처분청은 청구인이 1996.12.16. 고유업무에 직접 사용하기 위하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 855.8㎥(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 취득하고 같은 해 12.18. 취득세 등을 50% 감면받았으나, 2000.6.2. 이 사건 토지상에 지하3층·지상8층의 건축물 4,986.12㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다.)를 신축한 후 이 사건 건축물의 일부(2,273.13㎡)를 고유업무에 직접 사용하지 않고 임대하고 있는 것을 확인하자 임대용에 공여되는 부속토지 390.15㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라고 한다.)에 대하여 그 안분취득가액(517,010,410원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조의 세율을 적용하여 산출한 세액중 이미 감면한 취득세 12,408,250원, 농어촌특별세 4,292,610원, 등록세 18,612,980원 지방교육세 3,412,260원, 합계 38,726,100원(가산세 포함)을 2005.6.21. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 토지를 취득할 당시(1996.11월경)부터 이 사건 건축물 일부를 임대할 계획을 미리 세워놓고, 이 사건 건축물중 1～3층(2,273.13㎡)를 임대할 것을 자세히 기재한 건축허가신청서를 처분청에 제출하여 그 허가를 받았으며, 사용승인후 당초 계획대로 국민의료보험관리공단 등에게 임대한 것을 보면, 이 사건 쟁점토지는 취득당시부터 감면대상에 해당되지 아니하므로 이때를 이 사건 취득세 등의 부과시점으로 보아야 하는데도, 처분청에서 2005.6.21.에 부과한 처분은 소멸시효가 만료된 이후의 처분행위로서 위법하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 구지방세법에서 50% 감면대상인 한국○○조합의 사업용 재산을 당초부터 그 일부를 임대계획하였으므로 부과제척기산일을 건축물 임대사용일(2000.6.12.)이 아닌 토지취득일(1996.12.16.)로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 이전의 것) 제291조제1항에서 그 제22호의 한국○○조합법에 의하여 설립된 한국○○조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하지만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제30조의4제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 하면서 그 제1호에서 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년, 그 제2호에서 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년, 그 제3호에서 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년이라고 하고 있으며, 같은 법 제120조제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제150조의2제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제14조의2제1항에서 법 제30조의4제1항 단서의 규정에 의한 지방세를 부과할 수 있는 날은 그 제1호의 법령에서 신고납부하도록 규정된 지방세에 있어서는 당해 지방세에 대한 신고납부기한의 다음날(이 경우 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고납부기한에 포함되지 아니한다.) 및 그 제2호의 제1호의 규정에 의한 지방세외의 지방세에 있어서는 당해 지방세의 납세의무 성립일이라고 하고 있으며, 같은 조제2항에서 제1항의 규정에 불구하고 그 제3호의 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날에 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1962.7.18. 청구인은 해운업자의 협동조직을 통하여 공동이익 증진과 그 경제적 사회적 지위를 향상시켜 해운업의 발전을 도모함으로써 국민경제의 균형있는 발전을 기함을 목적으로 한국○○조합이라는 법인을 설립하고, 그 후 1996.12.16. 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 것이라고 하여 취득세 등을 50% 감면받았으며, 1997.4.19. 관할구청장으로부터 이 사건 토지상에 고유목적 및 임대사업용 건축물(면적 4,986.12㎡)을 신축한다는 것을 명시하여 건축허가를 받았고, 2000.6.2. 이 사건 건축물에 대하여 사용승인을 받은 다음 지하3층·지상8층의 업무시설용 건축물 4,986.12㎡ 중 지상 1～3층은 임대용으로 나머지는 조합사무실로 일반건축물대장에 등재되었으며, 2000.6.12.처분청에게 지상1～3층은 ○○관리공단 등에 임대하고 있다고 기재한 이 사건 건축물 사용내역을 제출하였고, 2004.11.15. 처분청 세무담당공무원이 현장사실조사에서 이 사건 건축물이 사용승인 후 지상 1층～3층을 ○○관리공단에 임대하여 왔으며, 2002년 이후 현재까지 ○○사 등에 임대하여 사용하고 있는 사실을 제출된 관계증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 당초부터 임대계획을 가지고 임대하고 있는 건물의 그 부속토지인 이 사건 쟁점토지는 취득당시부터 감면대상에 해당되지 않는 것으로서 취득세 등의 부과제척기간이 경과되었다고 주장하므로 이를 살펴보면, 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 이전의 것) 제291조제1항제22호에서 한국해운조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등의 50%를 경감하되 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지의 경우 그 자체로 독립적으로 용도를 가질 수 있는 때는 그에 따라 고유업무 사용여부를 판단하여야 하지만 그 지상건축물이 있을 경우는 그 건축물의 용도에 따라 그 사용여부를 볼 수 있는 것이고, 특히, 대규모의 건축물을 신축할 때는 통상 법령상 유예기간(1년)을 도과하는 것이 대부분이어서 별도의 규정이 없더라도 관련 대법원 판례 등에 비추어 볼 때, 건축공사를 착공하여 정상적으로 공사를 완성할 경우에는 공사를 착공한 때도 유예기간내 사용하지 못한 정당한 사유로 보아야 하는 것이며, 그렇기 때문에 건축물이 완공후 그것의 실제사용용도에 따라 비로소 건축물은 물론 그 부속토지에 대하여도 그 고유업무에 사용여부를 판단하는 것이어서 만약 추징사유가 발생되어 부과제척기간을 기산할 경우는 지방세법 제120조제3항 및 같은 법 제150조의2제3항에 따라 납세자가 고유업무에 사용하지 아니한 사유가 발생한 날로부터 30일내 신고납부하여야 하는 것에 비추어 추징사유발생일로부터 신고기한만료일(30일)의 그 익일을 기산일로 보아야 하는 것으로서, 청구인의 경우, 이 사건 토지를 1996.12월에 취득하여 고유업무에 제공하는 것이라고 하여 관련세액의 50%를 감면받은 다음 그 지상에 1년내에 건축허가를 받아 착공하여 고유목적용 건물을 신축하였고, 2000.6월 이를 완공후 건축허가용도대로 이 사건 건축물의 일부를 임대한 것이 확인되는데, 우선, 청구인이 이 사건 취득세 등을 감면신청시 이 사건 토지가 고유목적에 사용하지 못하는 사정이 보이지 않아 처분청에서는 그대로 인정할 수밖에 없었던 것이 보여 지고 있고, 또한, 추징사항에 대하여도 비록 이 사건 토지를 유예기간내 직접사용하지 못하였으나 건축물 신축공사기간을 그 사업의 준비기간으로 보아 정당한 사유로 볼 수 있으며, 사용승인 후 그 일부를 임대한 부분에 해당하는 부속토지(이 사건 쟁점토지)에 대하여는 고유목적에 사용하지 않았으므로 감면된 세액을 추징하여야 하는데, 이 사건 취득세를 부과할 수 있는 기산일은 실제 사용여부에 불구하고 건축허가신청서나 건축물대장상 용도구분에 이 사건 건축물의 일부를 임대용이라고 등재되어 이미 용도를 확정하고 있으므로 적어도 그 사용승인일인 2000.6.2.을 고유목적에 사용하지 아니한 사유발생일로 보아야 할 것이며, 그 날부터 신고납부기한 만료일(30일) 다음날인 2000.7.1.이 그 기산일로 하여 역산하면 부과제척기간 만료일(5년)은 2005.6.30.이라고 할 수 있어서 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것이 2005.6.17. 확인되므로 부과제척기간이 경과되었다는 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 11. 28.

행 정 자 치 부 장 관