가. 원고는 ‘토목건축공사업, 전기공사업, 준설공사업’ 등을 목적으로 하는 회사로서, 2008. 12. 29. 피고로부터 거제시 양정동 885-18 일대에 거제힐스테이트아파트(613세대, 이하 ‘이 사건 공동주택’이라 한다)를 건설하는 내용의 주택건설사업계획승인을 받았다.

나. 원고는 피고에게 이 사건 공동주택 신축과 관련한 학교용지부담금으로, 2009. 11. 23. 1,237,744,000원을, 2010. 2. 22. 202,480,000원을 각 납부하였다.

다. 원고는 2012. 3. 30. 피고로부터 이 사건 공동주택에 대한 임시사용승인을 받았고, 2012. 5. 22.경 피고에게 이 사건 공동주택의 신축에 소요된 공사비 등을 반영하여 과세표준 취득가격을 100,994,165,620원으로 계산하여 이 사건 공동주택 취득세 2,827,836,630원, 지방교육세 161,590,660원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

경상남도지사는 원고에 대하여, 2013. 11. 25.부터 2013. 11. 29.까지 이 사건 공동주택에 관한 세무조사를 실시하였고, 2013. 12. 2. 등록세와 재산세 등 합계 777,414,110원을 추징한다는 취지의 세무조사결과를 통보하였다.

이에 대하여 원고가 과세전적부심사를 청구한 결과 추징세액이 22,009,300원으로 경정되었고, 원고는 2014. 2. 28. 피고에게 추징세액 22,009,300원을 추가로 납부하였다.

마. 행정자치부는 2015. 12. 11. ‘부동산 취득 과정에서 지급한 학교용지부담금은 지방세법 시행령 제18조 제1항이 규정한 취득세 과세표준이 되는 취득가격에 해당한다’는 유권해석(이하 ‘이 사건 유권해석’이라 한다)을 하였다.

바. 피고는 원고에 대하여, 2016. 9. 26. 원고가 기존에 납부한 학교용지부담금 1,440,224,000원을 이 사건 공동주택에 대한 취득세 과세표준 취득가격에 포함시켜야 하므로, 증액된 취득세 51,000,620원, 지방교육세 2,683...

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