원고는 2017. 5. 31. 서울메트로와 서울특별시도시철도공사가 합병하여 설립된 공기업으로, 수도권 지하철 1~8호선을 운영하고 있다.

대중교통간 통합환승할인제도란 승객이 일정 시간 내에 연속하여 버스와 전철 등의 교통수단을 이용하는 경우 총 이용거리를 기준으로 운임을 적용하는 제도로서, 2004. 7. 1. 수도권 전철과 서울버스 간 환승에 최초로 시행되었다.

서울특별시, 피고, 한국철도공사는 2007. 6. 8. 수도권 전철, 서울버스, 경기버스를 적용대상으로 하여 통합환승할인제도를 시행하기로 합의하면서 특히 환승할인으로 인해 발생하는 요금감소액(이하 ‘환승손실금’이라 한다)의 부담 등에 관하여 “수도권 대중교통 통합환승할인제도 시행을 위한 서울경기한국철도 공동합의문”(이하 ‘이 사건 합의문’이라 한다)을 작성하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다

(이하 이 사건 합의문에 따른 합의를 ‘이 사건 합의’라 하고, 아래 라., 마.항의 내용을 포함한 것으로 본다). 서울특별시, 피고, 한국철도공사는 수도권 교통 편의증진과 대중교통 활성화를 위하여 “수도권 대중교통 통합환승할인제도”(이하 “통합요금제”라 한다)를 시행하는데 대하여 다음과 같이 합의한다.

제2조(대상) 통합요금제는 교통카드를 사용하여 다음의 대중교통수단을 계속하여 이용(환승)하는 경우에 한하여 적용한다.

① 서울버스: 서울특별시장의 지도ㆍ감독을 받는 간선ㆍ지선ㆍ순환ㆍ마을버스 ② 경기버스 :경기도지사(시장군수)의 지도감독을 받는 노선버스 중 일반형 시내버스와 마을버스 ③ 수도권 전철: 한국철도공사, 서울메트로, 서울특별시 도시철도공사 및 인천광역시 지하철공사에서 운영하는 수도권의 전철 및 지하철 전...