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대전지방법원 2020.10.28 2019구합102559

종합소득세부과처분취소

주문

원고의 청구를 모두 기각한다.

소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 당시 부동산매매업을 영위하였던 자로, 2004. 9. 13. 광주시 B 답 4,813㎡를 301,666,000원에 취득하고, 2005. 7. 20. C 답 843㎡, D 전 1,844㎡, E 답 2,221㎡를 151,000,000원에 취득한 후(위 각 토지를 모두 합하여 ‘이 사건 각 토지’라고 한다), 2009. 10. 27. 이 사건 각 토지를 30필지로 분할하여 2009. 12. 11.부터 2015. 12. 31.까지의 기간 동안 그중 일부인 20필지 토지 합계 6,895㎡를 양도하고, 2016. 6. 13. 및 2016. 6. 21. 나머지 10필지 토지(F 전 377㎡, E 답 452㎡, G 답 414㎡, H 답 120㎡, I 전 255㎡, J 답 158㎡, K 전 413㎡, L 도로 453㎡, M 도로 112㎡, N 답 438㎡, 이하 ‘이 사건 쟁점 토지’라고 한다) 합계 2,826㎡를 양도하였다.

나. 원고는 2016. 8. 30. 이 사건 각 토지의 매매가액을 697,900,002원, 필요경비를 373,084,291원으로 하여 매매차익 예정신고를 하고, 세액 136,511,541원을 납부하였는데, 2017. 5. 31. 피고에게 2016년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 이 사건 쟁점 토지가 사업용 토지에 해당함을 전제로 이에 관하여 기준경비율을 적용한 다음 종합소득세를 57,321,060원으로 신고하고, 위와 같이 납부한 136,511,541원 중 79,190,481원을 환급받았다.

다. 피고는 2017. 11. 6.부터 2017. 12. 1.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시한 다음, 이 사건 쟁점 토지 중 도로에 해당하는 부분(광주시 L 도로 453㎡, M 도로 112㎡)을 제외한 나머지 토지는 모두 농지로서 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항 제1호 등에 따른 ‘비사업용 토지’에 해당한다는 이유로 구 소득세법 제64조에 따라 2018. 2. 10. 원고에게 2016년 귀속 종합소득세 82,759,444원(가산세를 포함하고, 기납부세액을 공제한 금액이다)을...