청구인은 서울특별시 중구 OO동 OOOOOOO에서 OO빌딩이라는 상호로 부동산임대업을 하는 사업자로서 88.6.14 일반과세자로 사업자등록(등록번호:OOOOOOOOOOOO)을 하고 89년 제2기중에 사업을 개시하여 89년 제2기의 임대료수입금액 1,234,518원을 신고한 사실이 있다.

처분청은 89년 제2기에 신규로 사업을 개시한 청구인의 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달하므로 청구인이 90년 제2기 부터는 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 90년 제2기 부가가치세를 경정하고 92.10.21 청구인에게 90년 제2기 부가가치세 23,313,840원을 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.11.28 이의신청 및 93.2.10 심사청구를 거쳐 93.4.19 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 청구인이 89년 제2기 부가가치세 확정신고시에 간주임대료 1,234,518원을 신고한 바 있으나 부가가치세 신고서에 첨부된 부동산임대공급가액명세서상의 임대보증금 176,000,000원과 월임대료 2,600,000원을 기준으로 공급대가를 환산하는 경우 부가가치세법 제25조의 규정에 의한 과세특례대상 금액인 3,600만원을 초과하므로 90년 제2기부터 과세특례자로 전환하였으므로 이 건 과세함은 부당하다는 주장이다.

국세청장은 청구인의 경우 사실상 사업개시일인 89.11.5부터 과세기간 종료일인 89.12.31까지의 공급대가는 월임대료 2,600,000원과 간주임대료 1,234,518원 합계 3,834,518원이며 1역년 환산액이 23,007,108원(3,834,518원×12/2)으로 3,600만원에 미달하고 또한 청구인이 과세특례포기를 신고한 바 없으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 사건의 다툼은 청구인을 90년 제2기부터 과세특례자로 전환된 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다.

나. 부가가치세법 제25조에서 “①직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고, 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과 징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.

② 직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일 부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 계산액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.

③～④(생략)”라고 규정하고 있으며,

동법시행령 제74조 제1항 제1호의 규정에 의하면 개인사업자의 경우 대리·중개·주선·위탁판매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때 이를 과세특례자로 하도록 규정하고 있고,

동법시행령 제74조의2 제1항에서 “법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각 호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산한다”라고 규정하고 있다.

나. 청구인을 90년 제2기부터 과세특례자로 볼 수 있는지 여부를 살펴본다.

(1) 청구인은 89년 제2기 부가가치세 신고시 처분청에 제출한 『부동산 임대공급가액명세서』와 청구인이 제시한 『임대차계약서』를 보면 청구인은 OO빌딩의 각 부분을 청구외 OOO에게 89.11.5～90.11.4기간동안 임대보증금 6,000,000원 및 월임대료 300,000원(부가세 별도, 익월 4일 지불)에, 청구외 OOO에게 89.12.5～90.12.5 기간동안 임대보증금 20,000,000원 및 월임대료 1,100,000원(부가세 별도, 익월 20일 지불)에, 청구외 OOO에게 89.11.15～90.11.14 기간동안 임대보증금 20,000,000원 및 월임대료 500,000원(부가세 별도, 익월 14일 지불)에, 청구외 (주)OOOOO에게 89.12.10～91.12.10 기간동안 임대보증금 130,000,000원 및 월임대료 700,000원(부가세 별도, 익월 10일 지급)에 임대하고, 임대보증금에 대한 간주임대료 1,234,518원을 신고한 사실을 알 수 있다.

(2) 사실이 위와같다면 청구인은 89.11.5에 신규로 사업을 개시한 것이고 사업개시일로부터 과세기간 종료일인 89.12.31까지의 공급가액은 간주임대료 1,234,518원, 월 임대료 800,000원(월임대료의 지급조건은 후불이므로 과세기간종료일까지 받기로 한 월임대료 누계는 청구외 OOO의 월임대료 300,000원과 청구외 OOO의 월임대료 500,000원 합계 800,000원임) 합계 2,034,518원이며 따라서 청구인의 1역년의 공급대가는 2,034,518×1.1×12/2=13,427,818원으로서 3,600만원에 미달하므로 청구인은 부가가치세법 제25조의 규정에 의한 과세특례자에 해당하며 동법시행령 제74조의2 제1항의 규정에 의하여 90년 제2기부터는 과세특례의 규정을 적용받게 된다. 따라서 90년 제2기부터 청구인을 과세특례자로 유형전환하여 이 건 과세한 것은 부당하다는 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

(3) 다만, 이 건 관련결정결의서를 보면 처분청에서는 청구인의 90년 제2기 부가가치세를 경정하면서 청구인을 과세특례자로 보아 재고납부세액을 추징하였으나 청구인이 신고한 일반과세자의 과세표준 62,249,986원에 대하여는 일반과세자의 세율인 100분의 10을 적용하여 납부세액을 결정하였는 바 이는 과세특례자에 대하여는 그 공급대가의 1,000분의 20의 세율을 적용하여 납부세액을 결정하도록 한 부가가치세법 제26조의 규정에 위배된다고 보여지며, 따라서 부가가치세법 제26조의 규정에 의하여 청구인이 신고한 과세표준 62,249,986원을 공급대가인 68,474,984(62,249,986×1.1)으로 환산하고 여기에 과세특례자에 대한 세율인 1,000분의 20을 적용하여 납부세액을 결정하는 것이 정당하다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.