가. 원고는 호반건설산업 주식회사(이후 주식회사 호반건설로 명칭 변경되었다. 이하 “이 사건 회사”라 한다)와 사이에 건축 중인 ‘B아파트 단지 내 근린생활시설’(이하 “이 사건 상가”라 한다) 전체 호수에 대하여 호수별로 2003. 5. 17.자 상가공급계약(이하 “이 사건 분양계약”이라 한다)을 체결하고 계약금 합계 740,880,000원을 지급하였다.

이 사건 분양계약서의 호수별 내용과 이 사건 회사가 이 사건 분양계약서의 목적물을 실제 보존등기한 호수 및 이 사건 회사로부터 보존등기된 호수의 소유권이전등기를 받은 사람은 별지1 분양계약서 및 등기내역 기재와 같다

[아래 제2. 마. 2)항에서 보는 것과 같이 이 사건 분양계약서상 호수가 변경되어 이전등기된 것으로 보이므로 이를 반영하여 별지1 분양계약서 및 등기내역을 작성하였다.

105호 상가 분양계약의 목적물은 1/2씩 나뉘어 105호, 106호로 보존등기되었고, 201호 상가 분양계약서는 203호로, 203호 상가 분양계약서는 201호로 각 수정날인되었다.

이하 이 사건 분양계약 및 분양권을 특정할 경우에는 분양계약서에 기재되어 있는 호수(201호 및 203호의 경우는 수정날인되기 전 호수)를 기준으로 “000호 상가 분양계약”, “000호 상가 분양권”이라 하고, 보존등기된 호수를 지칭할 때는 “등기된 000호 상가”라 한다

]. 나. 피고는 2010. 12. 1. 원고에 대하여 이 사건 101호 내지 106호, 202호 상가 분양권 양도를 원인으로 2003년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 387,017,320원의 부과처분(양도가액 1,533,355,000원, 취득가액 937,725,000원, 양도차익 595,630,000원)을 하고, 201호, 203호 상가 분양권 양도를 원인으로 2004년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 105,168,760원의 부과처분(양도가액 423,602...