청구법인은 2002.10.7 개업하여 핸드폰의 외장재인 프라스틱을 코팅하는 법인으로 2004.8.18 OOOOO OOO OOO OOO번지 소재 공장건물을 취득하여 사업장을 이전하면서 공장 생산라인 설치 및 전기설비 증설 등 시설투자에 대하여 2004년 2기분 부가가치세 예정신고시 조기환급을 신고하였는 바, 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지조사를 실시하고, 청구법인이 동 시설투자 과정에서 2004년 2기 중 청구외 OOOOOOOO주식회사(OOOOOOOO OOOOOOOOOOOO이며, 이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 수취한 공급가액 163,480천원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)상의 공급자가 사실과 다른 것으로 보아 매입세액 불공제하고 2005.3.9 청구법인에게 2004년 2기분 부가가치세 23,637,610원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.5.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 이 건 공사계약 체결당시 OOOOOOOO주식회사(OOOOOOOO OOOOOOOOOOOO이며, 이하 “청구외법인1”이라 한다)가 2003.6.30자로 직권폐업된 사실을 모르고 청구외법인1과 공사계약을 체결하고, 실제 공사용역을 제공받은 후, 공사대금을 대표자 이OO 명의의 통장에 입금하여 주었으며, 세금계산서는 청구외법인1의 사업자등록번호가 부활되지 아니하여 2004.8.1 신규로 사업자등록을 필한 청구외법인으로부터 수취한 것으로 청구외법인1과 청구외법인은 사실상 그 실체가 같은 법인이므로 쟁점세금계산서 중 청구외법인이 사업자등록을 한 이후에 수취한 공급가액 124,000천원 상당의 세금계산서상의 매입세액은 공제되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2003.6.30자로 직권폐업되어 그 실체가 없는 청구외법인1과 공사계약을 체결하고 공사대금은 이OO 개인명의의 통장에 입금하였으며, 청구외법인은 2004.8.1 개업하여 쟁점세금계산서의 교부주체가 될 수 없으므로 이 건 실제공사를 시공한 자는 이OO 개인으로 보아야 하고, 거래당사자인 청구법인이 이러한 사실을 충분히 인지할 수 있었다고 보여지므로, 공급자가 사실과 다른 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구외법인1을 청구외법인과 그 실체가 같은 것으로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2004.12.31 법률 7318호로 개정되기 전의 것)

제5조 【등록】 ① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

⑤ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다.

제9조 【거래시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2.～4. (생략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

제21조 【결정 및 경정】 ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 부가가치세법시행령(2004.12.31 대통령령 18626호로 개정되기 전의 것)

제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

제60조 【매입세액의 범위】 ① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOO번지에서 2002.10.7 개업하여 핸드폰의 외장재인 프라스틱을 코팅하는 사업을 영위하여 오다가 2004.8.18 같은곳 OOO번지 소재 공장건물을 취득하여 사업장을 이전하면서, 2004.4.23부터 2004.6.11까지 3회에 걸쳐 청구외법인1과 공급가액 159,480천원 상당의 공사계약을 체결하고(공급가액 4백만원 상당의 3층 OOOOOO에 대하여는 공사계약 미체결), 공사용역을 공급받은 다음, 2004.4.23부터 2004.9.16까지 15회에 걸쳐 공사대금 166,428천원을 청구외법인1 및 청구외법인의 대표자 이OO 명의의 계좌에 입금(이 중 3회 4백만원은 법인 명의의 통장에 입금)하였으며, 세금계산서는 2004.8.1 신규로 개업한 청구외법인으로부터 수취하여 2004년 2기분 부가가치세 예정신고시 관련 매입세액을 환급받았는 바, 청구외법인 등의 사업자등록 내역은 아래 <표1>과 같으며, 이 건 공사계약 및 세금계산서 수취내역, 공사대금 지급내역은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다.

<표1> 청구외법인 등의 사업자등록 내역

(2) 위 <표2>의 공사계약과 관련하여 청구법인과 청구외법인은 2004.8.26 합의서를 작성하였는 바, 동 합의서에 의하면, 청구외법인은 청구외법인1이 수행하던 공사 중 지체된 공사에 대하여 계속 공사를 진행하여 2004.9.30까지 공사를 완료하기로 하였고, 기폐업된 사업자등록번호(청구외법인2)로 세금계산서가 이미 교부된 2차 도급금액 35,480천원에 대하여는 신규로 등록한 사업자등록번호(청구외법인)를 사용하여 동일한 매수 및 금액으로 세금계산서를 재발행하여 주기로 한 내용이 기재되어 있다.

(3) 한편, 청구법인이 제출한 공사사실확인서에 의하면, ‘청구외법인은 청구법인이 신규로 매입한 공장에 대하여 위 <표2>와 같이 공사를 한 사실을 확인하며, 청구외법인이 신규로 사업자등록을 하기 전에 폐업된 사업자등록(청구외법인1)을 부활하려고 처분청을 방문하였으나, 체납 및 다른 사정에 의하여 거절당하여 2004.8.1을 개업일로 하여 2004.8.26 신규로 사업자등록(청구외법인)을 하고, 기존 사업자등록의 말소여부와 관계없이 청구외법인이 공사를 계속 진행하여 2004년 9월말경 공사를 완료하였다’고 기재되어 있다.

(4) 위 합의서 등에 기초하여 청구법인은 청구외법인으로부터 1차 도급금액 90,000천원에 대한 세금계산서를 2004.8.27자로 수취하고, 2004.5.30 청구외법인2로부터 이미 세금계산서를 수취하였던 2차 도급금액 35,480천원에 대한 세금계산서를 2004.9.1자로 재수취하였으며, 3차 도급금액 34,000천원에 대한 세금계산서를 2004.9.30자로 수취하여 관련 매입세액을 환급받았으나, 처분청은 쟁점세금계산서상의 공급자가 사실과 다른 것으로 보아 매입세액 불공제하고 2005.3.9 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(5) 이에 대하여 청구법인은 처분청이 청구외법인1의 사업자등록을 직권폐업시킨 후 이러한 사실을 청구외법인1에게 통지하지 아니하여 청구외법인1이 처분청에 의하여 직권폐업 처리된 사실을 모르는 상태에서 청구법인이 청구외법인1과 이 건 공사계약을 체결하였고, 청구외법인1이 직권폐업 처리된 이후에도 실질적으로 사업을 하고 있었기 때문에 사업자등록을 부활해 주어야 하는데도 처분청이 이를 거절하여 부득히 신규로 사업자등록을 하고, 위와 같은 합의서를 작성하게 된 것이나 청구외법인1과 청구외법인은 실질적으로 그 실체가 동일한 법인이므로 쟁점세금계산서 중 청구외법인이 신규로 사업자등록을 한 이후에 교부한 위 1차 및 3차 도급분에 대한 세금계산서상의 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있다.

(6) 살피건대, 청구외법인1은 2003.6.30자로 이미 직권폐업(2003.10.20 폐업처리)되어 청구법인과 청구외법인1이 이 건 1차 및 제3차 공사계약을 체결할 당시인 2004.4.23 및 2004.6.11 현재 정당한 사업자라고 보기 어렵고, 청구법인이 조금만 더 주의를 기울였다면, 2003.10.20 직권폐업사실이 등재된 청구외법인1이 이 건 공사계약 체결당시 정당한 사업자가 아니라는 사실을 알 수 있었을 것으로 보이며, 이 건 공사대금도 대부분 청구외법인1 명의의 통장이 아닌 대표자 이OO 개인 명의의 통장에 입금되어 이 건 실제 공사를 한 사업자는 청구외법인1이라기 보다는 이OO 개인으로 볼 수 있는 점이 있고, 청구외법인 또한 2004.8.25에야 사업자등록이 되어 이 건 공사계약 체결당시에는 존재하지 않던 법인이며, 이 건 공사대금도 대부분 청구외법인이 사업자등록을 하기 전에 이미 지급되어 공사계약일 및 대금지급일 이후에 사업자등록을 한 청구외법인은 쟁점세금계산서를 교부할 자격이 없다고 보여진다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서상의 공급자가 사실과 다른 것으로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.