2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

원고에게, 피고 서울특별시는 OOOO원, 피고 대한민국은 OOOO원 및 위 각 돈에 대한 2013. 4. 26.부터 이 사건 판결 선고일까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

가. 당사자들의 지위 및 관련 법령의 내용

1) 원고는 빌딩관리용역업, 공동주택관리업, 부동산산업(매매, 임대, 주차) 등을 주된 사업목적으로 하는 회사이고, 피고 서울특별시는 지방세법에 따른 취득세, 등록세, 지방교육세의 귀속 주체이며, 피고 대한민국은 국세기본법 및 농어촌특별세법에 따른 농어촌특별세의 귀속 주체이다.

2) 이 사건과 관련된 법령의 내용은 아래와 같다.

※ 서울특별시세 감면조례 (2008. 7. 30. 서울특별시 조례 제4652호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시세감면조례')

제24조 (시장정비사업 등에 대한 감면) ① 「재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법」에 의한 시장정비 사업을 추진하고자 하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2개월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 「재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법」 제38조 규정에 따라 사업추진계획의 승인이 취소되는 경우, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우와 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

※ 구 재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법(2008. 12. 19. 법률 제9159호로 개정되기 전의 것, 이하'재래시장특별법')

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. 재래시장 이라 함은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 장소로서 상업기반시설이 노후화되어 개ㆍ보수 또는 정비가 필요하거나 유통기능이 취약하여 경영개선 및 상거래의 현대화촉진이 필요한 장소를 말한다.

가. 「유통산업발전법」 제8조의 규정에 의하여 대규모점포로 등록된 시장(이하 등록시장 이라 한다)

6. 시장정비사업 이라 함은 제41조의 규정에 의한 시장정비사업시행자가 시장의 현대화를 촉진하기 위하여 상업기반시설 및 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제4호의 규정에 의한 정비기반시설을 정비하고, 「유통산업발전법」 제2조 제3호의 규정에 의한 대규모점포가 포함된 건축물을 건설하기 위하여 이 법 및 「도시 및 주거환경정비법」 등이 정하는 바에 따라 시장을 정비하는 일체의 행위를 말한다.

제31조 (시장정비사업 대상 시장) ① 시장정비사업은 재래시장과 종전의 「중소기업의 구조개선 및 경영안정지원을 위한 특별조치법」(법률 제6639호에 따라 폐지된 것을 말한다) 제6조, 종전의 「중소기업의 구조개선과 재래시장활성화를 위한 특별조치법」(법률 제7235호에 따라 폐지된 것을 말한다) 제12조 또는 종전의 「재래시장육성을 위한 특별법」(법률 제7945호에 따라 전부 개정되기 전의 것을 말한다) 제18조에 따라 시장재개발ㆍ재건축사업시행구역 또는 시장정비사업시행구역으로 선정된 후 그 효력이 상실된 곳을 대상으로 한다.

② 제1항에 따라 시장정비사업의 대상이 될 수 있는 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 곳이어야 한다. 다만, 인정시장의 경우에는 시장정비구역 안의 국ㆍ공유지 면적(도로 및 하천은 제외한다. 이하 제41조 및 제47조도 같다)이 전체 토지면적의 2분의 1이상이어야 한다.

1. 상업기반시설의 노후화가 심각하여 시설물의 안전에 결함이 있거나 경쟁력을 상실한 시장

2. 화재 또는 홍수ㆍ태풍ㆍ폭설 등 자연재해로 인하여 상업기반시설 등이 훼손되어 시장의 기능을

정상적으로 수행할 수 없거나 보수ㆍ수선으로는 그 기능회복이 불가능한 시장

3. 그 밖에 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 상권활성화 및 도시개발을 위하여 필요하다고 인정하는 시장

제33조 (시장정비사업추진계획의 수립) ① 시장정비사업추진계획의 승인을 얻고자 하는 자는 다음 각 호의 사항을 포함한 시장정비사업추진계획(이하 사업추진계획 이라 한다)을 수립하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 사업추진계획 승인에 대한 추천을 신청하여야 한다.

1. 시장정비구역의 범위

2. 시장정비사업의 필요성

3. 다음 각 목의 내용에 대하여 필요한 조치사항

가. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제4호의 규정에 의한 도시관리계획 중 도시계획시설의 결정 또는 변경결정

나. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제5호의 규정에 의한 지구단위계획의 결정 또는 변경결정

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조의 규정에 의한 주거지역 및 공업지역의 용도지역 범위 안에서 대통령령이 정하는 지역으로의 용도지역 변경

4. 제49조 제1항 및 제6항의 규정에 의한 입점상인 보호대책

5. 그 밖에 사업추진계획의 검토를 위하여 필요하다고 대통령령이 정하는 사항

나. 원고의 부동산 취득 및 취・등록세 신고・납부

1) 소외 BB개발 주식회사(이하 'BB개발')는 1989. 7. 19. 서울특별시 RR구청장(이하 'RR구청장')으로부터 도・.소매업진흥법 제6조 등에 따라 'BB시장'이라는 상호로 시장개설허가를 받았는데(이하 'BB시장'), 별지 목록 제2, 3항 기재 각 부동산이 BB시장의 지상건물(2개 동)이고, 별지 목록 제1항 기재 부동산이 그 대지이다(이하 별지 목록 기재 각 부동산을 '이 사건 각 부동산'이라 함). 그 후 BB시장은 도・소매업진흥법이 폐지됨에 따라 유통산업발전법 제8조의 규정에 따른 대규모 점포로 등록 되었다.

2) 원고는 2007. 12. 14. BB개발 및 박MM과 사이에서, BB개발이 지상건물 2개 동을, 박MM이 그 대지를 각 소유하고 있던 이 사건 부동산에 관하여, 원고가 BB개발 및 박MM으로부터 이를 매매대금 OOOO원(토지 OOOO원, 지상건물 2개동 OOOO원)에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 2008. 4. 30. 위 매매계약을 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

3) 원고는 위와 같이 이 사건 각 부동산을 취득하면서, 2008. 4. 30.에는 등록세 및 지방교육세 합계 OOOO원을, 2008. 5. 28.에는 취득세 및 농어촌특별세 합계 OOOO원을 각각 자진신고 및 납부하였는바 그 내역은 아래와 같다(이하 '이사건 취・등록세').

취득물건

토지

건물

세목별 세액 합계

납부세액

등록세

OOOO원

OOOO원

OOOO원

지방교육세

OOOO원

OOOO원

OOOO원

취득세

OOOO원

OOOO원

OOOO원

농어촌특별세

OOOO원

OOOO원

OOOO원

물건별 세액 합계

OOOO원

OOOO원

총 세액 합계

OOOO원

OOOO원

4) 한편 원고는 이 사건 취・등록세 신고 당시 신고서에 구 시세 감면조례에 근거하여 어떠한 감면 신청의 기재를 한 바 없었고, 이 사건 취・등록세의 납부 전에 과세관청에 별도로 취・등록세 감면 신청을 한 바도 없었다.

다. 그 이후 사건의 경과

1) 원고는 2008. 5. 12. 서울특별시 RR구청(이하 'RR구청') 지역경제과에, BB시장이 재래시장 및 상점가 육성을 위한 특별법(현행 법률명은 전통시장 및 상점가 육성을 위한 특별법, 이하 '재래시장특별법') 제2조 제1호 가목 소정의 재래시장에 해당하는지에 대하여 질의하였고, RR구청은 중소기업청에 대한 질의 결과를 토대로 하여 2008. 6. 12. 원고에게 BB시장은 재래시장특별법 제2조 제1항 가목에서 규정하고 있는 재래시장 중 이른바 등록시장에 해당한다는 취지의 회신을 하였다.

2) 원고는 2008년 중순경부터, 당시 이 사건 부동산을 점유하고 있던 BB시장의 입점 상인들에 대하여 인도 소송을 제기하거나, 종래 BB개발이 진행 중이었던 인도 소송을 승계하여 진행함으로써, 입점 상인들로부터 이 사건 부동산을 인도받기 시작하여, 2009. 7. 16.까지 이 사건 부동산의 264개 점포 중에서 217개 점포를 인도받았다.

3) 원고는 2009. 12. 1. RR구청 지역경제과에 BB시장쇼핑센터 시장정비사업[OO동 50-48 1필지 도시계획시설(시장) 폐지]에 대한 신청서를 접수하였다가 2009. 12. 8. 위 신청을 취하하였다. 그 후 원고는 2009. 12. 17. RR구청 지역경제과에 이 사건 부동산에서 시장정비사업을 추진함에 있어 입점상인 보호 대책의 하나로 임시 가설시장 개설이 가능한지를 질의하였으나, RR구청은 2009. 12. 24. 원고에게 임시 가설시장 개설이 불가하다는 취지의 회신을 하였다.

4) 원고는 2010. 7. 말경 이 사건 부동산 중 지상건물을 부분적으로 리모델링하여 종래의 입점 상인이 아닌 새로운 임차인들에게 임대함으로써 2011. 3.까지 총 OOOO원의 임대료 수입을 얻었다.

5) 원고는 2010. 10. 1. BB시장의 기존 입점 상인 51명과 사이에서, 원고가 입점 상인들에게 영업 손실 및 이주 보상금 명목으로 총 20억 원을 지급하기로 하되, 1차로 OOOO원을 2010. 12. 31.까지 지급하고, 2차로 OOOO원을 2011. 3. 31.까지 지급하기로 하며, 대신 위 입점 상인들은 원고가 이 사건 부동산의 대지 상에 신축, 재래시장특별법에 따른 재건축 또는 리모델링 후 재개장 등의 사업을 진행함에 동의하고 원고의 사업을 방해하는 행위를 즉각 중단한다는 내용의 합의를 하였다.

6) 원고는 2010. 12. 30. RR구청장에게 재래시장특별법 제33조 제1항에 근거하여 이 사건 부동산에서의 시장정비사업추진계획 승인에 대한 추천을 신청하였다가, 2011. 1. 4. 이를 취하한 뒤, 2011. 1. 14. 재차 위 신청을 하였고, 이에 대하여 RR구청장은 2011. 1. 18., 2011. 2. 9., 2011. 2. 21. 3차에 걸쳐서, 원고와 입점 상인 간의 위 2010. 10. 1.자 합의에 따른 보상금 지급을 제대로 이행하였는지에 관한 증빙자료와 이 사건 부동산 인접 필지 건축물 소유자의 민원에 대한 대책 등에 관하여 보완을 촉구하였다.

7) 원고는 2011. 4. 11. RR구청 부과과 및 지역경제과에, 원고의 자금 사정 악화로 입점 상인들과의 2010. 10. 1.자 합의 사항을 제때 이행하지 못하고 있으니 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 면제받지 못하였던 취・등록세의 조기환급을 요청한다는 취지로 이 사건 취・등록세 환급 신청을 하였으나, RR구청 부과과는 2011. 4. 13. 원고에게 제반 사정에 비추어 원고의 이 사건 부동산 취득이 시장정비사업에 직접 사용하기 위한 취득인지 여부가 불분명하고, 감면 유예기간인 3년이 경과되어가는 현재 사업추진계획 승인도 없다는 등의 이유로 이 사건 취・3등록세 환급이 불가능하다는 취지의 회신을 하였다. 이에 원고는 2011. 4. 13. 입점 상인들과 사이에서, 2010. 10. 1.자 합의에 따른 합의금 지급기한을 유예하는 내용의 추가합의를 하였다. 한편 원고는 2011. 5. 3. 원고의 법인등기부에 회사의 목적사항으로 시장정비사업, 시장운영 및 관리 등을 추가하였다.

8) RR구청장은 2011. 5. 31. 서울특별시장에게 이 사건 부동산에 관한 시장정비사업추진계획에 대한 승인을 신청하였고, 서울특별시장은 시장정비사업심의위원회의 심의를 거쳐 2011. 12. 14. 이 사건 부동산에 관한 시장정비사업추진계획을 승인하였다. 이에 원고는 2011. 12. 14. 피고 서울특별시에 이 사건 취・등록세 환급 여부를 질의하였고, 피고 서울특별시는 2011. 12. 21. 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시가 아닌 2011. 4. 11.에서야 감면신청을 하여 취득 당시 시장정비사업 추진 목적이 있었는지 확인할 수 없고, 3년의 유예기간 내에 이 사건 부동산을 시장정비사업에 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 없으므로 환급은 불가능하다는 취지로 회신하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증~4호증(가지번호 포함), 갑 5호증의 1, 갑 6호증~9호증(가지번호 포함), 갑 12호증, 갑13호증의 1, 갑 15호증의 1, 2의 1~3, 갑 2호증의 1~3, 갑 12호증, 갑 18호증의 1, 2, 을가 1, 2호증의 각 기재, 이 법원의 국민권익위원회위원장에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 재래시장특별법에 따른 시장정비사업을 추진하고자 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였으므로 구 시세 감면조례가 적용되어 취・등록세 면제 대상이 됨에도, RR구청 등이 면제 대상이 아니라고 고지함에 따라 가산세 등의 불이익을 피하기 위해 이 사건 취・등록세를 자진 신고 및 납부하였는데, 이는 신고행위의 하자가 중대하고 명백하므로, 원고의 이 사건 취・등록세 자진신고행위는 당연무효이다. 따라서 원고에게, 이 사건 취・등록세 중 취득세, 등록세, 지방교육세의 귀속 주체인 피고 서울특별시는 당해 세목 합계 OOOO원을, 농어촌특별세의 귀속 주체인 피고 대한민국은 당해 세목 합계 OOOO원을 각각 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

2) 원고가 3년의 기간 내에 이 사건 부동산을 시장정비사업에 사용하지 못하였던 것이나, 다른 용도에 사용하였던 것은 모두 정당한 사유가 있으므로, 구 시세 감면조례 제24조 단서에서 정한 면제된 취・등록세 추징 대상에 해당되지 않는다.

나. 피고들의 주장 요지

1) 원고가 시장정비사업을 추진하고자 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것인지 불분명하므로, 원고의 이 사건 부동산 취득은 구 시세 감면조례에 따른 취・등록세 면제 대상에 해당되지 않는다.

2) 설령 원고의 이 사건 부동산 취득이 구 시세 감면조례에 따른 취・등록세 면제 대상에 해당한다고 하더라도, 원고의 이 사건 취・등록세 자진신고 및 납부행위에 명백한 하자가 있다고 보기는 어렵다.

3) 설령, 원고의 이 사건 취・등록세 자진신고 및 납부행위에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효라고 하더라도, 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 3년의 기간 내에 시장정비사업에 직접 사용하지 못하였을 뿐 아니라 시장정비사업 외의 다른 용도에 사용함으로써 구 시세 감면조례 제24조 단서에서 정한 면제된 취・등록세의 추징 대상에 해당하므로, 결국 부당이득이 성립하지 않는다.

3. 판단

가. 원고가 시장정비사업을 위해 이 사건 부동산을 취득하였는지 등 여부

1) 먼저, 원고가 재래시장특별법에 따른 시장정비사업을 추진하고자 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것인지를 살피건대, 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고는 이 사건 부동산을 취득한 때로부터 2년 8개월이 지난 2010. 12. 30.에서야 처음으로 RR구청장에게 재래시장특별법 제33조 제1항에 따른 시장정비사업추진계획승인 추천신청을 하였던 점(원고는 2009. 12. 1. 처음으로 시장정비사업 신청을 하였으나 RR구청이 입점 상인 대책 미비를 이유로 반려하여 신청을 취하한 것이라고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 위 일자의 신청의 제목은 'BB시장쇼핑센터 시장정비사업[BB시장동 50-48 1필지 도시계획시설(시장) 폐지]'로 되어있어 원고가 RR구청장에게 재래시장특별법 제33조 제1항에서 정한 바에 따라 정식으로 시장정비사업추진계획 승인에 대한 추천을 신청한 것으로 보이지 아니하고, 원고가 일주일만에 위 신청을 스스로 취하한 것이 RR구청의 반려 때문임을 인정할 증거도 달리 없다), ② 원고가 만약 시장정비사업에 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것이라면, 원고로서는 이 사건 부동산을 취득한 이후 취・등록세를 신고하면서 신고서 상으로 감면 신청을 하거나 납부 후에라도 감면 신청을 하여 이를 환급받았어야 할 것인데, 원고는 이 사건 취・등록세 감면신청을 전혀 하지 아니하고 있다가 이 사건 부동산을 취득한 때로부터 3년이 거의 다 되어가는 2011. 4. 11.에서야 처음으로 RR구청에 감면신청을 하였을 뿐 아니라, 감면 신청을 하게 된 주된 동기도 원고의 자금 부족으로 입점 상인과의 합의 이행이 어려워진 데에 있었던 점 (원고는 이 사건 부동산을 취득하기 전인 2007. 6.경 피고 서울특별시와 RR구청에 BB시장이 등록된 재래시장인지 여부를 문의하였는데 등록된 시장이 아니라는 답변을 들었고, 나중에 등록시장임이 확인될 경우에는 취・등록세를 환급받을 수 있다는 RR구청 공무원의 안내에 따라 이 사건 취・등록세를 신고 및 납부한 것이라고 주장하나, 이에 들어맞는 갑 11호증의 일부 기재는 이 법원의 국민권익위원회위원장에 대한 사실조회 결과에 비추어 볼 때 그와 같은 사실을 뒷받침할 만한 어떠한 증거자료도 없이 원고의 주장만으로 이를 인정한 것으로 보이므로 이를 믿기 어렵고, 그 외에는 달리 원고의 위와 같은 주장을 인정할 만한 증거가 없다 3, ③ 원고가 이 사건 부동산 취득 이후 시장정비사업계획승인 추천신청에 이르기까지의 동안에, 입점 상인들과 사이에서 2010. 10. 1.자 합의를 한 것 외에는 시장정비사업 추진을 위하여 어떠한 준비를 했다는 하여 왔는지 달리 드러나는 것이 없는 점(원고가 입점 상인들에 대하여 인도 소송을 제기하여 이 사건 부동산의 점포들을 인도받은 것은 아래에서 보는 바와 같이 원고가 이 사건 부동산을 타에 임대하여 임대료 수입을 얻었던 점 등에 비추어 볼 때 시장정비사업 추진을 위한 것으로 보기는 어렵다), ④ 원고는 2010. 7. 말경에는 이 사건 부동산을 리모델링한 뒤 이를 타에 임대하여 임대료 수입을 얻음으로써 이 사건 부동산을 시장정비사업 외의 목적에 사용하기도 하였던 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 2008. 5. 12. RR구청에 BB시장이 재래시장특별법 제2조 제1호 가목에 따른 등록시장인지를 질의하였다는 것만 가지고서는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이를 시장정비사업에 직접 사용하고자 하는 목적이 있었음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

2) 그뿐만 아니라, 설령 원고가 시장정비사업을 추진하고자 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였다고 하더라도, 원고는 이 사건 부동산 취득 이후 약 3년간 이를 실제로 시장정비사업에 사용하기보다는 앞서 본 바와 같이 임대수익용으로 사용한 것에 불과하므로, 구 시세 감면조례 제24조 단서에서 정한 '다른 용도에 사용한 경우'에 해당되므로 추징 대상에 해당되기도 한다.

나. 원고의 이 사건 취・등록세 자진신고행위가 당연무효인지에 관한 판단

1) 앞서 본 바와 같은 원고의 이 사건 부동산 취득 목적과 실제 사용 현황에 비추어 보면, 원고의 이 사건 취・등록세 자진신고 행위에 중대한 하자가 있다고 할 수 없다.

2) 또한, 취・등록세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권을 근거로 하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 하는바(대법원 1996. 4. 12. 선고 96다3807 판결 등 참조), ① 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산을 취득한 이후 RR구청이나 피고 서울특별시에 구 시세 감면조례가 적용됨을 근거로 한 취・등록세 감면 신청을 전혀한 바가 없을 뿐 아니라, 이 사건 부동산을 취득 과정에서 RR구청이나 기타 관계 관청에 대하여 이 사건 부동산의 취득이 시장정비사업을 목적으로 한 것임을 인정할 만한 객관적 자료 등을 제출한 바도 없어, RR구청이나 피고 서울특별시 등 과세관청으로서는 원고의 이 사건 부동산 취득이 구 시세 감면조례에 따른 감면 대상임을 전혀 알 수가 없었고, 원고는 이 사건 부동산 취득 이후 3년이 거의 다 되어가는 2011. 4. 11.에서야 이 사건 취・등록세 감면 및 환급신청을 하였고, ② 원고의 주장 자체에 의하더라도, 원고도 이 사건 부동산의 취득에 구 시세 감면조례가 적용되어 취・등록세가 감면될는지를 확실히 알 수 없는 상황에서 일단 이 사건 취・등록세를 자진신고 및 납부하고, 차후 이 사건 부동산의 취득에 구 시세 감면조례가 적용되는 것으로 드러난다면 그때 감면신청을 하고자 하였다는 것이어서 설령 원고의 이 사건 취・등록세 자진신고행위에 중대한 하자가 있다고 하더라도, 그와 같은 하자가 명백한 것이라고 단정할 수는 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 취・등록세 신고행위에 중대하고 명백한 하자가 존재함을 전제로 한 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여는 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 각 청구는 모두 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.