결정 내용은 붙임과 같습니다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 판지제조업 등을 목적으로 하는 주식회사로서 ○○시 ○○동 ○○-3 공장 용지 7㎡, 같은 동 ○○-4 공장용지 7㎡, 같은 동 ○○-2 공장용지 18,369㎡, 같은 동 ○○-3 공장용지 394㎡, 같은 동 ○○-4 공장용지 3,532㎡' 같은 통 ○○-5 공장용지 382㎡, 같은 동 ○○-6 도로 230㎡' 같은 동 ○○○-3 공장용지 76㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 와 위 ○○-2, ○○-4, ○○-5, ○○○-3 지상 에이동 철근콘크리트조 l층 공해공장, 창고, 물탱크실, 기계실 3,084.35㎡ 및 철골조 샌드위치판넬지붕 2층 공해공장, 기계실, 사무실 3,744.15㎡, 비동 철근콘크리트조 스레트지붕 단층 공해공장 189.6㎡, 디동 철근콘크리트조 스라브지붕 1층 사무실 및 창고 252.08㎡ 2층 창고 96㎡, 이동 경량철골조샌드위치 판넬지붕 단층 보일러실 76.50㎡(이하'이 사건 건물'이라 하고, 위 토지와 건물을 통틀어 지칭할 경우에는'이 사건 부동산'이라 한다)을 2005. 12. 7. ○○중앙교회에게 총 매매대금 9,650,000,000원(토지금액 9,500,000,000원, 건물대금 150,000,000원)에 매 도하였다.

나. ○○중앙교회는 이 사건 부동산의 매매계약 당시 1983년경 건립된 이 사건 건물 을 철거하고 이 사건 토지 위에 건물을 신축할 계획이었으나, 매매계약 이후 계획을 변경하여 이 사건 건물 중 공장 건물을 리모델링하여 교회건물로 사용하고 있다.

다 피고는 이 사건 부동산의 매매계약서에 기재된 총 매매대금이 실지거래가액이라는 사실은 인정되나 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다는 이유로 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호에 의하여 소득세법 제99조의 규정에 의한 계약 당시 이 사건 토지 및 건물의 기준시가에 따라 안분계산한 건물가액인 2,722,532,000원을 기준으로 부가가치세를 경정하여 2007. 11. 2. 원고에게 2005년 2기분 부가가치세 360,382,600원을 부과 고지하였다(이하'이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 1. 30. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 같은 해 6. 30. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원의 ○○시에 대한 사실조회결과, 갑 1, 2, 9호증의 각 기재, 증인 박○규의 증언, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가.당사자의주장

원고는 매매계약서에 토지와 건물의 가액을 구분하여 기재한 것이 바로 실지거래가액이므로 그 건물가액에 따라 부가가치세를 납부하여야 한다고 주장하고, 피고는 건물의 장부가액과 매매계약서상의 건물가액의 차이가 과다한 점, 원고가 매수자인 ○○중앙교회보다 우월한 지위에 있었으므로 이 사건 건물의 가액을 높게 책정하였을 것임에도 일반적인 거래관행과 다르게 건물의 가액을 매우 낮게 책정한 점에 비추어 볼 때 그 가액은 실지거래가액으로 볼 수 없으am로 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1 본문에 따라 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가에 따라 안분하는 방법으로 계산된 건물가액에 따라 부가가치세를 납부하여야 한다고 주장한다.

나. 관계법령

부가가치세법 시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산)

다. 판단

(1) 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호는 '사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에는 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우, 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다'고 규정하고 있는바, 위 단서조항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분 기장되어있는 경우에는, 그 기재가 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 위 규정의 적용 대상이 되지 아니한다고 해석함이 위 국세기본법 제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다고 할 것이다(대법원 1989.12.26. 선고 89누169 판결 등 참조).

(2) 이 사건 부동산의 매매계약서에 건물가액과 토지가액이 명확하게 구분되어 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같으므로 그 건물가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하는 피고가 그 기재가 허위라는 사실에 관한 입증책임을 부담한다고 할 것이다.

살피건대, 이 사건 건물의 장부가액이 1,792,828,819원이고, 기준시가가 1,599,304,260원으로 이 사건 매매계약서에 기재된 건물가액을 현저히 초과하는 사실은 당사자 사이 에 다툼이 없으나, 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 시가가 아니 라 설지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미 하는 것인데 증언 박○규의 증언에 의하면 ○○중앙교회는 건립한 지 20여년 된 이 사건 건물을 철거하고 교회건물을 신축할 예정이라 매매계약 당시 이 사건 건물의 가격을 책정하지 않으려 하였으나 원고의 요구에 의하여 이 사건 건물의 가액을 정한 것이었는바 매매계약서에 기재된 이 사건 건물의 가액에 관하여 원고와 ○○중앙교회 사이의 약정이 있었던 것으로 보이는 점, 매매계약서와 같은 처분문서의 진정성립이 인정되는 이상 법원으로서는 반증이 없는 한 그 문서의 기재 내용에 따른(의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하고 이를 배척하려면 그 기재 내용과 다른 명시적, 묵시적 약정이 있는 사실이 인정되어야 할 것이나 이 사건에서 그러한 반대사실의 증명이 없는 점 등에 비추어 보면 피고가 주장하는 사유만으로는 이 사건 부동산의 매매계약서에 기재된 이 사건 건물의 가액이 허위라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고와 ○○중앙교회 사이의 이 사건 부동산의 매매계약이 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 사건 처분은 위법 하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.