청구법인은 1990.1.1자로 구 조세감면규제법(1987.11.28. 법률 제

3939호로 개정되고, 1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2의 규정에 따라 자산재평가법상의 자산재평가(이하 “쟁점자산재평가”라 한다)를 실시하면서 재평가세 233,847,020원을 납부하였다.

처분청은 쟁점자산재평가를 실시한 청구법인이 발행주식을 재평가특례

적용 법인의 기업공개 기한인 2003.12.31.까지 상장하여야 함에도 불구하고 이를 상장하지 아니하였다고 하여, 재평가차액을 임의평가차익으로 보고, 2004.1.17 쟁점자산재평가에서 발생한 재평가차익 7,794,900,940원을 청구법인의 1990사업연도 익금에 산입하여 법인세와 방위세를 부과처분하면서, 기존에 부과한 재평가세 233,847,028원을 직권취소하고, 위 납부일 다음날로부터 기산한 환급가산금 303,283,870원(이하 “쟁점환급가산금”이라 한다)과 함께 이를 환급하였다.

이에 청구법인은 위 법인세 부과처분에 대하여 2004.3.23. 심판청

구를 제기하였고, 국세심판원은 부과처분중 가산세는 취소하도록 결정하였으며, 처분청은 법인세 가산세가 취소되었다는 사유로 2006.5.18 쟁점환급가산금을 전액 환수하는 부과처분을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2006.7.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

환급가산금은 가산세 부과취소와 관계없이 가산금 지급요건에 해당

하면 지급하여 주어야 하므로 쟁점환급금과 같이 상장기한 경과로 재평가세가 소급하여 취소된 것은 국세기본법 제52조 제1호의 규정에 의한 과오납 등에 해당하므로 재평가세 납부일의 다음날부터 기산하여 환급가산금을 지급하도록 규정하고 있음에도 불구하고, 납부한 재평가세에 대한 환급가산금을 지급한 후 재경경제부의 예규에 따라 환급가산금을 추징하는 것은 소급과세로 신의성실의 원칙에 위배되므로 쟁점환급가산금을 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

국세심판원 결정에서 청구법인이 2003.12.31.까지 주식을 상장하지

않음에 따라 재평가차익에 대한 법인세 등은 2003.12.31.이 속하는 사업연도의 신고기한까지 납부할 수 있고, 이에 대한 가산세도 신고기한까지는 부과할 수 없다고 결정(당초 감면하였던 법인세를 추징)함에 따라 청구법인의 자산재평가에 따른 법인세 등에 대한 가산세와 납부한 재평가세에 대한 환급가산금은 동일한 기준으로 결정되어야 하므로 재정경제부의 예규에 따라 쟁점환급가산금을 추징한 것은 소급과세로 볼 수 없을 뿐 아니라 신의성실의 원칙에도 벗어나지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

주식상장을 전제로 법인세를 감면한 후 주식을 상장하지 아니함에 따라 법인세를 과세하면서 납부한 재평가세에 대한 환급가산금을 지급하지 아니한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (1984. 8. 7 신설)

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (1984. 8. 7 개정)

⑤ 세법 이외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항 내지 제3항의 규정의 적용에 있어서 이를 세법으로 본다. (1984. 8. 7. 개정)

(3) 국세기본법 제52조【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다. (2003. 12. 30. 후단신설)

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. (2000. 12. 29 개정)

3. 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일

5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일

다. 심리 및 판단

(1) 사실관계

(가) 청구법인은 1990.1.1.을 재평가일로 하여 구 조세감면규제법 제56조의 2의 규정에 따라 특례재평가를 하기 위하여 자산재평가를 실시하고, 처분청에 재평가차액 7,794,900,940원, 재평가세액 233,847,020원으로 하는 자산재평가 신고서를 제출하고 1990.3.27. 170,000천원, 1991.3.2. 116,000천원을 각각 분납한 사실이 확인된다.

(나) 처분청은 청구법인이 기한내 공개하지 않은 자산재평가에 대하여 구 조세감면규제법 제56조의 2 및 부칙 제23조의 규정에 의하여 재평가차액을 자산재평가법에 의한 재평가차액이 아닌 임의평가차익으로 보아 1990사업연도의 익금에 산입하여 2004.1.17. 청구법인에게 1990사업연도분 법인세 5,771,071,810원(과소신고가산세 433,499,205원, 미납부가산세 3,197,490,140원 포함)과 1990사업연도분 방위세 654,360,840원(미납부가산세 109,060,140원 포함)을 결정고지하면서 기존에 부과한 자산재평가세 233,847,020원에 대해서는 그 부과처분을 직권취소하고, 위 납부일 다음날로부터 기산한 환급가산금 303,283,870원을 함께 환급하였음이 확인된다.

(다) 청구법인은 위 법인세 및 방위세 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구(OOOOOOOOOO, 2005.4.20)를 제기하였고, 국세심판원은 이 중 가산세 부과처분을 취소하는 결정을 하였다.

(라) 위 국세심판원의 결정에 대해, 재정경제부는 과세관청이 청구법인에게 환급한 환급가산금은 법인세의 가산세를 징수하는 것을 전제로 이를 환급하였는데도 국세심판원의 가산세 부과처분 취소결정으로 인해 과세관청이 가산세를 징수하지 못하게 된 이상, 청구법인에게 환급한 환급가산금은 이를 전액 환수되어야 한다는 해석을 하였다 (재정경제부 조세정책과-363, 2006.3.22).

(라) 처분청은 위 재정경제부 예규를 근거로 하여 2006.5.18. 청구법인에게 자산재평가에 대한 환급가산금 303,283,870원을 추징하였다.

(2) 판 단

(가) 청구법인은 납부한 재평가세를 환급하면서 쟁점환급가산금을 가산하여 지급하였다가 재정경제부의 예규에 따라 다시 쟁점환급가산금을 추징하는 것은 조세법률주의에 위반될 뿐만 아니라 소급과세 등에 해당하므로 부당하다고 주장하고 있다.

(나) 국세환급가산금 관련법령인 국세기본법 제52조를 살펴보면, 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일(그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일), 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일, 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일 다음날부터 지급결정을 하는 날까지의 기간에 해당하는 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하도록 규정하고 있으며,

재정경제부 예규(조세정책과-363, 2006.3.22)에서는 동일한 자산재평가차익에 대하여 감면한 법인세를 과세하면서 납부한 재평가세를 환급하는 경우 법인세 가산세와 재평가세 환급가산금은 서로 밀접한 관계에 있으므로 동 기간에 해당하는 법인세 가산세를 부과하지 아니한 경우에는 납부한 재평가세 환급가산금도 지급하지 아니한다고 해석하고 있다.

(다) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인이 납부한 재평가세는 구 조세감면규제법 제56조의 2의 규정에 따라적법하게 납부한 세금으로 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 부과가 취소된 경우에 해당되는 것으로 보기는 어려운 것으로 보여질 뿐만 아니라 동일한 자산재평가차익에 대하여 감면된 법인세 등을 과세하면서 납부한 재평가세를 환급하는 경우 법인세 등과 재평가세는 서로 밀접한 관련이 있는 것으로 판단되며, 청구법인이 주식 상장기한인 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 아니함에 따라 처분청은 감면한 법인세 등을 과세하면서 미납부가산세를 가산하여 과세하였으나 국세심판결정(OOOOOOOOOO, 2005.3.28)에서 주식 상장기한 인 2003.12.31.이 속하는 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한까지는 미납부가산세를 징수할 수 없다고 결정함에 따라 동일한 자산재평가차익에 대하여 이미 납부한 재평가세를 환급함에 있어서 법인세 등 가산세를 징수하지 아니한 기간에 해당하는 기간에 대하여는 환급가산금도 가산하지 아니한 것이 적법한 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 쟁점환급가산금을 납부하도록 고지한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의해 주문과 같이 결정한다.

2007년 7월 27일

주심국세심판관 박 동 식

배석국세심판관 허 병 우

장 인 태