가.청구인은 2004.11.17. 경상남도 OOO 공장용지 3,029㎡, 같은 리 436-5 공장용지 428㎡, 같은 리 440 공장용지 755㎡, 같은 리 441 공장용지 702㎡, 같은 리 439-1 잡종지 12㎡와 동 토지 지상의 공장건물 1,586.4㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주식회사 OOO으로부터 임의경매로 인한 매각을 원인으로OOO원에 취득하여 2009.10.1. OOO에게 소유권이전등기하였으나, 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은2014년 3월 현장확인조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산을 OOO에게 양도한 것으로 보아 쟁점부동산의 매매계약서상 매매대금 OOO원을 양도가액, 경매가액 OOO원을 취득가액으로 하여 2014.6.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주식회사 OOO은 2002.4.11.부터 쟁점부동산에서 OOO 제조업을 영위하고 있었고, 쟁점부동산을 담보로 받은 대출금을 상환하지 못해 청구인이 2004.11.17. 임의경매로 인한 매각을 원인으로 쟁점부동산을 취득하게 되었는데 청구인은 쟁점부동산에서 사업을 영위할 목적으로 취득한 것이 아니었고, OOO이 쟁점부동산에서 계속 사업을 할 수 있도록 해 달라고 부탁하므로 이를허락하였으며, OOO은 2004.3.4. 쟁점부동산을 소재지로 하여 주식회사 OOO의 사업목적과 유사한 사업을 영위하는 OOO 법인명 변경)를 설립하였고, 청구인은 법인명 변경 후 OOO주식회사의 감사로 취임하고 2005.6.9. 쟁점부동산을 담보로 OOO원을 대출받아 OOO주식회사에 사업자금으로 빌려주기도 하였다.

그 후인 2006.9.11. OOO을 대표이사로 하여 사업목적이 동일한 주식회사 OOO이라 한다)을설립하였고, OOO은 2007.9.20. 쟁점부동산을 담보로OOO으로부터 OOO원을 대출받아 위 채무를 상환하였으며, 사업이 계속 어려워지자 OOO은 2009.9.23. OOO과 투자합의계약을 체결하였는바, 동 투자합의서의 내용은 청구인이 OOO에게 쟁점부동산의 소유권을이전하여 주면 청구인에게 OOO원을 지급하고, 신규 법인을 설립하여 OOO원을 투자하겠다는 것이었다.

청구인은 OOO의 제안을 듣고 2009.10.1. OOO에게 쟁점부동산의 소유권을 이전하여 주었고, OOO은 쟁점부동산을 담보로 OOO원을 대출받았으나, OOO원의 투자를 하지 않았고, 2009.10.1. 청구인에게 계약금 OOO원만을 지급받았으며, 위 대출금도 변제하지 않음에 따라 임의경매 절차가 진행되어 2011.1.3. OOO에게 소유권이전등기되었고, 청구인은 쟁점부동산의 소유권을 회복하기 위해 2010.5.28. OOO과 공동으로 OOO을 상대로 소유권말소등기청구 소송을 제기하였으나, 쟁점부동산이 2011.1.3. OOO에게 소유권이전등기됨에 따라 주변에서 소송의 실익이 없다 하므로 변론기일에 출석하지 않아 2011.5.14. 취하간주되었는바, 위 사실관계와 같이 청구인이 쟁점부동산을 OOO에게 양도하게 된 경위를 보면, 청구인이 양도의 의사를 가지고 OOO과 매매계약을 체결한 것이 아니라 법인에 대한 투자를 유치하기 위하여 서류상으로만 매매계약을 체결한 것임에도 청구인이 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.

(2) 청구인이 쟁점부동산을 양도한 것으로 보더라도 청구인은 OOO과 매매대금 OOO원에 매매계약을 체결하였으나, OOO만을 지급받음에 따라 양도차익을 취한 것이 전혀 없음에도 처분청이 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 실질과세의 원칙에 위배되는 위법‧부당한 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)청구인은 서류상으로만 매매한 것이라고 주장하나, 청구인과OOO은 2009.8.5. 대금총액OOO에 매매계약을 체결하였고, OOO은 2009.10.1. 쟁점부동산의 소유권이전등기를 완료하였으며, 계약 후인 2009.9.23. OOO 간에 작성된 “투자합의서”는 쟁점부동산의 매매거래와관련이 없는 점, 청구인과 OOO 등이 동석한 상태에서 매매계약을 체결하였음이 청구인의 진술과 OOO과의 전화 통화내용에 의해 확인되는 점, 매매계약서의 계약조건 제7조에서는“매도자가 본 계약을 어겼을 때에는 계약금으로 받은 2배를 매수자에게 지불하고, 매수자가 본 계약을 어겼을 때에는 계약금은 무효가 되고 돌려달라는 청구를 할 수 없다”라고 되어 있는 점, 청구인과 OOO을 상대로 제기한 소유권이전등기 말소등기 청구소송을 2010.10.5. 취하하고, 손해배상청구 소송을 제기한 사실이 있는 점 등에 비추어 서류상으로만 매매한 것으로 보기 어렵다.

(2) 청구인은 OOO로부터 계약금 OOO원만을 지급받았으므로 양도차익이 발생하지 않았다고 주장하나, 매매가액이라 함은 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 의하여 실제로 받았거나 받기로 한 금액의 합계액으로서 자산의 대가로 수수한 금전가액의 총액 외에 양도자가 부담할 채무를 양수자가 인수한 경우에는 그 채무액도 양도가액에 포함하는 것인바, 양도당시 청구인은 쟁점부동산의 매매금액을 OOO원으로 인지하고 날인한 점, 청구인이 2009.10.1.(계약서상 잔금약정일과 동일) OOO로부터 수령한 OOO원은 매매대금에서 쟁점부동산에 설정된 금융채무 상당액을 차감한 금액인 점, 쟁점부동산의 등기사항전부증명서상 거래금액이 OOO원으로 등기되어있는 점, 쟁점부동산은 임의경매로 인한 매각을 원인으로 2011.1.3. 다시 OOO에게 소유권이전되었는바, OOO세무서장은 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원으로 하여 OOO에게 양도소득세를 과세한점 등에 비추어 OOO원을 양도가액으로 하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①OOO에게 쟁점부동산을 서류상으로만 매매한 것이라는 청구주장의 당부(청구인이 쟁점부동산을 실제로 양도하였는지 여부)

② 매매대금 OOO원 중 OOO원만을 수령하여 양도차익이발생하지 않았다는 청구주장의 당부(양도대금 미수령액을 양도가액에서 차감할 수 있는지 여부)

나. 관련 법률

소득세법

제96조 [양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 신고의무자 라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 등기부 기재가액 이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점부동산의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구인은 2004. 11.17. 창원지방법원 2003타경31981 부동산임의경매에 의해 주식회사 OOO으로부터 쟁점부동산을 OOO원에 취득하였고, 2009. 8.5. OOO원에 매매계약을 체결하고 2010. 10.1. 청구인의 OOO로 OOO원을 지급받은 후 2009.10.1. OOO에게 소유권이전등기하였으며, 동 부동산은임의경매로 인한 매각을 원인으로 2011.1.3. OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(2) 청구인과 OOO 간에 2009.8.5. 작성된 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원으로 계약시 계약금 OOO원은 2009.10.1. 지급하는 것으로 되고, 일반적인 계약조건 외에 별도로 특약을 규정한 것은 없는 것으로 나타난다.

(3) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 등재된근저당권 설정내역은 아래 <표>과 같다.

<표> 쟁점부동산 근저당권 설정내역

(4) OOO과 관련 있는 법인들에 대한 등기사항전부증명서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 주식회사 OOO은 2002.4.11. 쟁점부동산 소재지에서 OOO 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, OOO은 2007.8.9. 이사로 취임한 사실이 있으며, 2012.12.3. 「상법」 제520조의 제1항에 따라 해산간주된 것으로 나타난다.

(나) OOO주식회사는 2004.3.4. 전라남도 OOO 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여설립되었고, 2005.1.18. 주식회사 OOO으로, 2005.1.31. 주식회사 OOO로 법인명을 변경하였으며, 2005.2.5. 쟁점부동산 소재지로 본점을 이전하였고, OOO은 이사(2005.1.7.～)와 공동대표이사(2005. 1.27.～)로, OOO은 대표이사(2004.3.4.～2005.1.27.)로, 청구인은 감사(2005.1.27.～)로 취임한 사실이 있으며, 2010.12.1. 「상법」 제520조의제1항에 따라 해산간주되었다가, 2013.12.2. 「상법」 제520조의2 제4항에 따라 청산종결간주된것으로 나타난다.

(다) 주식회사 OOO은 2006.9.11. 경상남도 OOO 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2006.11.24. OOO로 법인명을 변경하였으며, OOO은 대표이사(～2008.2.11.)로 재직한 사실이 있고, 2013.12.2. 「상법」 제520조의 제1항에 따라 해산간주된 것으로 나타난다.

(5)OOO의 운영과 관련하여 2009.9.23.OOO 간에 체결된 투자합의서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 갑은 새로운 법인을 설립하여 현재 OOO이가지고 있는 특허 및 기술전반을 인수하여 새로운 사업을 영위하기로 한다.

(나) 새로운 법인의 사업은 OOO의 수출 및 내수, 건강식품 및 신종 인플루엔자 예방 세제 개발, 피조개 양식업으로 한다.

(다) 경매 진행 중인 공장이전을 마무리 하는 조건으로 신규 투자금 OOO원을 책임지고, 투자 후 모든 제반 업무는 신설법인에서 집행하며, 갑은 OOO의 경매를 풀고 OOO에 청구인 명의로 체불된세금을 납부하고 갑의 신용으로 공장을 갑의 명의로 하여 대출받기로 한다.

(라) 주식 지분은 갑 51%, 을 49%로 하고, 모든 경영은 갑이, 기술은 을이 책임지며, 갑은 청구인에게 OOO원을 지불하기로 하되, 2009.9.30. OOO원을 분할 지불한다.

(6) OOO은 ① 본인과 OOO은 2009.9.23. 투자합의서를 작성하여쟁점부동산의 소유권을 이전하는 조건으로 투자금 OOO원을 책임지기로하고 2009.10.1. 쟁점부동산의 소유권을 넘겨 받았고, ② 이전과 동시에 쟁점부동산을 담보로 OOO원을 대출받아(OOO 대출금 상환과 지방세 체납액 납부 후) 남은 금액은 OOO 식당에 투자했으며, ③ OOO원 투자와 법인 설립이 어렵게 되고 대출금 이자도 밀린 상태이고, ④ 위 사실을 2009.12.16. OOO을 방문하여 입원 중인 OOO에게 말하고, 공장을 이전시키고 대출금 문제, 식당 제반문제를 해결해 줄 것을 부탁하였음을 확인한다는 내용으로 2009.12.18. 확인서를 작성한 것으로 나타난다.

(7) OOO은 2010.2.3. OOO을 수신자로 하여 “투자합의서 해지의 건”이라는 제목의 문서를 작성하였는바, 동 문서의 주요 내용은신의와 믿음을 가지고 2009.9.23. 투자합의서 등 약정을 하였으나,귀하의 변덕스러움과 제품의 신뢰성 문제 및 본인에게 피해를준사기꾼 OOO과 본인 모르게 유착된 관계인 점, 특히 OOO에게 속아 본인에게는 OOO의 연체이자를 갚고 OOO를 수입한다고속여 본인 공장을 담보로 사채 OOO원을 빌려 OOO의 식당 신축에전액 투자하려고 했던 점, OOO 연체이자를 한 달도 안 갚고, 본인 통장에 있던 OOO원을 타인OOO 통장으로 몰래 이체하여 개인용도로 쓰려고 했던 점 등 동업자로서 신뢰와 믿음을 상실하였으므로 그동안 작성‧서명했던 귀하와 본인 간의 모든 문건은 무효화되었음을 내용증명으로 통고한다는 내용인 것으로 나타난다(우체국의 소인이 날인되어 있는 것으로 보아 내용증명우편으로 보임).

(8) 청구인과 OOO은 2010.5.28. OOO을 상대로 소유권이전등기말소등기청구의 소를 제기하였다가, 2010.10.26. 당초 OOO이 책임지기로 한 청구인에게 부과될 양도소득세 해결 및 OOO이 수수료명목으로 착복한OOO원과 청구인에게 지급한 OOO원을 제외한 금액) 및 이에 대한 이자의 지급을 청구하는 것으로 청구취지를 변경하였으며, 청구인등이 변론기일에 출석하지 않음에 따라 해당 소는 2011.5.14. 취하간주된 것으로 나타난다(창원지방법원 2010가단24230).

(9)위 소유권이전등기말소등기청구의 소에 대한 OOO의 답변서에의하면, OOO은 쟁점부동산의 소유권과 관련이 없는 자이고, 투자합의서에 따라 2009.10.1. 청구인에게 OOO원을 지급하고 정상적으로소유권이전등기하였으며, 본인이 2009.12.18. 작성한 확인서는 청구인이본인에게 합의서의 내용을 이행하라고 항의함에 따라 작성한 것이 아니라 OOO이 사채업자들에게 사기 행각을 벌이기 위해 본인으로 하여금 OOO의 의도대로 확인서를 쓰도록 유도하여 작성한 것이고, OOO은 본인을 속이고 본인 소유의 쟁점부동산을 사채업자에게 OOO원에 근저당권 설정을 하고 실제로는 본인 명의로 OOO원을 차용하여 개인용도로 착복하였으며, 본인은 투자합의서대로 OOO원을 투자유치하기 위해 투자자들과 협의중에 있었으나 OOO이 본인을 속여 OOO원의 사채를 얻고, OOO 이자를 한 푼도 지불하지 않아 쟁점부동산이 경매개시결정됨에 따라 투자유치가 불가능하게 되었으며, 본인은 OOO을 사기죄로 고소하기 위해 내용증명을 발송하였고, 본인이 책임지기로 한 청구인의 양도소득세는 본인이 OOO에게서 받은 OOO원의 차용증을 OOO에게 양도하였으나 OOO이OOO과 유착되어 식당운영에 욕심을 내 양도소득세 문제를 해결하지않았으므로 OOO에게 불이행의 책임이 있다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(10) 청구인과 OOO이 2010.10.26. 청구취지를 변경한 것에 대한 OOO의 답변서에 의하면, 쟁점부동산을 담보로 대출받은OOO원에서 청구인의 OOO원, 청구인에게 지급한 약정금 OOO원, OOO의 체납세액 납부액OOO원, OOO에게 지급한 OOO원을 차감하면 남은 금액은 OOO원이고 그 중 OOO원은 OOO과 협의하여OOO에 소재한 식당 신축에 투자하였고, 식당이 개업하면 OOO에게OOO원을 투자하여 식당과 공장을 공동으로 운영할 계획이었으므로 본인이 OOO원을 수수료 명목으로 착복한 것이 아니고, OOO이 본인을 기망하여 쟁점부동산을 담보로 사채 OOO원을 빌려 개인용도로 착복한 것이므로 본인이 동 금액을 개인용도로 유용한 것이 아니라는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(11) OOO은 본인은 청구인 소유의 쟁점부동산(공장)을 관리하던자로 2009.7.29. OOO이 위 공장을 찾아와 함께 동업을 하자고 하기에자금이 없고 공장내 원료와 특허 등 기술만 가지고 있다고 하자, 공장(쟁점부동산)을 자신에게 등기이전하여 주면 공장주(청구인)에게 OOO원을 주고 신규 법인을 만들어 OOO원을 투자한다 하기에 이를 믿고 청구인에게 이야기하였고, 청구인은 이를 믿고 2009.10.1. 등기를 넘겨주었는데 OOO이 이를 담보로 OOO원을 대출받고 공장이 경매에 넘어가 청구인은 공장을 사기당하고, 본인도 2011년 3월공장이 경매처분되어 쫓겨난 사실이 있다는 내용으로 2011.10.11.확인서를 작성하였고, OOO도 위와 유사한 내용으로 2011.12.14. 확인서를 작성하였다.

(12)청구인이 2012.1.9. 처분청에 제출한 과세해명자료의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) OOO이 쟁점부동산에 소재한 공장의 기존 시설과 용도를살려 OOO 제품을 생산하는 공장을 운영하여 쟁점부동산의가치를 상승시켜 보겠다고 제안하여 청구인은 현금 투자 없이 쟁점부동산을 제공하였고, OOO은 OOO을 설립하여 사업을 시작하였으며, 청구인은 제2금융권OOO의 높은 대출이자를 감당할 수 없어 2007.9.20. OOO 명의로 OOO원을 대출받아 위 대출금 OOO원을 상환하고, OOO원은 사업자금으로 사용하였다.

(나) OOO의 경영에 어려움이 계속되어 OOO이 투자자를 물색한 결과, OOO과 OOO은 투자약정을 체결하게 되었고, OOO은 청구인에게 OOO원만을 지급하고 쟁점부동산의 소유권을 넘겨 받은 후 2009.10.1. OOO으로부터 채권최고액을 OOO원으로 하여 대출을 받아 청구인의 OOO원을 상환하고 청구인의 지방세 체납액 OOO원을 납부하여 본인의 금융권과 지방세 체납금을 정리한 것이 전부이다.

(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대,2009.8.5. 청구인과 OOO 간에 매매대금을 OOO원으로 하여 쟁점부동산에 대한 매매계약서가 작성되었고, 동 계약에 따라 2009.10.1. OOO에게 쟁점부동산의 소유권이전등기가 이루어진 점, OOO은 쟁점부동산의 양도에 따라 청구인에게 부과될 양도소득세를 책임지기로 하는 내용의 각서를 작성한 사실이 있는 점 등에 비추어 형식적으로 매매계약서만을 작성한 것이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(14) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 매매가액이라 함은 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 의하여 실제로 받았거나 받기로 한 금액의 합계액으로, 자산의 대가로 수수한 금전가액의 총액 외에 양도자가 부담할 채무를 양수자가 인수한 경우에는 그 채무액도 양도가액에 포함하는 것인바, OOO이 청구인을 대신하여 상환하거나 납부한 대출원리금 OOO원과 지방세 체납액 OOO원도 양도대금으로 수령한 것으로 보아야 하므로 OOO원만을 지급받았다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

다만, 소득의 원인이 되는 채권이 발생된 때라 하더라도 그 과세대상이 되는 채권이 채무자의 도산(파산, 무재산 등)으로 인하여 회수불능이 되어 장래에 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백한 때에는 실질과세원칙에 따라 그 소득을 과세소득으로 하여 소득세를 부과할 수 없는 것(조심 2008중1428, 2009.3.10., 대법원 2007.12.14. 선고 2007두19393 판결 등, 같은 뜻임)인바, 계약서상 매매대금 OOO원을 차감한 OOO원을 양도가액에서 차감할 수 있는지에 대하여 보면,

청구인과 OOO은 2010.5.28. OOO을 상대로 소유권이전등기말소등기청구의 소를 제기하였다가, 2010.10.26. 당초 OOO이 책임지기로한 청구인에게 부과될 양도소득세의 해결과 OOO이 수수료 명목으로 착복한 OOO원과 청구인에게 지급한 OOO원을 제외한 금액) 및 이에 대한 이자의 지급을 청구하는 것으로 청구취지를 변경하였으나, 변론기일에 출석하지 않음에 따라 2011.5.14. 취하간주된 것으로 나타나는바, 청구인은 양도대금 미수금의 회수를 위하여 적극적으로 대응하지 않은 것으로 보이고, 손해배상 청구액도 양도대금 미수금 전액이 아니라 수수료 명목으로 착복한 OOO원에 대한 것이며, OOO이 파산 등의 상태에 있어 OOO로부터 양도대금 미수금을 회수할 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.