가. 청구인은 1992.6.3. 취득한 OOO 81-103 도로 138.17㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 취득하여 소유하다가 재개발 및 재건축에 따른 조합원 지위를 부여받아, OOO 105동 1002호(이하 “쟁점주택”이라 한다) 취득 후(사용승인일 2004.9.24.) 2006.10.25. 이를 양도하면서 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 감면에 해당되는 것으로 보고 양도소득세 OOO원을 전액 감면 신청하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 신축주택(재건축ㆍ재개발 포함)의 경우 구주택(나대지) 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지 양도소득금액은 감면 소득에 해당되지 않는다고 보아 청구인이 신고한 감면세액 OOO원을 감면배제하여 2012.4.25. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.9. 이의신청을 거쳐 202.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택을 양도하고 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의하여 양도소득세 감면하여 신고하였으나 처분청에서 양도소득세를 감면배제하고 과세한 것은 위법하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로 구주택(나대지) 양도소득금액 감면배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례( 「조세특례제한법」제99조의3) 규정에서 종전토지 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.

(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구주택(또는 종전토지)을 취득하여 보유하다가 주택재개발 및 재건축 사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되기는 어려워(조심 2012서2839, 2012.8.27. 같은 뜻) 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용하여 이 건 과세처분을 한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.