가. 원고는 1991. 9. 1. 한국방송공사(이하 ‘KBS’라 한다)가 100% 출자하여 설립한 영상사업 전문 법인으로서, KBS 소유의 영상 및 콘텐츠를 국내외에 공급하는 판권판매사업과 방송제작사업 및 문화사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고의 판권판매사업은, 원고가 KBS에서 저작권을 소유하고 있는 방송프로그램 등을 국내외의 다른 방송사에 공급하여 그 대가(판권판매수입)를 받은 다음, KBS에게 판권판매수입금액에 대하여 사전에 약정한 지급비율(약 50~60%)에 따라 산정한 저작권 사용료를 지급하는 방식으로 이루어지고 있다.

다. 원고의 판권판매사업 중 외국 방송사에 대한 판권판매의 경우에는, 원고가 외국에 판권판매를 위한 고정사업장을 두지 않고 국내(국외사업부)에서 직접 해당 외국 방송사로 방송프로그램을 공급하고, 외국 방송사로부터 판권판매수입금액을 받을 때 해당 국가의 세법에 따른 법인세 원천징수세액(판권판매수입금액에 원천징수세율을 곱하여 산출한다)을 공제한 차액만을 수령하는 방식으로 외국에 세금을 납부하여 왔다. 라.

원고는 2005 ~ 2009 사업연도 법인세 신고시, 법인세법 제57조 제1항에 의한 외국납부세액을 공제함에 있어서 외국 방송사로부터 받은 판권판매수입금액(국외수입금액)에서 경비{저작권 사용료 및 관리부문(경영관리부, 전략사업기획부, 감사팀, 임원실)에서 발생한 일반관리비 등 공통경비}를 공제하지 아니하고 국외수입금액 전체를 국외원천소득으로 하여 법인세법상 외국납부세액 공제 한도액을 계산하였고, 이에 따라 2005 사업연도에는 법인세 1,646,087,420원을 신고납부하였으나, 2006 ~ 2009 사업연도에는 납부할 법인세가 없는 것으로 법인세 신고를 마쳤다.

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