2. 소송비용은 피고가 부담한다.

"가. 원고는 충북 청원군 강내면 OO리 153에서 '대◎'이라는 상호로 폐전선 재생가공 처리업을 영위하는 자이고， 김BB은 2002. 4. 15 충북 청주시 흥덕구 OOO동 0000에서 배우자인 김EE의 명의로EE자원'이라는 상호의 고철도매업을 시작한 후 2007. 7. 26 폐업하고， 2007. 8. 6 부터 충북 청원군 OO면 OO리 34-17에서 모친인 김FF의 명의로 '새EE자원'이라는 상호의 고철'파지 등 도 소매업을 시작하였다가 2008. 9. 30 폐업한 자이다.",나' 피고는 2008. 4. 23.부터 2008. 8. 29 까지 EE자원에 대한， 2008. 12. 8.부터 2009. 1. 16.까지 새EE자원에 대한， 2009. 3. 5.부터 2009. 4. 29 까지 원고에 대한 각 세무조사를 시행하였다.

"다. 그 결과 피고는 i) 원고가 EE자원으로부터 매입한 금액 중 일부(2006년 1기 000원， 2006년 2기 000원， 2007년 1기 000원， 2007년 2기 000원)를 가공매입 신고한 것으로 보았고， ii) 원고가 새EE자원으로부터 매입한 금액 전부(2007년 2기 000원， 2008년 1기 000원)를 가공매입 신고한 것 으로 보았으며(이하 피고가 가공거래로 본 원고와 EE자원 또는 새EE자원 사이의 위 거래를 '이 사건 거래'라 한다)， iii) 새EE자원이 매출한 금액 중 2007년 2기 주식회사 GG브릿지(변경 전 상호 : 주식회사 GG)， HH소재 주식회사， II메탈에 대한 매출액 000원과 2008년 1기 주식회사 JJ， 주식회사 KK메탈， LL산업， MM특수금속 주식회사에 대한 매출액 000원을 새EE자원의 매출이 아닌 원고의 매출 인 것으로 보아(이하 주식회사 GG브릿지 외 6개 매출처를이 사건 매출처'라 하고， 피고가 원고의 매출로 본 위 매출을이 사건 매출'이라 한다)， 2009. 6. 10 원고에 대하여 주문 기재와 같은 부가가치세 및 종합소득세 부과처분(이하이 사건 처분'이라 한다)을 경정 고지하였다.",[인정근거] 다툼 없는 사설， 갑 제1， 2호증， 을 제1호증 내지 을 제4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함， 이하 같다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

"1) 원고는 EE자원 또는 새EE자원과 거래하면서 김BB의 요구에 따라 우선 현금으로 선급금을 지급하고， 김BB이 고철 등을 수집하여 원고에게 납품하면 EE자원의 김EE 명의의 계좌(이하EE자원 계좌'라 한다) 또는 새EE자원의 김FF 명의의 계좌(이하 '새EE자원 계좌'라 한다)로 거래대금을 송금하여 위 각 계좌에 거래내역을 남긴 후 다시 현금으로 출금하는 방식으로 김BB과 정산을 하였을 뿐， 이 사건 거래는 모두 실물거래이다.", 2) 원고는 새EE자원과 위와 같은 선급금 지급방식으로 거래하면서 수시로 변동하는 고철가격으로 인해 가격이 맞지 않는 경우 더 높은 가격을 줄 수 있는 거래처인 이 사건 매출처를 소개해 주었고，이 사건 매출처가 새EE자원에게 송금한 거래대금으로 기지급한 선급금을 회수하였을 뿐이므로，이 사건 매출은 원고의 매출이 아닌 새EE자원의 매출이다

나. 관계 법령

별지 기재와 같다

다. 판단

1)원고의 가공 매입거래 및 위장 매출의 존부 여부에 관하여 본다

가) 갑 제6호증， 을 제1호증， 을 제3호증 내지 을 제17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 김BB과 이 사건 거래와 관련된 션급금에 관한 약정서， 정산서， 장부 등 객관적 거래증빙 자료를 세무조사과정이나 원고에 대한 수사과정에서 전혀 제출하지 못하고 있고， 원고가 EE자원 또는 새EE자원 계화로 송금한 거래대금 중 대부분은 단기간 내에 현금으로 출금되어 원고와 그 가족 또는 원고의 매입처 계좌로 입금 되었다

(2) 이 사건 매출처는 새EE자원을 공급자로 하여 세금계산서를 발행・신고하였으나， 피고가 2007. 9. 6 부터 2008. 4. 18 까지 이 사건 매출처로부터 OOO자원 계좌로 입금된 000원의 자금흐름을 추적한 결과 단기간 내에 전액 현금으로 출금되었고，그 중 대부분은 원고와 그 가족 또는 원고의 매입처 계화로 입금되었다.

(3) 김BB은 원고의 요구에 따라 새EE자원 계좌를 개설하여 원고에게 그 통장 및 도장을 건네주었고， 원고와 대◎의 실장이자 원고의 아들인 이NN(이하 '원고 등'이라고 한다)이 이를 전적으로 관리하였다.

(4) 원고와 이NN 등은 EE자원 또는 새EE자원 계좌에서 현금을 출금 할 때 사용된 출금전표 대부분을 스스로 작성・날인하였고，김PP은 EE자원을 운영할 당시 매출분에 관해 수가로 세금계산서를 작성 교부하였는데，원고가 OOOO자원으로부터 발행받은 세금계산서는 전산으로 발행된 것이다

(5) 이 사건 매출처 중 HH소재 주식회사， 주식회사 JJ， 주식회사 OOO메탈， LL산업은 새EE자원과의 거래금액 전체에 관하여 관할세무서로부터 매입세액 불공제 처분을 받았으나 고지된 세금을 전액 납부하고， 이에 대한 이의를 제기하지 않았다.

(6) 원고가 운영하는 대◎의 2006년 1기분부터 2008년 1기분까지 순 부가 가치율은 3.49%로 동종업종의 전국평균 순 부가가치율인 24.93%와 비교할 때， 일반 매입공급가액이 지나치게 높다.

나) 앞에서 본 사실관계와 원고가 검BB에게 지급했다고 주장하는 선급금의 시기，규모 등을 고려할 때 이에 관한 약정서， 정산서 등 객관적인 자료가 전혀 없다는 것은 이해하기 어려운 점，원고가 EE자원 또는 새EE자원의 계좌로 송금한 금액과 이 사건 매출처가 새EE자원의 계화로 송금한 금액 대부분이 단기간 내에 원고 등에 의해 현금으로 출금되어 원고를 위해 사용된 것으로 보이는 점 등을 종합하면，이 사건 거래가 살제 전부 이루어졌다거나 이 사건 매출 전부가 새EE자원의 매출이라는 원고의 주장은 도저히 그대로 수금하기 어렵고， 오히려 이 사건 거래 중 가공거래가 상당 부분 존재할 뿐만 아니라 이 사건 매출 중 원고의 매출도 상당 부분 있는 것으로 인정된다.

2) 다만 피고의 주장처럼 이 사건 거래 전부가 가공거래이거나， 이 사건 매출이 모두 원고의 매출인지 여부에 관하여 살펴본다

가) 갑 제4호증 내지 갑 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사설을 인정할 수 있다

(1) 청주지방검찰청은 2011. 4. 29 이 사건 거래 등이 실제로 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 매입세금계산서를 발급받아 허위로 매입처별세금계산서를 작성하여 제출하였다는 공소사실로서 원고 등에 대하여 조세범처벌법위반죄로 공소제기 하였다(이하 '이 사건 형사소송'이라 한다)

(2) 김BB은 원고 등에 대한 경찰조사에서 제4회 참고인 진술을 받을 때 까지는 OOO과 EE자원과는 실물거래가 있었고， 새EE자원과는 000원 상당의 실물거래만 있었다고 진술하였다가， 제5회 참고인 진술 및 이후 검찰조사에서는 대◎과 OO자원 또는 OOOO자원 사이의 거래는 모두 실물거래였다고 진술하였고， 피의자신분으로 조사받은 마지막 검찰조사에서는 대◎과 EE자원 또는 새EE자원 사이의 거래 중 약 40%는 실물거래，나머지 60%는 금액을 더 높이 기재한 세금계산서를 발행한 거래였다는 취지로 진술하였으며， 이 사건 형사소송의 제4회 공판기일(2011. 9. 27.)에서도 위 마지막 조사 때와 같은 취지로 증언하였다

(3) 김BB은 원고 등에 대한 검찰 수사단계에서는 이 사건 매출처가 모두 새EE자원의 설제 거래처라고 진술하였다가 마지막 조사 때는 MM특수금속 주식회사 안이 실제거래처라는 취지로 진술을 뒤집었고，위 제4회 공판기일에서도 위 마지막 조사때와 같은 취지로 증언하였다.

(4) 김BB은 위 제4회 공판기일에서 1원고와 2003년경 거래를 시작하면서 부터 원고로부터 매번 현금으로 선급금을 지급받아 고철 등을 구입해 원고에게 공급했다'는 취지로 증언하였다.

"(5) OOO으로 고철 등을 운송하였던 화물차 가사인 김진수(차량번호 OO호)는 위 제4회 공판기일에서새EE자원이 있는 OO리에서 물건을 실어 온 적이 있고， 계량은 옥산면에 있는 두진계량소를 이용하였다'라는 취지로 증언하였고，또 다른 화물차 기사인 김QQ(차량번호 OOO호)도 같은 취지로 증언하였다.", "(6) 김BB과 선후배 관계로 김BB의 일을 도와주었다는 박종관도 위 제4회 공판기일에서3-4년 전에 검BB을 도와 대◎에 고물을 납품한 적이 있다'라는 취지로 증언하였고， 세무사로 2006년경부터 대◎의 세무대리 업무를 하여 온 김광대는원고가 현금거래를 많이 하고 있다는 사실을 알고 원고에게 가능하면 모든 현금 거래를 계좌를 이용하도록 하여 거래근거를 남겨 두는 것이 좋다고 권유하였다'라는 취지로 증언하였다.", "(7) EE자원 또는 새EE자원이 원고에게 공급한 고물 등에 관한 계량표 가 일부 있고， 위 계량표를 작성한 변RR은 위 제4회 공판기일에서충북 청원군 옥산면 000에서 두진계량소를 운영하면서 2007. 9. 3 부터 2008. 5. 2.까지 EE자원 또는 새 EE자원과 대◎ 사이의 거래에 관한 계량을 하였고， 자신이 작성한 위 계량표는 OOO으로 납품되는 고물 등을 챈 실제 수치를 그대로 기재한 것이다' 라는 취지로 증언하였다.", "(8) 이 법원은 '대◎과 김BB은 2002년경부터 거래관계를 유지해 온 점과 검찰에서 제출한 증거에 의하여도 일부 선급금에 의한 실물거래가 있었던 것으로 보여 기소된 공급가액 전부를 가공거래라 단정할 수 없고， 통장의 자금이동 등도 개별적 세금 계산서의 허위기재 여부 및 일부 가공거래가 첨가된 세금계산서인지를 구별할 수 있는 기준이 될 수 없다'는 취지로 원고 등에게 각 무죄를 선고하였고(이 법원 2012. 2. 17 선고 2011고단746 판결)， 이에 검사가 항소하며 검BB의 앞서 본 법정 증언에 맞춰 공소장을 변경하였으나，항소심도 '일관되지 않는 김BB의 진술에 기초하여 제1섬에서 기소된 세금계산서 중 40%가 실물거래이고，나머지 60%는 가공거래라고 단정할 수 없고，제1심 판결과 마찬가지로 이를 구별할 기준도 없다'는 취지로 역시 원고 등에게 각 무죄를 선고하였으며(이 법원 2012. 11. 29 선고 2012노203 판결)，검사가 상고를 제기하지 않아 위 판결은 그대로 확정되었다.",나) 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정， 즉 ① 고철 업계에서는 수집・공급하는 사람들 사이에 현금 거래가 빈번히 이루 어지는 점，② 김BB은 수사기관과 이 법원에서 처음 거래를 시작한 2002년경부터 원고로 부터 현금으로 상당한 규모의 선급금을 지급받았고，선급금으로 고철 등을 수집해 원고에 게 공급하였다는 취지로 비교적 일관되게 진술 또는 증언하고 있는 점，③ 이 사건 형사소 송에서 증인들은 원고와 병석자원 또는 새EE자원 사이의 실물거래를 있었다는 취지로 증언하고 있고， 이를 뒷받침하는 계량표， 계좌정보 등의 자료도 있는 점，④ 원고와 김BB 사이에 선급금 거래가 인정되고， 현금으로 기지급한 선급금 외에 거래근거를 남겨놓기 위한 별도의 송금도 있었다면， 송금된 돈을 원고 등이 출금하여 원고를 위해 사용하는 것 은 일종의 정산과정으로 볼 수 있는 점，⑤ 마찬가지로 고철 등의 가격이 맞지 않아 OOO자원이 이 사건 매출처로 고철 등을 공급한 경우， 이 사건 매출처로부터 새EE자원으로 송금된 돈을 원고 등이 출급하여 원고를 위해 사용하는 것 역시 기지급한 선급금의 정산과정으로 볼 수 있는 점，⑥ 이 사건 처분 중 이 사건 매출처에 관한 매출누락 부분 은 기소조차 되지 않았던 점 등을 고려하면， 앞에서 본 바와 같이 원고의 주장처럼 이 사건 거래의 전부가 실물거래이거나 이 사건 매출의 천부가 새EE자원의 매출이라고 볼 수는 없지만， 원고와 EE자원 또는 새EE자원 사이에서는 일정 규모 이상의 선급금 거래가 있었던 것으로 보이므로 피고가 가공매입 신고금액으로 본 이 사건 거래 중 일정 부분은 선급금에 따른 실물거래로， 피고가 원고의 매출액으로 본 이 사건 매출 중 일정 부분은 새 EE자원의 매출인 것으로 보인다.

3) 따라서 피고가 제출한 증거나 앞서 본 사정만으로는 이 사건 거래가 전부 가공 거래라거나，이 사건 매출이 전부 원고의 매출이라고 인정하기에 부족하고，달리 이를 인정 할 증거가 없다. 그러므로 피고와 원고가 이 사건에서 제출한 계좌정보를 비롯한 증거자료만으로는 이 사건 거래 중 가공거래와 실물거래를 구분하거나，이 사건 매출 중 원고의 매출과 새EE자원의 매출을 구별할 수 없는 이 사건에서，결국 피고가 추가적인 실지조사를 통해 이를 명확히 구별하거나，부가가치세법 제21조 제2항 단서， 동법 시행령 제69조에 따른 추계의 방법 등을 통해 별도의 부과처분을 하는 것은 별론으로 하더라도， 이 사건 거래가 전부 가공거래이고 이 사건 매출이 전부 원고의 매출임을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다고 보지 않을 수 없으므로 취소가 불가피하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.