987.3.3. 설립된 청구법인이 1990.12.28. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 11필지 대지 1,958.6㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득·등기한 후 주택건설용에 직접 사용하지 아니하고 있다가 1년 이내인 1991.5.8. 같은 동 ㅇㅇ번지 토지(1,992.9㎡, 이하 “대체토지”라 한다)와 교환하였으므로 이건 토지를 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것, 이하 “구지방세법”이라 한다) 제138조제1항제3호의 규정에 의한 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 그 취득가액(696,832,000원)에 구같은법 제136조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 100,343,800원, 방위세 18,396,360원, 합계 118,740,160원(가산세포함)을 1995.7.4. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 1987.3.3. 건축업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 주택건설용에 사용할 목적으로 1990.12.28. 이건 토지를 취득·등기한 후 고유업무에 직접 사용하지 못하고 1년 이내인 1991.5.8. 성당부지인 대체토지와 교환하였으나, 교환하게 된 사유가 성당건축 문제로 사찰과 성당간 종교분쟁으로 인하여 처분청에서 청구법인의 소유토지를 성당 신축부지인 대체토지와 상호교환해 주도록 종용하고, 처분청이 토지교환과 관련한 세금(지방세)문제 등 일체를 책임지고 해결해 준다고 약속을 하므로 이를 믿고 토지를 교환해 준 것이므로 정당한 사유가 있을 뿐만 아니라, 1991.7.10. 이건 토지를 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 취득·등기한 부동산으로 보아 등록세 등을 중과세하였다가 1992.12.3. 정당한 사유가 있다고 보아 동부과처분을 취소한 사실이 있는데도, 다시 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 대도시내에서 법인설립후 5년 이내에 주택건설용으로 취득·등기한 토지를 다른 토지와 교환한 경우 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으나, 먼저 본안 심의에 앞서 이건 심사청구가 적법하게 제출되었는지의 여부에 대하여 살펴보면, 지방세법 제58조제1항에서 “이 법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 그 처분의 통지를 받은 날로부터 60일(...)이내에 대통령령이 정하는 바에 의한 불복의 사유를 구비하여 도세(...)에 있어서는 도지사에게, 시·군세(...)에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 할 수 있다(단서생략)”라고 규정하고, 같은조 제2항에서는 “제1항의 규정에 의한 이의신청이 있을 때에는 도지사 또는 시장·군수는 그 신청을 받은 날로부터 60일 이내에 다음 각호의 1에 해당하는 결정을 하여야 한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “이의신청이 제1항의 신청기간 또는 보정기간을 경과하였을 때에는 그 신청을 각하하는 결정”이라고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 등록세(방위세 포함) 납세고지서를 1995.7.4. 수령(우편물배달증명서 접수번호 제27704호)하였으므로 이 날로부터 60일 이내(1995.9.2.)에 ㅇㅇ시장에게 이의신청을 제기하였어야 함에도 불구하고 60일이 지난 1995.9.5. 이의신청서를 제출한 이상 이건 심사청구는 청구기간 경과로 인하여 각하대상에 해당되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 2. 29.

내 무 부 장 관