2. 소송비용은 원고가 부담한다.

국세기본법 제55조 제1항은 "이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다 고 규정하고 있고, 같은 법 제56조 제2항은 "제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 「행정소송법」 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다 고 규정하고 있으며, 같은 법 제68조 제1항은 "심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다 고 규정 하고 있다. 이와 같은 규정을 종합해 보면, 국세기본법에 따른 처분에 불복하여 심판청구를 하기 위해서는 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 내에 조세심판원에 심판청구를 하여야 하고, 심판청구가 위 기간을 준수하지 못하여 부적법 각하되는 경우 그 처분에 관한 행정소송은 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것으로 부적법하다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두2132 판결 등 참조).

살피건대, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2011. 3. 2. 원고에게 별지 목록 기재와 같은 부가가치세를 부과 • 고지 (이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였고, 원고는 2011. 3. 4. 위 고지서를 송달받은 사실, 원고는 이에 불복하여 2011. 6. 9. 이 사건 처분 중 허위등록가산세 부분에 관하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2011. 12. 23. 원고가 고지서를 송달받은 날로부터 90일을 도과하여 심판청구를 하였다는 이유로 원고의 심판청구를 각하한사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 소는 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것으로 부적법하다.

원고는, 피고가 과세적부심사를 통해 이 사건 처분을 경정하여 2011. 3. 16. 경정된 처분을 고지받았다고 주장하므로 살피건대, 갑 제1, 19, 20호증, 갑 제21호증의 1 내지 5, 을 제6호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 원고에 대한 다른 부과처분을 취소하면서 발생한 환급금을 이 사건 처분 중 일부에 충당하였고, 피고가 2011. 3. 16. 충당된 세액을 공제한 나머지 세액을 알려주기 위하여 원고에게 납부서를 보낸 사실은 인정되나, 피고가 이 사건 처분을 경정하였다는 사실을 인정 할 아무런 증거가 없으므로 위 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.