1. 상고이유 제1점에 대하여

원심은, 원고의 이 사건 경정청구는 원고가 인천세관장으로부터 발급받은 수입세금계산서상의 매입세액을 각 그 과세기간의 매출세액에서 공제하여야 함을 전제로 매입세액 상당의 환급을 구하는 경정청구이고, 이에 대한 피고의 당초 처분사유는 수정세금계산서는 매입세액 공제 대상이 안 된다는 것이고, 추가된 처분사유는 이 사건 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제대상이 될 수 없다는 것으로서, 그 각 처분사유는 모두 이 사건 수입세금계산서와 관련하여 거기에 기재된 매입세액은 공제대상이 되지 않는다는 것으로서 동일한 사실관계에 기초한 것이고, 다만 그 공제대상이 되지 않는 이유에 관한 법률적 평가만을 달리한 것일 뿐이므로 그 처분사유의 추가 혹은 변경이 허용된다고 판단하였다.

관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 처분사유 변경의 한계에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

가. 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 및 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다)은, 수입되는 재화에 대하여 세관장이 발급하는 수입세금계산서의 기재사항은 일반적인 세금계산서의 필요적 기재사항을 정한 법 제16조 제1항 을 준용하여 관세청장이 정하도록 하고 있다( 법 제16조 제5항 , 시행령 제56조 ). 그에 따라 관세청 고시인 ‘수입계산서 교부에 관한 고시’(이하 ‘이 사건 고시’라고 한다)는, 관세청장이 교부하는 수입세금계산서는 거기에서 정한 서식에 의하도록 하고, 그 서식의 기재사항으로 세관의 등록번호와 명칭, 수입자의 등록번호와 상호 또는 성명, 과세표준과 세액 등과 함께 ‘납부 연월일’을 규정하고 있는데(제2조 제1항 및 별지 1호 서식), 그 ‘납부 연월일’은 일반적인 세금계산서의 경우 ‘작성 연월일’이 필요적 기재사항의 하나로 규정되어 있는 것에 대응하는 것이다( 법 제16조 제1항 ).

또한 법 제17조 제2항 제2호 는 발급받은 세금계산서에 법령의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 다만 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 공제할 수 있도록 하고 있고, 그 위임에 따라 시행령 제60조 제2항 제3호 는 ‘재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우’에는 공제가 허용되도록 하고 있다.

한편 재화를 수입할 때는 수입신고를 하고 그에 따른 부가가치세를 납부하여야 하므로, 재화의 수입에 관한 거래의 공급시기는 그에 대한 수입신고수리일이다.

나. 위와 같은 관련 법령의 규정 내용 등을 종합하여 보면, 수입거래가 아닌 일반적인 공급거래의 경우에, 부가가치세를 납부하고 발급받은 세금계산서의 실제 ‘작성 연월일’이 속한 과세기간과 재화의 공급시기가 속한 과세기간이 서로 다르면 그 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없는 것과 마찬가지로 ( 대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 ), 수입거래에 따른 부가가치세를 납부한 시기가 실제 수입시기와 다르고, 나아가 수입세금계산서에 기재된 ‘납부 연월일’이 수입재화의 공급시기인 수입신고수리일과 동일한 과세기간에 속하지 아니하면, 특별한 사정이 없는 한 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이다.

다. 원심판결 이유 및 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, ① 인천세관장은 원고에 대한 관세조사를 실시하여 2011년 2기분부터 2013년 1기분까지 일구상사 주식회사 등(이하 ‘일구상사 등’이라고 한다)의 명의로 중국산 남성용 의류를 수입한 거래의 실제 수입자를 원고로 판단하고, 당초 일구상사 등에게 발급한 수입세금계산서를 취소한 뒤, 2013. 11. 7.(원심판결의 ‘2014. 11. 7.’은 오기로 보인다) 일구상사 등의 명의로 납부된 부가가치세를 원고의 기납부세액으로 공제하면서, 세관의 등록번호와 명칭, 과세표준 및 세액, 납부 연월일 등은 당초 발급한 수입세금계산서와 동일하고 수입자 부분만 원고의 등록번호와 상호 등으로 변경한 이 사건 수입세금계산서를 원고에게 발급한 사실, ② 원고는 피고에게 이 사건 수입세금계산서상의 매입세액이 해당 과세기간의 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하면서 부가가치세의 경정을 청구하였으나 피고가 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있다.

라. 위와 같은 사실관계에 의하면, 인천세관장이 원고에게 발급한 이 사건 수입세금계산서는, 관세조사결과 명의대여 사실이 확인됨에 따라 당초 잘못 발급된 일구상사 등 명의의 수입세금계산서를 취소하고 실제 수입자인 원고 앞으로 새로 발급한 수입세금계산서일 뿐이고, 이 사건 고시에 따라 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고한 경우 등에 한하여 발급되는 수정수입세금계산서에 해당하지 아니한다.

또한 수입세금계산서의 ‘납부 연월일’이란 납세의무자가 해당 부가가치세를 자신의 명의로 납부한 일자를 의미하는데, 일구상사 등의 명의로 부가가치세가 납부된 것은 세관에 대한 관계에서 원고가 납부한 것이라고 볼 수 없고, 이후 인천세관장이 일구상사의 납부액을 기납부세액으로 공제 처리하였더라도 원고가 당초부터 해당 부가가치세를 납부한 것으로는 볼 수 없으므로, 원고가 재화의 수입신고수리일과 동일한 과세기간 내에 부가가치세를 납부하였다고 할 것은 아니다. 따라서 이 사건 수입세금계산서는 납부 연월일이 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다.

마. 원심의 판단은 그 이유 설시에 부적절한 부분이 있기는 하나, 이 사건 수입세금계산서에 따른 매입세액 공제가 허용될 수 없다고 본 결론은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의를 한계를 벗어나거나 사실과 다른 세금계산서 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향은 미친 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 관여 대법관의 일치된 의견으로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.