[2] 갑 외국법인은 바이오스티어와 아제닛 공법에 의한 폐하수의 질소·인 제거기술을 포함한 수질오염물질처리 장치 및 기술을 수반하는 사업이 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 , 구 조세특례제한법 시행령 제116조의2 제1항 제2호 , 제2항 의 사업으로 조세감면대상에 해당하는지 기획재정부장관에게서 사전확인통보를 받아 을 주식회사를 설립하였고, 이후 을 회사는 위 사업에 관한 갑 법인의 투자에 대해 조세감면결정을 받았는데, 또 다시 갑 법인의 추가투자에 대해 조세감면신청을 하였으나 기획재정부장관이 위 기술은 더 이상 위 시행령 제116조의2 제2항 제1호 의 기술이 아니라는 이유로 조세감면신청을 거부하는 처분을 한 사안에서, 사전확인통보는 통보 당시의 사정을 기준으로 한 것으로서 기획재경부장관이 그 후 사정변경으로 위 기술이 위 시행령 제116조의2 제2항 제1호 의 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이루어진 투자에 대하여도 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 하였다고 할 수는 없으므로, 위 처분이 사전확인통보의 취지에 반한다 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다고 한 사례

구 조세특례제한법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제121조의2 제1항 은 ‘다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 법인세 등을 감면한다’고 규정하면서, 그 제1호 에서 ‘국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업’을 들고 있고, 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법 시행령’이라 한다) 제116조의2 는 제1항 제2호 에서 조특법 제121조의2 제1항 제1호 에 의한 사업의 하나로 ‘고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업’을 규정하고, 제2항 제1호 에서 ‘ 제1항 의 규정에 의한 사업은 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술을 수반하는 사업이어야 한다’고 규정하고 있다. 한편 조특법 제121조의2 제7항 은 ‘외국인·외국투자가 또는 외국인투자기업은 그 영위하고자 하는 사업이 제1항 의 규정에 의한 감면대상에 해당하는지의 여부를 확인하여 줄 것을 재정경제부장관에게 신청할 수 있다’고 규정하고 있다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 ① 외국법인인 베올리아 워터사(Veolia Water S. A., 이하 ‘베올리아’라 한다)가 조특법 제121조의2 제7항 에 의하여 바이오스티어(BIOSTYR)와 아제닛(AZENIT) 공법에 의한 폐하수의 질소·인 제거기술을 포함한 수질오염물질처리 장치 및 기술(이하 ‘이 사건 기술’이라 한다)을 수반하는 사업이 조특법 제121조의2 제1항 제1호 , 조특법 시행령 제116조의2 제1항 제2호 , 제2항 소정의 사업으로서 조세감면대상에 해당하는지 여부에 관한 사전확인을 신청한 데에 대하여, 피고가 2000. 12. 28. 이 사건 기술을 수반하는 사업이 위 규정에 의한 조세감면의 기준을 충족한다는 취지의 사전확인통보(이하 ‘이 사건 사전확인통보’라 한다)를 한 사실, ② 그에 따라 베올리아가 2001. 12. 20. 신규투자분 4,005만 원으로 원고를 설립한 다음 원고와 인천광역시는 같은 달 26일 원고가 이 사건 기술을 수반하는 하수종말처리시설을 건설하여 인천광역시에 양도하되 그 대가로 20년간 이를 관리·운영하면서 사용료를 지급받는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하기로 약정한 사실, ③ 원고는 이 사건 사업에 관하여 베올리아로부터 받은 신규투자분 4,005만 원과 2002. 9. 18.자 추가투자분 38억 5,922만 원이 조특법 제121조의2 제1항 제1호 소정의 사업을 영위하기 위한 외국인투자에 해당한다는 이유로 조세감면신청을 하자 피고가 이들에 대한 조세감면결정을 한 사실, ④ 그 후 다시 원고는 2003. 1. 14., 같은 해 3. 19., 같은 해 6. 20. 각 유상증자를 실시하면서 베올리아로부터 합계 59억 8,349만 원의 추가투자(이하 ‘이 사건 투자’라 한다)를 받고 그에 대하여 같은 이유로 조세감면신청을 하였으나, 피고는 2004. 11. 9. 이 사건 기술이 더 이상 조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호 소정의 기술에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 위 조세감면신청을 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정한 다음, 피고가 이 사건 사전확인통보를 함으로써 이 사건 사업에 대하여 조세감면을 하겠다는 공적인 견해표명을 하였고 베올리아 또는 원고가 위 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 귀책사유가 있다고 볼 사정이 보이지 않는다는 등의 이유로 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다고 판단하였다.

그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 경우 그에 반하는 과세관청의 행위에 대하여는 신의성실의 원칙이 적용될 수 있지만, 이는 과세관청이 공적인 견해를 표명할 당시의 사정이 그대로 유지됨을 전제로 하는 것이 원칙이므로 사후에 그와 같은 사정이 변경된 경우에는 그 공적 견해는 더 이상 납세자에게 신뢰의 대상이 된다고 보기 어려운 만큼 특별한 사정이 없는 한 과세관청이 그 견해표명에 반하는 처분을 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다.

원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 피고가 이 사건 사전확인통보를 함에 있어서 이 사건 기술이 조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호 소정의 기술에 해당하는지 여부를 판단한 기준 시점은 그 통보 당시라고 할 수 있는 점, 피고의 요청에 따라 환경부장관의 의뢰를 받은 국립환경연구원은 2002. 12. 26. 이 사건 기술의 현황에 대하여 2001. 2. 5.부터 2002. 9. 25.까지 국내 26개 업체가 이 사건 기술 또는 그와 유사한 환경신기술의 보유업체로 지정받은 점을 근거로 이 사건 기술은 국내의 활발한 기술개발로 인하여 상용화됨으로써 기술이전효과가 미약하다는 취지의 의견을 표명한 점, 이 사건 투자는 위와 같은 의견표명이 있은 이후에 이루어진 점 등을 알 수 있다.

이러한 사정과 조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호 에서 말하는 기술은 신규성과 고도성 및 파급력 등을 그 요건으로 하므로 시간의 경과에 따라 그 해당 여부에 대한 판단이 달라질 수밖에 없는 점을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사전확인통보는 그 통보 당시의 사정을 기준으로 한 것으로서 피고가 이를 통하여 그 후 사정변경으로 이 사건 기술이 조특법 시행령 제116조의2 제2항 제1호 소정의 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이루어진 이 사건 투자에 대하여도 조특법 제121조의2 소정의 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 하였다고 할 수는 없으므로, 이 사건 처분이 이 사건 사전확인통보의 취지에 반한다 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다.

그럼에도 원심이 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위반된다고 판단한 것은 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해하여 그 요건에 대한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.