2. 피고가 2013. 3. 4. 원고에게 한 소득자를 aaa로 한 2008년 귀속 X,XXX,XXX,XXX원의 상여 소득금액변동통지처분 중 △,△△△,△△△,△△△원을 초과하는 부분, 2010년 귀속 △,△△△,△△△,△△△원의 상여 소득금액변동통지처분 중 O,OOO,OOO,OOO원을 초과하는 부분, 2011년 귀속 O,OOO,OOO,OOO원의 상여 소득금액변동통지처분 중 X,XXX,XXX,XXX원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고가 2014. 1. 6. 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 X,XXX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 △△△,△△△,△△△원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOO,OOO,OOO원을 초과하는 부분, 2016. 12. 1. 원고에게 한 2010 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 △△△,△△△,△△△원을 초과하는 부분, 2011 사업연도 귀속 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 중 ooo,ooo,ooo원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 피고가 2013. 3. 4. 원고에게 한 소득자를 aaa로 한 2008년 귀속 X,XXX,XXX,XXX원의 상여 소득금액변동통지처분 중 △,△△△,△△△,△△△원을 초과하는 부분, 2009년 귀속 O,OOO,OOO,OOO원의 상여 소득금액변동통지처분 중 △△△,△△△,△△△원을 초과하는 부분, 2010년 귀속 △,△△△,△△△,△△△원의 상여 소득금액변동통지처분 중 X,XXX,XXX,XXX원을 초과하는 부분, 2011년 귀속 △,△△△,△△△,△△△원의 상여 소득금액변동통지처분 중 X,XXX,XXX,XXX원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

가. 원고는 의류 제조와 판매 및 수출입업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 아래 표 기재와 같은 내용의 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세 과세표준과 세액신고를 하고 법인세를 납부하였다.

(단위: 원)

사업연도

매출

결산서상 당기순이익

과세표준

총 부담세액

2008

x,xxx,xxx,xxx

aaa,aaa,aaa

aa,ddd,ddd

a,aaa,aaa

2009

a,aaa,aaa,aaa

gg,ggg,ggg

bb,bbb,bbb

b,bbb,bbb

2010

bbb,bbb,bbb

b,bbb,bbb

cc,ccc,ccc

c,ccc,ccc

2011

c,ccc,ccc,ccc

cc,ccc,ccc

dd,ddd,ddd

d,ddd,ddd

합계

d,ddd,ddd,ddd

dd,ddd,ddd

ee,eee,eee

e,eee,eee

다. 서울지방국세청장은 2012. 6. 28.부터 2013. 1. 26.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 피고에게 '원고가 ① 직접 생산한 의류(이하 '직접생산의류'라 한다), ② 중국법인인 ○○복장유한공사에 위탁제조를 맡겨 생산한 의류(이하 '중국생산의류'라 하고, 직접생산의류와 중국생산의류를 통틀어 '○○제품'이라 한다), ③ ddd종합시장이나 pc시장 등에서 의류도소매업자(이하 '국내 의류도소매업자'라 한다)로부터 구입한 의류(이하 '시장상품'이라 한다)를 유한회사 KKK를 통해 일본법인인 주식회사 CCC(이하 'CCC'라 한다), DDD 등(이하 CCC와 DDD 등을 통틀어 '일본 의류수입업체'라 한다)에 수출하였음에도 이에 관한 매출을 누락하여 조세의 부담을 부당하게 감소시켰으므로, 누락 매출을 익금산입하고 관련 비용을 손금산입하여 경정처분을 하라'고 통보하였다.

라. 피고는 별지 1 [표 1] '익금산입'란 기재와 같이 누락 매출을 익금산입하고 '손금산입'란 기재와 같이 관련 비용을 손금산입한 후 2013. 3. 4. 원고에게 '차감고지세액'란 기재 금액만큼의 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세(각 가산세 포함, 이하 같다) 부과처분을 하였다(이하 '당초 법인세 부과처분'이라 한다). 또한 피고는 위 익금산입액이 원고의 실질적 대표자인 aaa에게 귀속된 것으로 보아, 같은 날 원고에게 소득자를 aaa로 한 별지 1 [표 1] '소득금액변동통지액'란 기재 금액만큼의 2008년 내지 2011년 귀속 각 상여 소득금액변동통지처분을 하였다(이하 '당초 상여 소득금액변동통지처분'이라 한다).

마. 원고는 위 각 처분에 불복하여 2013. 5. 21. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였다. 서울지방국세청장은 2013. 12. 12. 'DDD 관련 매출액 중 과다계상된 부분을 차감하여 법인세 과세표준과 세액 및 상여 소득금액을 경정하고, 누락 매출과 관련 비용 중 일부를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액 및 상여 소득금액을 경정하라'고 결정하였다. 피고는 위 결정에 따라 재조사를 한 후, 2014. 1. 2. 원고에게 별지 1 [표 2], [표 4], [표 5] 각 기재와 같이 2008 사업연도, 2010 사업연도, 2011 사업연도 귀속 각 법인세 감액경정처분을 하였다.

바. 원고는 위 이의신청결정에 불복하여 2014. 2. 24. 조세심판원에 심판을 청구하였다. 조세심판원은 2016. 11. 30. '원고가 원고를 위해 일본에서 수입통관 등의 업무를 수행한 일본법인인 NNN 주식회사(이하 '일본무역'이라 한다)와 주식회사 HJ물류(이하 'HJ'라 한다) 및 ASI 주식회사(이하 'ASI무역'이라 하고, 위 각 회사를 통틀어 '일본 대행업체'라 한다)로부터 일본소비세를 지급받았는지 여부, 원고가 원고를 위해 수출통관 등의 업무를 수행한 KJ에 지급한 운송비와 중국생산의류 관련 각종 비용 등을 손금산입하여야 하는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세표준과 세액 및 상여 소득금액을 경정하라'고 결정하였다. 피고는 위 결정에 따라 재조사를 한 후, 2017. 2. 13. 원고에게 별지 1 [표 2] 내지 [표 5] 각 기재와 같이 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세 감액경정처분을 하였다.

사. 한편, 피고는 일부 거래처가 원고와의 거래사실을 부인하였다는 등의 이유로 2013. 8. 12.부터 2016. 12. 1.까지 원고에게 별지 1 [표 2] 내지 [표 5] 각 기재와 같이 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세 증액경정처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 3, 28호증, 을 제1, 20 내지 24, 37 내지 39, 43 내지 46, 64, 65, 74호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 항고소송의 대상이 되는 처분의 특정

가. 관련 법리

과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 된다. 이는 증액경정 시에 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다.

감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 주는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우에 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되지는 아니한다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

한편, 과세처분에 관한 납세고지서의 송달이 국세기본법에 위배되는 부적법한 것으로서 송달의 효력이 발생하지 아니하는 이상, 그 과세처분은 무효이다(대법원 1984. 5. 9. 선고 82누332 판결, 대법원 1995. 8. 22. 선고 95누3909 판결 등 참조).

나. 법인세 부과처분의 경우

1) 피고는 2014. 7. 7. 원고에게 별지 1 [표 2], [표 3] 각 기재와 같이 2008 사업연도, 2009 사업연도 귀속 각 법인세 증액경정처분을 하고 이를 공시송달하였다. 그러나 피고가 위 각 공시송달을 함에 있어 국세기본법에서 정한 공시송달 사유가 있었음을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 2014. 7. 7. 이루어진 위 각 증액경정처분은 무효이다. 따라서 2008 사업연도, 2009 사업연도 귀속 각 법인세의 경우 2014. 7. 7. 이전에 적법하게 송달이 이루어진 2014. 1. 6.자 각 증액경정처분이 적법한 증액경정처분으로서 항고소송의 대상이 된다.

2) 피고는 2016. 12. 1. 원고에게 별지 1 [표 4], [표 5] 각 기재와 같이 2010 사업연도, 2011 사업연도 귀속 각 법인세 증액경정처분을 하고 이를 적법하게 송달하였다. 따라서 2010 사업연도, 2011 사업연도 귀속 각 법인세의 경우 적법하게 송달이 이루어진 위 2016. 12. 1.자 각 증액경정처분이 항고소송의 대상이 된다.

3) 다만 앞서 살펴보았듯이, 조세심판결정 후인 2017. 2. 13. 별지 1 [표 2] 내지 [표 5] 각 기재와 같이 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세 감액경정처분이 이루어졌으므로, 항고소송의 대상이 되는 위 2014. 1. 6.자 또는 2016. 12. 1.자 각 증액경정처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 부분이 이 사건 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다(이하 이를 '이 사건 법인세 부과처분'이라 한다). 이를 표로 정리하면 다음과 같다

(단위: 원)

사업연도

2014. 1. 6. 또는 2016. 12. 1. 법인세 부과처분액

조세심판결정 후 감액

항고소송의 대상이 되는 법인세 부과처분액

2008

1,893,426,668

149,230,009

1,744,196,659

2009

1,451,624,114

326,436,276

1,125,187,838

2010

2,154,645,197

328,943,394

1,825,701,803

2011

1,945,394,902

172,663,110

1,772,731,792

다. 상여 소득금액변동통지처분의 경우

1) 피고는 2013. 8. 12.부터 2016. 12. 1.까지 원고에게 2019. 2. 11.자 준비서면 제1 내지 3쪽 각 기재와 같이 2008년 내지 2011년 귀속 각 상여 소득금액 증액경정처분을 하였다고 주장한다. 그러나 위 각 증액경정처분이 원고에게 송달되었음을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 위 각 처분은 무효이다. 따라서 2008년 내지 2011년 귀속 각 상여 소득금액변동통지처분의 경우 2013. 3. 4. 적법하게 송달이 이루어진 당초 상여 소득금액변동통지처분이 적법한 상여 소득금액변동통지처분으로서 항고소송의 대상이 된다.

2) 다만 앞서 살펴보았듯이, 이의신청결정 후인 2014. 1. 2. 별지 1 [표 2], [표 4], [표 5] 각 기재와 같이 2008년, 2010년, 2011년 귀속 각 법인세 감액경정처분이 이루어졌고, 조세심판결정 후인 2017. 2. 13. 별지 1 [표 2] 내지 [표 5] 각 기재와 같이 2008년 내지 2011년 귀속 각 법인세 감액경정처분이 이루어져 그에 따라 각 상여 소득금액 감액경정처분이 이루어졌으므로, 항고소송의 대상이 되는 당초 상여 소득금액변동통지처분 중 위와 같이 감액경정되고 남은 부분이 이 사건 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다(이하 '이 사건 상여 소득금액변동통지처분'이라 한다). 이를 표로 정리하면 다음과 같다.

(단위: 원)

귀속연도

2013. 3. 4.

소득금액변동통지액

이의신청결정 후 감액

조세심판결정 후 감액

항고소송의 대상이 되는 상여 소득금액변동통지액

2008

a,aaa,aaa,aaa

bb,bbb,bbb

ccc,ccc,ccc

d,ddd,ddd,ddd

2009

f,fff,fff,fff

-

eee,eee,eee

k,kkk,kkk,kkk

2010

a,aaa,aaa,aaa

a,aaa,aaa

bbb,bbb,bbb

h,hhh,hhh,hhh

2011

p,ppp,ppp,ppp

rr,rrr,rrr

kkk,kkk,kkk

tt,ttt,ttt,ttt

합계

k,kkk,kkk,kkk

AA,AAA,AAA,AAA

XX,XXX,XXX,XXX

O,OOO,OOO,OOO

3. 이 사건 법인세 부과처분과 상여 소득금액변동통지처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 세무조사 대상 선정 등 위법

세무조사 대상에 해당하지 않음에도 세무조사 대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 위법하다. 원고는 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의6 제2항의 수시선정 세무조사 대상에 해당하지 않음에도 서울지방국세청장은 원고를 수시선정 세무조사 대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 이 사건 법인세 부과처분과 상여 소득금액변동통지처분을 하였으므로, 위 각 처분은 위법하다.

또한 조사대상기간 외의 사업연도까지 세무조사 대상으로 삼아 세무조사를 실시한 후 과세처분을 하는 것 역시 위법한데, 서울지방국세청장은 당초 조사대상기간을 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지로 한정하였음에도 2008 사업연도에 대해서도 세무조사를 실시한 후 이 사건 법인세 부과처분과 상여 소득금액변동통지처분을 하였으므로, 위 각 처분은 위법하다.

2) 일본소비세 관련

피고는 당초 원고가 유한회사 KKK를 통해 CCC에 ○○제품과 시장상품을 수출하고 그에 대한 대가로 지급받은 일본 통화 X,XXX,XXX,XXX엔(원화 환산 금액 약 △△,△△△,△△△,△△△원)을 CCC 관련 원고의 매출액으로 보고 관련 매출누락액을 익금산입하였다. 이에 원고는 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 '원고는 위 물품대금 전액이 아닌 위 물품대금에서 일본소비세 5%를 공제한 잔액만을 지급받았으므로, 위 물품대금에서 일본소비세 5%를 공제한 잔액을 CCC 관련 원고의 매출액으로 보아야 한다'는 원고의 주장을 받아들여 피고에게 재조사를 명하였다. 그런데 피고는 일본소비세 5% 상당의 금액이 익금불산입되어야 하는 것은 수긍하면서도, CCC 관련 원고의 매출액을 △△,△△△,△△△,△△△원이 아닌 XX,XXX,XXX,XXX원으로 정정하였고 이로 인해 CCC 관련 원고의 매출누락액과 일본소비세가 과다 산정되는 결과가 초래되었다. CCC 관련 원고의 매출액은XX,XXX,XXX,XXX원이 아닌 △△,△△△,△△△,△△△원이므로, 이를 반영하여 차감조정이 이루어져야 한다.

3) KJ에 지급한 운송비 손금산입

피고는 당초 원고가 원고를 위해 수출통관 등의 업무를 수행한 KR에 지급한 운송비는 손금산입하면서도, 원고가 KR과 동일한 업무를 수행한 KJ에 지급한 운송비는 손금산입하지 않았다. 이에 원고는 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 'KJ에 지급한 운송비도 손금산입하여야 한다'는 원고의 주장을 받아들여 피고에게 재조사를 명하였다. 그럼에도 피고는 자의적으로 '2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 KJ에 지급된 운송비 OOO,OOO,OOO원'만을 손금산입하고, '2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 KJ에 지급된 운송비 XXX,XXX,XXX원'은 손금산입하지 아니하였다. 원고는 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 KJ에 운송비로 XXX,XXX,XXX원을 지급하였으므로, 이에 상응하는 금액이 손금산입되어야 한다.

4) 중국생산의류 관련

가) 원고와 중국법인인 ○○복장유한공사는 별개의 법인이다. 따라서 ○○복장유한공사가 생산한 중국생산의류 관련 매출을 원고의 매출로 계상하여 익금산입한 것은 위법하다.

나) 중국생산의류 관련 매출을 원고의 매출로 계상하여 익금산입하려면, 이와 관련된 비용 역시 손금산입되어야 한다. 원고가 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 중국생산의류를 일본 의류수입업체에 수출하여 얻은 매출은 합계 14,530,079,179원(= 신고 매출액 1,929,577,544원 + 미신고 매출액 12,600,501,635원)인데, 피고가 중국생산의류 매출 관련 비용으로 인정한 금액은 합계 약 4,377,791,017원(= 원단 등 재료비와 부자재 매입대금 등 약 3,000,859,000원 + 외주가공비 1,376,932,017원)에 불과하다. 피고의 산정방식을 따를 경우 원고가 중국생산의류를 일본 의류수입업체에 수출함으로써 영업이익률이 무려 69.87%[= (14,530,079,179원 - 4,377,791,017원) ÷ 14,530,079,179원 × 100, 소수점 셋째 자리 이하 버림]에 이를 정도로 막대한 수익을 올렸다는 비상식적인 결론이 도출된다. 조세심판원도 이와 같은 문제점을 인식하고 피고에게 중국생산의류와 관련된 각종 비용을 손금산입하여야 하는지 여부를 재조사하라는 결정을 하였던 것인바, ① ○○복장유한공사의 임직원들이 작성한 현금일기장(갑 제30, 33호증) 등에 기재되어 있는 임금, 식비, 전기요금 등 각종 경비 2,401,336,021원, ② 위 현금일기장과 중국 소재 의류제조업자들이 작성한 확인서(갑 제19호증)에 기재되어 있는 외주가공비(○○복장유한공사가 중국 소재 의류제조업자들에게 의류 생산 하청을 주고 그에 대한 대가로 지급한 금원)와 완제품 매입대금(○○복장유한공사가 중국 소재 의류제조업자들로부터 완성된 의류를 매입하고 그에 대한 대가로 지급한 금원) 합계 1,674,473,988원, ③ ○○복장유한공사가 중국 현지에서 구입한 원단 등 재료(이하 '원단'이라 한다)와 부자재 매입대금 2,684,532,081원, ④ 원고가 ○○복장유한공사에 공급하기 위해 대한민국에서 대한민국 법인인 CHTEX, 보부상 등으로부터 매입한 원단과 부자재 매입대금 1,294,372,589원 등이 손금산입되어야 한다.

5) 2008년 1월부터 9월까지 지출된 비용 손금산입

피고는 2008년 1월부터 9월까지 사이에 작성된 원고의 금전출납부가 분실되었다는 이유로 위 기간에 지출된 비용을 손금산입하지 아니하였다. 그러나 원고는 ① 위 기간에 원고 소속 직원들의 임금으로 363,939,240원을 지출하였고, ② 위 기간에 부자재 매입대금으로 168,251,104원을 지출하였으며, ③ 2008년 1월에 원단 매입대금으로 105,099,300원을 지출하였고, ④ 위 기간에 ○○복장유한공사를 위해 CHD으로부터 미싱기계를 구입하면서 40,442,378원을 지출하였으며, ⑤ 위 기간에 ○○ ○○구 ○○동 XXX-X에 위치한 ○○빌딩 3층 XXX호를 사무실로 임차하면서 차임으로 6,660,000원을 지출하였고, ⑥ 위 기간에 외주가공비로 26,982,900원을 지출하였으므로, 위 각 비용도 전부 손금산입되어야 한다.

6) 시장상품 관련

가) 주위적 주장

피고는 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 구입하여 CCC에 직접 수출하였다는 잘못된 전제 하에 CCC가 원고에게 지급한 물품대금 전액을 원고의 매출로 보아 익금산입하였다. 그러나 원고는 CCC의 위탁매매인 또는 구매대행인으로서 대한민국에 방문한 CCC 직원들에게 국내 의류도소매업자를 소개시켜 주고 통역을 하는 등의 업무만을 수행한 후 그에 대한 대가로 CCC로부터 물품대금의 20%를 수수료로 지급받았을 뿐이므로, 물품대금 전액이 아닌 그 중 20%만을 원고의 매출로 보아야 한다. 따라서 CCC가 원고에게 지급한 물품대금 중 20%를 초과하는 부분은 익금불산입되어야 한다.

나) 예비적 주장

설령 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 매수하여 CCC에 직접 수출하였다고 가정하더라도, 수출용 재화의 경우 영세율이 적용되기 때문에 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 매수하면서 그 대가로 지급한 금원에는 부가가치세가 포함되어 있지 않다고 보아야 한다. 그럼에도 피고는 위 금원에 부가가치세가 포함되어 있다는 잘못된 전제 하에 위 금원의 110분의 100만을 손금산입하였고, 이로 인해 손금산입되어야 할 2,877,520,680원이 손금산입되지 않는 불합리한 결과가 초래되었다. 따라서 2,877,520,680원이 손금산입되어야 한다.

7) 부당과소신고가산세 관련

피고는 원고에게 부당과소신고가산세를 부과하였다. 그러나 원고는 과세관청의 조세부과를 현저히 곤란케 할 정도의 위계 기타 부정한 적극적 행위를 한 적이 없으므로, 원고에게 부당과소신고가산세가 부과되어서는 아니 된다.

8) 증액경정처분 관련

피고는 일부 거래처가 원고와의 거래사실을 부인하였다는 등의 이유로 당초 손금산입하였던 관련 비용을 손금불산입한 후 2013. 8. 12.부터 2016. 12. 1.까지 원고에게 별지 1 [표 2] 내지 [표 5] 각 기재와 같이 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세 증액경정처분을 하였다. 그러나 피고가 이에 관한 아무런 증명을 하지 아니하였으므로, 위 각 법인세 증액경정처분과 관련하여 이루어진 손금불산입은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 세무조사 대상 선정 등 위법 주장에 관한 판단

가) 원고는 세무조사 대상 선정에 위법이 있다고 주장한다. 그러나 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의6 제2항 제2호는 '무자료거래, 위장・가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 수시선정 세무조사를 할 수 있다'고 규정하고 있다. 을 제65, 71호증의 각 기재에 의하면, 서울지방국세청장이 원고에게 '원단 등을 무자료로 매입하여 만든 의류를 일본에 밀수출하였음에도 관련 매출을 누락한 혐의, 중국에서 생산한 의류를 일본으로 수출하였음에도 관련 자료를 남기지 않는 방법으로 매출을 누락한 혐의'가 있다는 이유로 2012년 6월경 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의6 제2항에 근거하여 원고를 수시선정 세무조사 대상으로 선정한 사실(조사대상기간: 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지), 서울지방국세청장이 그 무렵 원고에게 이를 통지한 사실을 각 인정할 수 있다. 원단 등을 무자료로 매입하여 만든 의류를 일본에 밀수출하였음에도 관련 매출을 누락한 혐의와 중국에서 생산한 의류를 일본에 수출하였음에도 관련 자료를 남기지 않는 방법으로 매출을 누락한 혐의는 위 조항에 규정되어 있는 무자료거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의에 해당하므로, 서울지방국세청장이 원고를 수시선정 세무조사 대상으로 선정한 데에 어떠한 위법이 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

나) 또한 원고는, 서울지방국세청장이 당초 조사대상기간을 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지로 한정하였음에도 2008 사업연도에 대해서도 세무조사를 한 것은 위법하다고 주장한다. 그러나 국세기본법 제81조의9 제1항, 구 국세기본법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26946호로 개정되기 전의 것) 제63조의11 제1항 제1호, 제2호는 '세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 다른 과세기간에도 있어 다른 과세기간에 대한 조사가 필요한 경우나 조사 과정에서 조세범칙조사로 전환하는 경우에는 세무조사의 범위를 확대할 수 있다'고 규정하고 있다. 을 제75호증의 기재에 의하면, 서울지방국세청장이 2012. 11. 16.경 원고에게 2008 사업연도에도 세금탈루 혐의가 있어 조세범칙조사로 전환하여 조사를 진행한다고 통보한 사실을 인정할 수 있다. 서울지방국세청장이 원고에 대한 세무조사과정에서 2008 사업연도의 세금탈루 혐의를 발견하고 조세범칙조사로 전환한 데에 어떠한 위법이 존재한다고 보이지 않으므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

2) 일본소비세 관련 주장에 관한 판단

가) 인정사실

(1) 원고와 CCC의 거래구조는 아래 그림과 같다. 즉, 원고는 2008년부터 2011년까지 HJ 등 일본 대행업체를 통해 aaa 등이 설립한 일본법인인 유한회사 KKK에 ○○제품과 시장상품을 수출하였고, 유한회사 KKK는 이를 CCC에 납품하였다. CCC는 위 기간에 유한회사 KKK에 물품대금으로 일본 통화 4,514,488,454엔을 지급하였고, 유한회사 KKK는 위 금원에서 자신의 이익 또는 필요경비를 공제하고 남은 일본 통화 X,XXX,XXX,XXX엔(원화 환산 금액 약 △△,△△△,△△△,△△△원, 이하 원화로 표시한다)을 일본 대행업체에 지급하였다.

(2) 피고는 당초 유한회사 KKK가 일본 대행업체에 지급한 물품대금 △△,△△△,△△△,△△△원을 CCC 관련 원고의 매출액으로 보고 관련 매출누락액을 익금산입하였다. 원고는 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 피고에게 위 물품대금에서 일본소비세 5%를 공제한 잔액을 CCC 관련 원고의 매출액으로 보아야 하는 것이 아닌지 여부를 재조사할 것을 명하였다. 이에 피고는 재조사를 한 후, △△,△△△,△△△,△△△원이 아닌 일본소비세 합계표(을 제18, 72호증)에 기재되어 있는 일본 대행업체의 유한회사 KKK에 대한 물품대금 청구액 일본 통화 X,XXX,XXX,XXX엔(원화 환산 금액 XX,XXX,XXX,XXX원, 이하 원화로 표시한다)을 CCC 관련 원고의 매출액으로 보아야 한다는 전제 하에, 매출누락액 OOO,OOO,OOO원(=XX,XXX,XXX,XXX원 - △△,△△△,△△△,△△△원)을 추가로 익금산입하고 일본소비세 5% 상당의 금원인 △,△△△,△△△,△△△원을 익금불산입하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제28호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

피고는 일본소비세 합계표(을 제18, 72호증)에 기재되어 있는 일본 대행업체의 유한회사 KKK에 대한 물품대금 청구액 XX,XXX,XXX,XXX원이 CCC 관련 원고의 매출액이라는 전제 하에 매출누락액OOO,OOO,OOO원을 추가로 익금산입하고 일본소비세 5% 상당의 금원인 △,△△△,△△△,△△△원을 익금불산입하였다.

그러나 ① 위 일본소비세 합계표의 작성자가 불분명한 점(피고는 원고가 위 일본소비세 합계표를 작성하여 피고에게 제출하였다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없다), ② 설령 원고가 위 일본소비세 합계표를 작성하였다고 가정하더라도, 을 제70호증의 기재만으로는 위 일본소비세 합계표에 기재되어 있는 일본 대행업체의 유한회사 KKK에 대한 물품대금 청구액이 실제로 일본 대행업체가 유한회사 KKK에 청구한 물품대금 청구액과 일치함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는 점, ③ 설령 위 일본소비세 합계표에 기재되어 있는 일본 대행업체의 유한회사 KKK에 대한 물품대금 청구액이 실제로 일본 대행업체가 유한회사 KKK에 청구한 물품대금 청구액과 일치한다고 가정하더라도, 위 물품대금 청구액이 CCC에 수출된 물품에 한정된 것인지 아니면 DDD 등 다른 일본 의류수입업체에 수출된 물품과도 관련된 것인지가 불분명한 점, ④ 실제 수출하지 않은 물품을 수출하였다고 오해하여 물품대금 청구액에 포함시키는 등 일본 대행업체의 유한회사 KKK에 대한 물품대금 청구 과정에서 각종 오류가 있었을 가능성을 배제할 수 없는 점, ⑤ CCC의 변심이나 물품의 하자 등으로 인해 물품 일부가 원고에게 다시 반환될 여지도 있었던 점 등을 종합하면, 위 일본소비세 합계표에 기재되어 있는 물품대금 청구액 XX,XXX,XXX,XXX원을 CCC 관련 원고의 매출액으로 그대로 인정할 수 없다.

결국 CCC 관련 원고의 매출액은 당초와 같이 △△,△△△,△△△,△△△원으로 보아야 하므로, 피고가 조세심판원 결정 이후 익금산입한 OOO,OOO,OOO원은 익금불산입되어야 한다. 또한 익금불산입되어야 할 일본소비세 5% 상당의 금원은 △,△△△,△△△,△△△원이 아닌 x,xxx,xxx,xxx원(= △△,△△△,△△△,△△△4원 × 5/105, 원 미만 버림)임에도 피고가 △,△△△,△△△,△△△원을 익금불산입하였으므로, △△,△△△,△△△원이 다시 익금산입되어야 한다.

3) KJ에 지급한 운송비 손금산입 주장에 관한 판단

가) 피고는 당초 원고가 원고를 위해 수출통관 등의 업무를 수행한 KR에 지급한 운송비는 손금산입하면서도, 원고가 KR과 마찬가지로 원고를 위해 수출통관 등의 업무를 수행한 KJ에 지급한 운송비는 손금산입하지 않았다. 이에 원고는 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 'KJ이 지급한 운송비도 손금산입하여야 한다'는 원고의 주장을 받아들여 피고에게 재조사를 명하였다. 그럼에도 피고는 'KJ의 대표이사 EEE이 2017. 1. 10. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서, 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 지급된 운송비만을 인정하고 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 지급된 운송비는 인정하지 않았다'는 이유로, 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 KJ에 지급된 운송비 530,248,551원만을 손금산입하고, 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 KJ에 지급된 운송비 433,112,646원은 손금산입하지 아니하였다.

나) 살피건대, 을 제19호증의 기재에 의하면, EEE이 2017. 1. 10. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서 '2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 거래내역이 기재되어 있는 운송비청구서(갑 제8호증)는 내가 작성한 것이 맞다. 그러나 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 거래내역이 기재되어 있는 납품발송명세서(을 제62호증)는 내가 작성한 것이 아니고 그 내용이 사실에 부합하는지는 잘 모르겠다. 정확하게 기억이 나지 않지만 위 납품발송명세서에 기재되어 있는 것만큼 많은 양을 운송한 것 같지는 않다'는 취지로 진술한 사실을 인정할 수 있기는 하다.

그러나 갑 제12호증의 2, 을 제3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 원고는 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 KJ에 운송비로 433,112,646원을 지급하였다고 봄이 타당하다. 따라서 433,112,646원이 추가로 손금산입되어야 한다.

(1) EEE은 2014. 8. 12. aaa에 대한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 사건(서울중앙지방법원 XX고합XXXX)의 증인으로 출석하여, 2009년 7월경부터 KJ이 폐업한 '2012년 6월경'까지 원고와 거래를 하였다는 취지로 증언하였다. 위 증언에 비추어 보면, KJ은 2012년 6월경까지 원고를 위해 수출통관 등의 업무를 수행한 것으로 보인다.

(2) 피고 스스로도 그 내용이 사실에 부합한다고 인정하고 있는 유한회사 KKK의 물품대금 입출금 내역(을 제3호증)에는 '유한회사 KKK가 2009년 12월부터 2011년 12월까지 HJ에 아래 표 기재와 같은 물품대금을 지급하였다'는 내용이 기재되어 있다.

(단위: 일본 통화 엔)

일자

KKK가 HJ에 지급한 물품대금

2009년 12월

29,300,000

2010년 1월

17,170,000

2010년 2월

3,200,000

2010년 3월

11,830,000

2010년 4월

11,650,000

2010년 5월

3,430,000

2010년 6월

AAA,DDD,DDD

2010년 7월

10,300,000

2010년 8월

6,540,000

2010년 9월

7,250,000

2010년 10월

35,000,000

2010년 11월

38,000,000

2010년 12월

34,501,680

2011년 1월

15,300,000

2011년 2월

22,500,840

2011년 3월

XX,XXX,XXX

2011년 4월

18,400,000

합계

TTT,TTT,TTT

2011년 5월

44,220,000

2011년 6월

15,000,000

2011년 7월

41,400,000

2011년 8월

ZZ,ZZZ,ZZZ

2011년 9월

60,800,000

2011년 10월

64,400,000

2011년 11월

XX,XXX,XXX

2011년 12월

41,100,000

합계

KKK,KKK,KKK

KKK가 2009년 12월부터 2011년 4월까지 HJ에 지급한 물품대금은 일본 통화 298,992,520엔인데, 2011년 5월부터 2011년 12월까지 HJ에 지급한 물품대금은 일본 통화 353,520,000엔으로 오히려 더 많은 것에 비추어, HJ가 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 취급한 물량과 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 취급한 물량 사이에는 큰 차이가 없을 것으로 추정된다.

HJ가 KJ하고만 연계하여 원고를 위한 수입통관 등의 업무를 수행한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, HJ가 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 취급한 물량과 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 취급한 물량 사이에 큰 차이가 없는 이상, 원고가 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 KJ에 지급한 운송비와 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 KJ에 지급한 운송비 사이에도 큰 차이가 없다고 보아야 한다. 따라서 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지 KJ에 지급한 운송비는 530,248,551원이고, 2011. 5. 1.부터 2011. 12. 31.까지 KJ에 지급한 운송비는 433,112,646원이라는 원고의 주장은 설득력이 있다.

(3) KJ의 운송비청구서가 2009. 7. 13.부터 2011. 4. 30.까지의 것(갑 제8호증)만 존재하고 그 이후의 것은 존재하지 않는 것은 사실이다. 그러나 피고는 KR의 경우 운송비청구서가 존재하지 않는 기간에 대해서도 수출물량을 기준으로 운송비를 산정하여 손금산입하였으므로, KJ에 대해서만 운송비청구서가 존재하지 않는다는 이유로 손금산입을 하지 않는 것은 불합리하다.

4) 중국생산의류 관련 주장에 관한 판단

가) 중국생산의류 관련 매출을 원고의 매출로 계상할 수 없다는 주장에 관한 판단

원고는, 원고와 중국법인인 ○○복장유한공사는 별개의 법인이므로 ○○복장유한공사가 생산한 중국생산의류 관련 매출을 원고의 매출로 계상하여 익금산입한 것은 위법하다고 주장한다.

원고의 주장과 같이 원고와 ○○복장유한공사가 별개의 법인인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그러나 일본 의류수입업체와 중국생산의류 판매 계약을 체결한 당사자는 ○○복장유한공사가 아닌 원고 또는 원고 관련 법인인 유한회사 KKK인 사실, 중국생산의류 관련 운송비를 ○○복장유한공사가 아닌 원고가 부담한 사실, 중국생산의류 판매대금 역시 ○○복장유한공사가 아닌 원고에게 귀속된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 중국생산의류의 매도인은 ○○복장유한공사가 아닌 원고라고 봄이 타당하다. 따라서 중국생산의류 관련 매출은 ○○복장유한공사가 아닌 원고의 매출로 계상하여야 하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다(원고가 ○○복장유한공사에 원단과 부자재 매입대금 및 외주가공비를 지급한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 원고는 ○○복장유한공사에 원단과 부자재 매입대금 및 외주가공비를 지급하였고, ○○복장유한공사는 의류를 생산하여 원고에 납품하였으므로, 원고와 ○○복장유한공사의 계약관계는 도급 또는 그와 유사한 성질의 계약관계라고 봄이 타당하다).

나) 중국생산의류 관련 비용의 손금산입 주장에 관한 판단

(1) ○○복장유한공사의 임금, 식비, 전기요금 등 각종 경비 관련

원고는, ○○복장유한공사 직원들의 임금, ○○복장유한공사 직원들의 식비, ○○복장유한공사가 공장을 운영하면서 지출한 전기요금 등 ○○복장유한공사와 관련된 각종 경비 2,401,336,021원도 손금산입되어야 한다고 주장한다.

그러나 앞서 살펴본 바와 같이 원고와 ○○복장유한공사는 별개의 법인이므로, 원고가 ○○복장유한공사와의 계약관계에 따라 ○○복장유한공사에 지급한 원단 과 부자재 매입대금 및 외주가공비를 손금산입하는 것은 별론으로 하고, 별개의 법인인 ○○복장유한공사의 경비를 원고의 손금에 산입할 수는 없다.

원고와 ○○복장유한공사 사이에 원고가 ○○복장유한공사의 경비를 전적으로 부담하기로 하는 특수한 유형의 계약이 체결되었다면 이와 달리 볼 여지가 있으나, 갑 제34호증, 을 제8호증 등의 각 기재와 증인 ♡♡♡, ♥♥♥의 각 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 설령 원고와 ○○복장유한공사 사이에 원고가 ○○복장유한공사의 경비를 전적으로 부담하기로 하는 특수한 유형의 계약이 체결되었다고 가정하더라도, 원고가 ○○복장유한공사와 관련된 각종 경비로 2,401,336,021원을 지출하였다는 취지의 원고 제출 증거들과 증인 ♡♡♡, ♥♥♥의 각 증언은 믿기 어렵다. 즉, 원고는 장기간 이루어진 세무조사 과정에서 위 경비와 관련된 증거를 제출하지 않다가 이 사건 법인세 부과처분과 상여 소득금액변동통지처분이 이루어진 이후에서야 비로소 현금일기장(갑 제30, 33호증)이나 지출결의서(갑 제31호증) 등을 증거로 제시하고 있으나, 위 각 증거는 수기로 조잡하게 작성되어 있어 사후에 작출되었을 가능성이 있으므로 그대로 믿기 어렵고 위 각 증거를 뒷받침할 객관적인 자료도 존재하지 아니한다. 증인 ♡♡♡, ♥♥♥은 이 법정에서 위 각 증거가 사실에 부합한다고 증언하였으나, ♡♡♡은 원고의 직원이고 ♥♥♥은 ○○복장유한공사의 대표자이므로 위 각 증언을 그대로 믿을 수 없다.

결국 어느 모로 보나 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 중국 의류제조업자들에게 지급한 각종 비용과 ○○복장유한공사를 위해 대한민국에서 매입한 원단 및 부자재 매입대금 관련

(가) 증명책임

과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그러나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결, 대법원 2009. 3. 26. 선고 2007두22955 판결 등 참조). 누락수입에 대하여 실지조사결정에 의해 과세처분을 할 때에는 누락수입에 대응하는 비용도 신고누락되었다는 점에 관하여는 그 별도의 공제를 구하는 납세의무자가 주장・증명하도록 하는 것이 경험칙과 형평의 원칙에 부합한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두28076 판결 등 참조).

피고는 원고가 누락한 중국생산의류 관련 매출을 익금산입하면서 원고가 ○○복장유한공사에 지급한 외주가공비 1,376,932,017원을 손금산입하였다. 또한 피고는 원단과 부자재 매입대금 6,070,909,896원(= 원단 매입대금 4,920,691,407원 + 부자재 매입대금 782,687,737원 + CHTEX 원단매입 367,530,752원)과 판매관리비 4,576,896,548원(= KR 운송비 3,137,442,830원 + KJ 운송비 530,248,551원 + 기타판매관리비 909,205,167원)을 손금산입하였는바, 그 중 상당 부분이 중국생산의류와 관련된 비용으로 보인다.

필요경비의 기초가 되는 사실관계가 대부분 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 그 증명이 곤란하였음에도 피고는 검찰 압수수색자료와 계좌이체내역 및 원고제출 자료 등을 면밀히 검토하여 위와 같이 중국생산의류 관련 비용들을 손금산입하였다. 그럼에도 원고는 세무조사 과정에서는 제출하지 않은 자료들을 뒤늦게 제출하면서 중국 소재 의류제조업자들에게 지급한 각종 비용과 원고가 ○○복장유한공사에 공급하기 위해 대한민국에서 매입한 원단 및 부자재 매입대금이 손금산입되어야 한다는 주장을 하고 있는바, 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려할 때 위 각 비용은 피고가 아닌 원고에게 증명토록 하는 것이 공평의 관념에 부합한다.

(나) 구체적 판단

ⅰ) 중국 소재 의류제조업자들에게 지급한 각종 비용

원고는, ○○복장유한공사가 중국 소재 의류제조업자들에게 의류 생산 하청을 주고 그에 대한 대가로 지급한 외주가공비와 완제품 매입대금 합계 1,674,473,988원과 ○○복장유한공사가 중국 현지에서 구입한 원단 및 부자재 매입대금 2,684,532,081원 등이 손금산입되어야 한다고 주장한다.

그러나 앞서 살펴본 바와 같이, 원고가 위 주장을 뒷받침하는 증거로 제시하고 있는 현금일기장(갑 제30, 33호증)이나 지출결의서(갑 제31호증)의 각 기재 및 증인 ♡♡♡과 ♥♥♥의 각 증언은 믿기 어렵다.

한편, 원고가 위 주장을 뒷받침하는 또다른 증거로 제시하고 있는 중국 소재 의류제조업자들 작성 확인서(갑 제19호증)에는 ○○복장유한공사로부터 외주가공비를 지급받았다는 내용이 기재되어 있다. 또한 중국 ○○에서 '★★'라는 상호로 봉제공장을 운영하고 있는 RRR은 이 법정에서 ○○복장유한공사로부터 임가공을 의뢰받고 임가공을 한 후 그에 대한 대가로 외주가공비를 지급받았다는 취지의 증언을 하였다. 그러나 원고가 ○○복장유한공사를 통해 중국 소재 의류제조업자들에게 하청을 주어 의류를 생산하였다면 물품발송명세서나 계좌 이체내역 등의 자료가 존재할 것임에도 그와 같은 객관적인 자료가 제출되지 않는 점 등에 비추어, 중국 소재 의류제조업자들이 작성한 확인서와 RRR의 증언만으로는 원고가 중국 소재 의류제조업자들에게 외주가공비와 완제품 매입대금으로 합계 1,674,473,988원을 지급하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

ⅱ) ○○복장유한공사를 위해 대한민국에서 매입한 원단과 부자재 매입대금

원고는, 원고가 ○○복장유한공사에 공급하기 위해 대한민국에서 CHTEX, 보부상 등으로부터 매입한 원단과 부자재 매입대금 1,294,372,589원이 손금산입되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 원고가 위 주장을 뒷받침하는 증거로 제시하고 있는 갑 제35, 46 내지 48호증의 각 기재와 갑 제34호증의 일부 기재는 믿기 어렵고, 달리 원고의 위 주장을 인정할 증거가 없다. 오히려 을 제63호증의 기재에 의하면, ① CHTEX의 대표자 TTT가 2017. 1. 11. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서 '원고에게 판매한 원단은 이미 이전의 조사과정에서 전부 인정하였고, 패킹리스트(갑 제47호증)에 기재되어 있는 원단을 원고에게 공급한 적이 없다'는 취지로 진술한 사실, ② 보부상의 대표자 YYY도 2017. 1. 12. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서 '원고에게 원단을 판매한 적이 없고, 패킹리스트(갑 제47호증)는 허위로 작성된 것으로 보인다'는 취지로 진술한 사실, ③ 패킹리스트(갑 제47호증)에 원고의 거래처라고 기재되어 있는 HYS의 대표자 SSS도 2017. 1. 12. 서울지방국세청에서 조사를 받으면서 '원고와 거래를 한 적이 없다'는 취지로 진술한 사실을 각 인정할 수 있을 뿐이다. 따라서 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

5) 2008년 1월부터 9월까지 지출된 비용 손금산입 주장에 관한 판단

가) 증명책임

필요경비의 기초가 되는 사실관계가 대부분 원고의 지배영역 안에 있는 것이어서 그 증명이 곤란하였음에도 피고는 검찰 압수수색자료와 계좌 이체내역 및 원고 제출 자료 등을 면밀히 검토하여 2008년 1월부터 9월까지 사이에 지출된 각종 비용을 손금산입하였다. 그럼에도 원고는 세무조사 과정에서는 제출하지 않은 자료들을 뒤늦게 제출하면서 2008년 1월부터 9월까지 사이에 지출된 임금 등이 손금산입되어야 한다는 주장을 하고 있다. 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려할 때 위 각 비용은 피고가 아닌 원고에게 증명토록 하는 것이 공평의 관념에 부합한다.

나) 구체적 판단

(1) 임금

원고는, 2008년 1월부터 9월까지 사이에 원고 소속 직원들의 임금으로 363,939,240원을 지출하였다고 주장한다. 그러나 원고가 위 주장을 뒷받침하는 증거로 제시하고 있는 갑 제20, 42호증 등은 원고 스스로 작성한 자료에 불과하여 사후에 작출되었을 가능성이 있으므로 믿기 어렵고, 달리 원고가 위 기간에 임금으로 363,939,240원을 지출하였음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 부자재 매입대금

원고는, 2008년 1월부터 9월까지 사이에 부자재 매입대금으로 168,251,104원을 지출하였다고 주장한다. 그러나 원고가 위 주장을 뒷받침하는 증거로 제시하고 있는 갑 제36, 44호증 등은 원고 스스로 작성한 자료에 불과하여 사후에 작출되었을 가능성이 있으므로 믿기 어렵고, 달리 원고가 위 기간에 부자재 매입대금으로 168,251,104원을 지출하였음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 2008년 1월에 지출한 원단 매입대금

원고는, 2008년 1월에 원단 매입대금으로 105,099,300원을 지출하였다고 주장하면서 그 증거로 '2008년 1월 원단 입고내역(갑 제45호증의 2)'을 제시하고 있다. 위 2008년 1월 원단 입고내역이 피고가 2008년 2월부터 같은 해 9월까지의 원단 매입대금 손금산입 인정근거로 삼은 '2008년 원단 입고내역(갑 제45호증의 1)'과 유사한 형식으로 작성된 것은 사실이다. 그러나 위 2008년 1월 원단 입고내역은 원고 스스로 작성한 자료에 불과하여 사후에 작출되었을 가능성이 있다. 또한 피고는 위 2008년 원단 입고내역뿐만 아니라 다른 자료들도 종합적으로 검토하여 2008년 2월부터 같은 해 9월까지의 원단 매입대금 손금산입을 한 것으로 보이므로, 위 2008년 1월 원단 입고내역과 2008년 원단 입고내역의 형식이유사하다는 사정만을 들어 위 2008년 1월 원단 입고내역의 신빙성을 인정하여 원고가 2008년 1월에 원단 매입대금으로 105,099,300원을 지출하였음을 인정할 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

(4) 미싱기계 매입대금

원고는, 2008년 1월부터 9월까지 사이에 ○○복장유한공사를 위해 CHD부터 미싱기계를 구입하면서 40,442,378원을 지출하였다고 주장한다. 그러나 앞서 살펴본 바와 같이, 원고와 ○○복장유한공사는 별개의 법인이므로 ○○복장유한공사의 경비를 원고의 손금에 산입할 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

(5) 사무실 임차료

원고는, 2008년 1월부터 9월까지 ○○ ○○구 ○○동 XXX-X에 위치한 ○○빌딩 X층 XXX호를 사무실로 임차하면서 차임으로 6,660,000원을 지출하였고 주장한다. 살피건대, 원고의 실질적 대표자인 aaa가 2004. 7. 7. KPH와 ○○ ○○구 ○○동 XXX-X에 위치한 ○○빌딩 X층 XXX호를 임대차기간 '2년', 임대차보증금 '10,000,000원', 월 차임 '600,000원'으로 각 정하여 임차한 사실, 이후 위 임대차계약은 갱신된 사실, 피고 스스로도 aaa가 아닌 원고가 2011년 12월까지 위 사무실을 임차하였음을 인정하여 2008년 10월부터 2011년 12월까지 지급된 차임(2011년 5월까지는 부가가치세 포함 월 차임 '740,000원', 2011년 6월부터는 부가가치세 포함 월 차임 '1,500,000원') 중 부가가치세를 제외한 합계 31,073,171원(= 2008년 10월 내지 12월 2,018,181원 + 2009년 8,072,724원 + 2010년8,072,724원 + 2011년 12,909,542원)을 손금산입한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제50호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 위 각 인정사실을 종합하면, 원고가 2008년 1월부터 9월까지위 사무실을 부가가치세 포함 월 차임 '740,000원'에 임차하였다고 봄이 타당하므로, 이 부분은 손금산입되어야 한다. 다만, 법인세법 제21조 제1호에 따라 부가가치세 매입세액은 손금에 산입하지 아니하므로, 부가가치세를 제외한 합계 6,054,545원[= 6,660,000원(= 740,000원 × 9개월) ÷ 1.1, 원 미만 버림]만이 손금산입되어야 한다.

(6) 외주가공비

원고는, 2008년 1월부터 9월까지 사이에 외주가공비로 26,982,900원을 지출하였다고 주장한다. 그러나 원고가 위 주장을 뒷받침하는 증거로 제시하고 있는 갑 제23호증 등은 원고 스스로 작성한 자료에 불과하여 사후에 작출되었을 가능성이 있으므로 믿기 어렵고, 달리 원고가 위 기간에 외주가공비로 26,982,900원을 지출하였음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

6) 시장상품 관련 주장에 관한 판단

가) 주위적 주장에 관한 판단

원고는, 자신이 CCC의 위탁매매인 또는 구매대행인으로서 대한민국에 방문한 CCC 직원들에게 국내 의류도소매업자를 소개시켜 주고 통역을 하는 등의 업무만을 수행한 후 그에 대한 대가로 CCC로부터 물품대금의 20%를 수수료로 지급받았을 뿐이므로, 물품대금 전액이 아닌 20%만을 원고의 매출로 보아야 한다고 주장한다.

살피건대, ① 원고가 국내 의류도소매업자에게 시장상품을 주문할 때 CCC 직원들과 함께 국내 의류도소매업자 사업장을 방문하여 시장상품을 살펴보고 가격을 결정한 것은 사실이나, 국내 의류도소매업자에게 교부하는 주문서는 원고 명의로만 발급되었고 국내 의류도소매업자와 CCC 사이에 따로 수출계약이 체결되지 않은 사실, ② 국내 의류도소매업자는 완성된 시장상품과 간이영수증을 원고 창고로 발송하고 나면 그 후의 거래단계나 운송과정에는 관여하지 않았고, 이후의 물품 분실이나 훼손에 관한 책임소재도 분명히 해두지 않았던 사실, ③ 원고는 국내 의류도소매업자가 보낸 시장상품을 검품 및 포장하여 일본으로 재발송한 사실, ④ 국내 의류도소매업자는 자신들의 명의로 수출신고 등을 한 바 없고, 오히려 원고가 분기별로 신고할 매출액 기준을 정해 두었다가 일부는 원고 명의로, 일부는 다른 사업자 명의로 수출신고를 한 사실, ⑤ 원고는 국내 의류도소매업자로부터 매출신고에 필요한 만큼의 매입세금계산서를 발급받은 사실, ⑥ 원고는 도매업으로 사업자등록을 마치고, 이를 전제로 법인세와 부가가치세 신고를 한 사실, ⑦ 원고는 일본 통화 엔화로 지급받은 물품대금을 보부상 등을 통해 국내로 밀반입하였고, 이를 원화로 불법 환전하여 의류를 선적한 월의 다음달 말일 등에 국내 의류도소매업자에게 지급하는 방식을 취하였는바, 그 과정에서 발생하는 환차손익 역시 전부 원고가 부담한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제12호증의 기재, 갑 제34호증의 일부 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

위 각 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 주문서와 수출신고필증 등 거래 관련 서류들에 원고가 거래당사자로 표기되어 있는 점, 국내 의류도소매업자와 CCC가 직접 계약관계에 있음을 확인할 만한 서류상 증거가 존재하지 않는 점, 국내 의류도소매업자는 물품대금을 외국환은행에서 지급받지 않고 원고로부터 지급받은 점, 국내 의류도소매업자가 시장상품을 원고 창고로 배송한 이후에는 거래에 관여하지 않은 점, 국내 의류도소매업자도 원고 명의로 된 세금계산서를 발급하는 데에 아무런 이의가 없었던 점, 원고가 매출신고와 수출신고 등을 스스로 하였고 물품대금의 보관 및 환차손익 부담 등에 있어서도 대금의 귀속 주체로서 행동한 점 등을 종합하면, CCC에 직접 시장상품을 수출한 당사자는 국내 의류도소매업자가 아닌 원고라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주위적 주장은 이유 없다.

나) 예비적 주장에 관한 판단

(1) 원고는, 재화를 수출하는 경우에는 영세율이 적용되므로 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 매수하면서 그 대가로 지급한 금원에는 부가가치세가 포함되어 있지 않다고 보아야 함에도, 피고가 위 금원에 부가가치세가 포함되어 있다는 잘못된 전제 하에 위 금원의 110분의 100만을 손금산입한 것은 위법하다고 주장한다.

그러나 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 제1호에 따라 영세율의 적용을 받는 재화의 수출업자도 영세율의 적용을 받지 않는 다른 사업자들과 마찬가지로 재화를 국내에서 공급받는 단계에서 공급가액에 10%의 세율을 곱한 부가가치세를 거래징수 당하므로, 원고가 시장상품을 수출할 때 영세율이 적용되는 것과 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 매수할 때 부가가치세를 부담한 것은 서로 아무런 관련이 없다. 따라서 원고의 위 예비적 주장은 주장 자체로 이유 없다.

(2) 다만, 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 매수하면서 실제로 공급가액에 10%의 세율을 곱한 부가가치세를 거래징수 당하였는지 여부, 즉 원고가 국내 의류도소매업자로부터 시장상품을 매수하면서 그 대가로 지급한 금원에 부가가치세가 포함되었는지 여부가 불분명하므로 이 부분을 추가로 살펴본다.

계속적 거래관계를 형성하고 있는 거래당사자가 일부 거래에만 재화 공급의 대가에 부가가치세를 포함시키고 나머지 거래에는 재화 공급의 대가에 부가가치세를 포함시키지 않는 것은 극히 이례적이므로, 계속적 거래관계를 형성하고 있는 거래당사자가 거래 과정에서 재화 공급의 대가에 부가가치세가 포함되어 있음을 전제로 하여 매입세금계산서를 주고받았다면 비록 그 매입세금계산서가 일부 거래에 한정하여 발급되었더라도 특별한 사정이 없는 이상 이들이 재화 공급의 대가로 주고받은 모든 금원에는 부가가치세가 포함되어 있다고 보아야 한다. 앞서 살펴본 바와 같이, 원고는 분기별로 신고할 매출액 기준을 정한 다음 국내 의류도소매업자에게 매출신고에 필요한 만큼의 매입세금계산서를 요구하였고, 국내 의류도소매업자는 아무런 이의를 제기하지 않고 원고에게 이를 발급하였다. 이 법원에 제출된 증거 어디에도 원고가 국내 의류도소매업자로부터 매입세금계산서를 발급받으면서 국내 의류도소매업자에게 당초 지급한 물품대금 이외에 추가로 그 물품대금에 10%의 세율을 곱하여 산출한 부가가치세를 지급하였다는 사정은 나타나 있지 않다. 이에 비추어 보면, 원고와 국내 의류도소매업자는 시장상품의 대가로 주고받은 금원에 부가가치세가 포함되어 있음을 예정하고 거래관계를 지속하였다고 봄이 타당하다.

(3) 결국 원고의 위 예비적 주장은 받아들일 수 없다.

7) 부당과소신고가산세 관련 주장에 관한 판단

피고는 '원고가 부당한 방법으로 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하였다'는 이유로 원고에게 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 각 법인세에 대한 각 부당과소신고가산세를 부과하였다.

구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제1호는 '부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 부당과소신고과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산한다'고 규정하고, 구 국세기본법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제27조 제2항은 '이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록(제1호), 재산의 은닉이나 소득・수익・행위・거래의 조작 또는 은폐(제5호), 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급・공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위(제6호) 등은 부당한 방법에 해당한다'고 규정하고 있다.

살피건대, ① 원고가 '월 매출은 약 2억 원으로 맞추고, 매입세액은 매출의 약 75%에서 80%로 맞추라'는 내용의 세무부문업무처리매뉴얼(을 제15호증)을 작성한 후, 위 매뉴얼에 따라 2008 사업연도부터 2011 사업연도까지 매출이 합계 4,622,633,993원에 불과하다는 허위장부를 작성하여 세액신고를 한 사실, ② 원고는 위 기간에 ○○제품과 시장상품을 일본 의류수입업체에 수출하여 위 신고 매출 이외에 합계 500억 원 이상의 매출을 올렸음에도 이를 은폐하기 위해 수출대행업체 등에 의뢰하여 다른 사업자 명의로 수출신고를 하고 이중장부를 작성한 사실, ③ 원고는 신고 매출 이외에도 합계 500억 원 이상의 매출을 올린 사실을 은폐하기 위해 일본 통화 엔화로 지급받은 물품대금을 보따리상 등을 통해 밀반입한 후 이를 불법 환전한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제15호증의 기재, 갑 제10, 34호증, 을 제8호증의 각 일부 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

위 각 인정사실과 같이, 원고는 신고 매출 이외에도 합계 500억 원 이상의 매출을 올린 사실을 은폐함으로써 법인세를 포탈하기 위해 다른 사업자 명의로 수출신고를 하고, 이중장부를 작성하며, 물품대금을 밀반입한 후 불법 환전하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 하였다. 과세관청의 면밀한 세무조사가 없었다면 위와 같은 위계 기타 부정한 적극적 행위를 적발하는 것은 사실상 불가능하였을 것이므로, 원고의 위와 같은 위계 기타 부정한 적극적 행위는 부당과소신고가산세의 부과대상이 되는 부당행위에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

8) 증액경정처분 관련 주장에 관한 판단

행정소송법 제8조 제2항에 의해 준용되는 민사소송법 제149조 제1항은 "당사자가 제146조의 규정을 어기어 고의 또는 중대한 과실로 공격 또는 방어방법을 뒤늦게 제출함으로써 소송의 완결을 지연시키게 하는 것으로 인정할 때에는 법원은 직권으로 또는 상대방의 신청에 따라 결정으로 이를 각하할 수 있다."고 규정하고 있다.

피고는 2013. 8. 12.부터 2016. 12. 1.까지 원고에게 별지 1 [표 2] 내지 [표 5] 각 기재와 같이 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 각 법인세 증액경정처분을 하였다. 원고는 2015. 1. 14. 이 사건 소를 제기하였으므로 위 각 증액경정처분의 처분사유인 '일부 거래처의 거래사실 부인'을 다툴 충분한 시간적 여유가 있었음에도 처분일로부터 약 2년 2개월 내지 5년 6개월, 소 제기일로부터 약 4년 1개월이 지난 2019년 2월에 이르러서야 비로소 위 각 증액경정처분의 처분사유를 다투고 있다. 뒤늦은 공격방법 제출에 고의 또는 중대한 과실이 있는지 여부는 당사자의 법률지식 정도를 고려하여 판단하여야 하는데, 원고가 법률전문가를 소송대리인으로 선임하여 소송을 제기하였던 점 등을 고려하면, 원고가 위와 같이 뒤늦은 공격방법을 제출한 데에는 고의 또는 중대한 과실이 있다고 봄이 타당하다. 또한 원고의 이 부분 주장의 당부를 판단하기 위해서는 또 다시 기일을 속행하여 증거조사를 하여야 하므로 그 공격방법의 심리로 소송의 완결이 지연된다고 보아야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 실기한 공격방법에 해당하여 각하되어야 한다.

라. 소결론

결국 ① 피고가 CCC 관련 원고의 매출액을 잘못 판단하여 익금산입한 OOO,OOO,OOO원은 익금불산입되어야 하고(판결문 제17쪽 참조), ② 일본소비세 5%와 관련하여 △△,△△△,△△△원이 다시 익금산입되어야 하며(판결문 제17쪽 참조), ③ KJ에 지급한 운송비 XXX,XXX,XXX원이 손금산입되어야 하고(판결문 제18, 19쪽 참조), ④ 평화빌딩 3층 302호 사무실 임차료 X,XXX,XXX원이 손금산입되어야 한다(판결문 제28, 29쪽 참조). 위 사항을 반영한 2008 사업연도 내지 2011 사업연도 귀속 법인세 정당세액과상여 소득금액의 정당액은 아래 각 표 기재와 같다.

[표] 법인세의 경우

(단위: 원)

사업연도

항고소송의 대상이 되는 법인세 부과처분액

정당세액

2008

1,744,196,659

1,678,693,154

2009

1,125,187,838

1,197,361,956

2010

1,825,701,803

1,764,409,285

2011

1,772,731,792

1,471,960,001

합계

6,467,818,092

6,112,424,396

[표] 상여 소득금액의 경우

(단위: 원)

귀속연도

항고소송의 대상이 되는 상여 소득금액변동통지액

정당액

2008

2,800,416,769

2,656,385,251

2009

1,440,972,580

1,647,528,290

2010

3,260,642,594

3,087,724,159

2011

3,680,178,782

2,769,211,576

합계

11,182,210,725

10,160,849,276

따라서 피고가 2014. 1. 6. 또는 2016. 12. 1. 원고에게 한 2008 사업연도 귀속 법인세 1,744,196,659원의 부과처분 중 정당세액 1,678,693,154원을 초과하는 부분, 2010 사업연도 귀속 법인세 1,825,701,803원의 부과처분 중 정당세액 1,764