처분청은 청구인이 2001.8.9. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1563번지외2필지 토지 1,575.9㎡를 취득하고, 2002.12.31. 그 지상에 건축물 6,783.69㎡(부속토지와 함께 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축한데 대하여 지방세법 제107조 및 제127조제1항에 의해 종교용부동산의 취득으로 보아 비과세하였으나 2005.8.11. 처분청 담당공무원의 현지조사 결과 이 사건 부동산의 1층 중 419.129㎡(이하 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)를 어린이 보육시설로 사용 중이므로 이 사건 부동산의 취득가액을 안분하여 이 사건 쟁점부동산의 취득가액 170,989,508원을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호 내지 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,103,740원, 농어촌특별세 376,160원, 등록세 3,994,360원, 지방교육세 732,290원, 합계 9,206,550원(가산세 포함)을 2006.1.19. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 쟁점부동산은 전체 교회의 일부이며, 주된 목적이 주일 영아부, 유치부, 초등부 어린이들의 예배를 위한 교육관으로 사용되고 있고, 이웃주민의 전도와 예배의 목적으로 사용되고 있어 종교용으로 사용하고 있음에도 어린이선교원을 운영한다고 하여 수익사업에 사용한다고 보는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은종교단체가 종교용 부동산을 취득한 후 3년 이내에 유료 어린이 보육시설을 운영하고 있는 경우 기 비과세한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제78조의2제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는수익사업”이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고 있고, 법인세법 제3조제2항에서 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 그 제1호에서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제2조제1항에서 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우는 2001.8.9. 이 사건 부동산 중 토지를 취득하고 2002.12.31. 건축물을 신축 취득한 후 종교용부동산으로 보아 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 비과세 받았으나, 2005.8.11. 처분청 담당공무원의 현장확인 결과 어린이 보육시설로 사용하고 있으므로 2006.1.19. 이 사건 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점부동산은 영아부, 유치부 등의 교육관이며, 이웃주민의 전도와 예배의 목적으로 사용되고 있으므로 종교용으로 사용하고 있다고 주장하고 있으나 청구인의 경우는 2005.8.11. 처분청 세무공무원의 출장복명서에서 청구인이 운영하는 어린이 선교원은 5세 내지 7세의 어린이 100여명(5세반 20명, 6세반 45명, 7세반 39명)을 월14만원 정도의 비용으로 수용하며, 원감외 5인의 교사에게 월60만원에서 85만원 정도의 급여와 상여금(400%)을 지급하고 있고, 관련 증빙사진에서도 어린이용 탁자와 의자, 놀이기구 등 어린이 보육을 위한 설비를 갖추고 있는 것이 확인되고 있는 이상, 이 사건 쟁점 부동산이 주일 동안에 영아부, 유치부 등의 예배를 위한 교육관으로 이용되고 있다고 하더라도 청구인이 운영하는 어린이 선교원은 법인세법 제3조제2항 및 같은법시행령 제2조제1항에서 규정한 수익사업에 해당한다 할 것이므로 처분청에서 기 비과세한 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 26.

행 정 자 치 부 장 관