2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고(AA건설 주식회사에서 2003. 7. 9. □□씨 주식회사로 상호가 변경되었다가 2005. 6. 9. 원고 회사로 상호가 변경되었다)는 2003. 5. 29. 주식회사 △△스(이하 '△△스'라고 한다)와 사이에, 원고가 △△스에게 원고 소유의 ○○ ○○구 ○○동 산93-5 16,469㎡의 사업부지(이하 '이 사건 사업부지'라고 한다) 및 이 사건 사업부지상 예정된 아파트 신축공사에 대한 사업시행권(사업승인 명의변경 등), 건립된 모델하우스(25평형, 35평형) 일체와 부지 임차권 및 원고가 그 동안 사업 추진을 위해 지출한 비용에 따른 권리 일체 등을 총 매매대금 110억 원으로 정하여 계약금 11억 원은 계약 체결시, 잔금 99억 원은 2003. 6. 23. 지급하기로 하는 내용의 계약(이하 '이 사건 사업권 양도계약'이라고 한다)을 체결하면서 잔금 지급기일 이전에 발생하는 원고에 대한 기타 채권자가 이 건 사업부지에 대하여 제한물권 설정 및 기타 채권 행사를 하는 경우 원고의 책임 하에 정리하기로 정하였다.

나. 그 후 원고는 이 사건 사업권 양도계약의 내용에 따라 당해 사업연도인 2003년 귀속 법인세를 신고납부 하였다.

다. 그러나 대구지방국세청장은 원고에 대한 법인세 조사결과, '원고는 2003. 6. 23. △△스로부터 이 사건 사업권 양도계약의 양도대금으로 12억 5,000만 원(이하 '쟁점금액'이라고 한다)을 추가로 수령하여 원고 명의 은행계좌에 입금한 후, 2003. 6. 26. 원고 회사의 주주 ・ 임원 ・ 종업원 단기채무 계정 원장에 원고 회사 대표이사 구AA으로부터 쟁점금액을 가수금 입금한 것으로 기장함과 동시에 ◇◇종합건설 주식회사(이하 '◇◇종합건설'이라고 한다) 대표이사 서BB의 원고에 대한 기존채무액으로서 부 (△)의 가수금인 5억 1,000만 원과 상계하고 남은 나머지 잔액 7억 4,000만 원을 수회에 걸쳐 위 구AA에게 가수금 반제하는 형식으로 위 서BB에게 지급하였다.'라고 판단하여, 원고에게 '쟁점금액을 이 사건 사업권 양도계약의 추가대금으로 보아 원고 법인의 익금에 산입하고, 쟁점금액의 귀속자를 서BB로 보아 기타소득으로 소득 처분한다.'라는 내용의 소득금액 변동통지를 하였다.

라. 또한 대구지방국세청장은 피고에게 '원고가 세금계산서의 수취 없이 비용으로 계상한 모델하우스 신축비용 3억 8,000만 원 및 설계용역비 4억 9,500만 원은 거래 사실이 확인된다는 이유로 법인세법 제76조 제5항에 의한 증빙불비가산세 1,750만 원을 가산한다.'라는 내용의 조사결과를 통보하였다.

마. 피고는 위와 같은 조사결과에 따라, 2006. 8. 10. 원고가 쟁점금액을 이 사건 사업권 양도계약의 양도대금으로 수령하였음에도 이를 원고 법인의 익금으로 산입하지 않았다는 사유로 쟁점금액을 원고 법인의 익금에 산입하여 원고에게 2003년 사업연도 귀속 법인세 509,181,570원을 경정결정 ・ 고지하였고, 2006. 9. 19. 원고가 쟁점금액에 대한 귀속자를 서BB로 하여 기타소득으로 소득처분하고 이에 대한 원천징수를 해야 함에도 이를 이행하지 아니하였다는 사유로 원고에게 2003년 귀속 기타소득세 262,500,000원을 경정결정 ・ 고지하였다(이하 위와 같은 법인세 및 기타소득세의 각 부과 처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).

바. 원고는 2006. 8. 17. 법인세 납세고지서를 송달받고 2006. 9. 28. 기타소득세 납 세고지서를 송달받은 후 이 사건 처분에 불복하여 2006. 11. 14. 이의신청을 거쳐 2006. 12. 26. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 국세심판원은 2007. 6. 12. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 2, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 2 내지 14, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6호증, 을 제7호증의 3, 4, 을 제11호증의 1 내지 12의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) ◇◇종합건설은 이 사건 사업부지에 추진될 예정인 아파트 신축공사의 '시공사'로 참여할 목적으로 원고로부터 사업시행권 및 모델하우스 부지 임차권 등을 65억 원에 인수하는 내용의 계약을 체결하고 원고에게 계약금 16억 원을 지급한 시공권자인데, 2002. 8.경 금강○○구주택조합의 위 아파트에 대한 조합원 분양이 실패하고 2003. 5. 29. 원고와 △△스 사이에 이 사건 사업권 양도계약이 체결되자, ◇◇종합건설의 대표이사 서BB은 △△스에게 ◇◇종합건설이 가진 시공권에 대한 손실보전 등을 요구하였다.

(2) 이에 △△스는 서BB과 사이에, △△스가 ◇◇종합건설로부터 시공권을 쟁점금액인 12억 5,000만 원에 양수하되 원고가 당시 부친의 병환으로 돈을 직접 받을 수 없었던 서BB을 대신하여 △△스로부터 쟁점금액을 건네받기로 약정하였고, 그 후 △△스는 2003. 6. 23. 원고에게 쟁점금액을 자기앞 수표(12억 원 자기 앞 수표 1장, 5,000만 원 자기앞수표 1장)로 지급하였는데, 원고는 위와 같이 서BB을 대신하여 지급받은 쟁점금액 중 5억 1,000만 원을 서BB의 원고에 대한 기존채무와 상계하고 난 후, 나머지 7억 4.000만 원을 서BB에게 지급하였다.

(3) 따라서 쟁점금액은 ◇◇종합건설이 △△스로부터 받은 시공권 양도대금으로서 이 사건 부지에 부수된 권리이거나 원고와 ◇◇종합건설 사이에 발생한 권리가 아니며 원고가 △△스로부터 받은 이 사건 사업권 양도대금이 아니므로, 쟁점금액 이 원고의 수익에 해당한다는 전제에서 피고가 원고에게 쟁점금액에 대한 법인세 및 기타소득세를 부과한 이 사건 처분은 모두 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 쟁점금액이 이 사건 사업권양도대금의 일부인지, ◇◇종합건설의 시공권 양도 대금인지에 관하여 보건대, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 1, 2, 을 제4호증의 1 내지 8, 14, 을 제7호증의 1, 3, 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 사정,① ◇◇종합건설은 2002. 7. 2. 원고와 사이에 원고회사의 주식 전부 및 ○○광역시 ○○구 ○○동 산 93-5 임야 16,469㎡의 아파트 신축부지, 사업승인권 등을 양도대금 65억 원으로 정하여 인수하는 계약을 체결하고 계약금 16억 원을 지급하였으므로, 원고가 이 사건 사업권을 양도함으로써 ◇◇종합건설의 시공권이 침해되어 손실이 발생하였다고 하더라도 원고가 그 손실을 보전해 주어야 하는 것이지 △△스가 ◇◇종합건설의 손실을 보전해 주기 위하여 ◇◇종합건설에게 시공권 양도대가를 별도로 지급할 필요가 없는 점,② 원고와 △△스 사이에 체결된 이 사건 사업권 양도계약에 의하면, 계약대상 목적물에는 이 사건 사업부지, 사업승인된 아파트 신축공사와 관련된 사업시행권(사업승인 명의변경 등 포함), 건립된 모델하우스 일체 및 부지 임차권, 원고가 그 동안 사업추진을 위해 지출한 비용에 따른 권리 일체가 포함되어 있고(제1조), 잔금 지급기일 이전에 원고에 대한 기타 채권자가 이 사건 사업부지에 대하여 제한물권을 설정하거나 기타 채권을 행사하는 경우 원고는 이에 대한 문제를 해결해 주어야 하는바(추가사항), 시공자를 변경하려면 ◇◇종합건설의 동의가 필요하다고 하더라도 이는 원고가 하여야 할 의무이어서 ◇◇종합건설에게 시공자 변경에 협조를 구하기 위하여 돈을 지급하였다면 그 돈은 원고가 ◇◇종합건설에게 지급한 것으로 봄이 상당하고, 따라서 △△스가 원고에게 준 돈은 이 사건 사업권 양도대금의 일부로 봄이 상당한 점,③ 쟁점금액이 원고의 주장대로 ◇◇종합건설이 가진 시공권을 △△스에게 양도하는 대가라면 ◇◇종합건설이나 △△스로서는 시공권 양도계약서를 작성하는 것이 상거래실정이나 상거래상식에 부합한다고 할 것이나, 이러한 시공권 양도계약서가 별도로 작성되지 않은 점,④ 쟁점금액이 ◇◇종합건설의 시공권과 관련된 것이라면 쟁점금액은 ◇◇종합건설의 수익으로 계상되어야 마땅할 것임에도 ◇◇종합건설이 아닌 원고 명의 계좌에 입금된 후, 원고 회사의 주주 ・ 임원 ・ 종업원 단기채무 계정 원장에 원고 회사 대표이사 구AA으로부터 쟁점금액을 가수금 입금한 것으로 기장함과 동시에 ◇◇종합건설이 아니라 서BB의 원고에 대한 기존채무액으로서 부(△)의 가수금인 5억 1,000만 원과 상계한 점,⑤ 원고 대표이사 구AA은 2006. 3. 23. 대구지방국세청 세무공무원으로부터 조사 받을 당시에는 '구AA 자신이 △△스의 대표이사 구CC으로부터 쟁점금액을 개인적으로 차용하여 원고 법인에 입금하였고, 그 당시 구CC에게 차용증을 작성해 주었으며, 집에 차용증을 보관하고 있다.'라는 취지로 진술하다가, 2006. 4. 4. 대구지방국세청 세무공무원으로부터 조사받을 당시에는 '쟁점금액은 ◇◇종합건설 서BB 사장의 시공권에 대한 대가이다.'라는 취지로 진술하면서 이전의 진술과는 전혀 다른 진술을 한 점,⑥ 서BB의 개인적인 사정으로 원고가 쟁점금액을 대신 수령하였다는 원고의 주장은 서BB이 계좌이체 등의 방법으로 원고를 거치지 않고 △△스로부터 직접 쟁점금액을 수령할 수 있는 방법이 있는 것에 비추어 보면 설득력이 떨어지는 점 등을 고려하면, 쟁점금액은 원고가 △△스로부터 이 사건 사업권 양도계약에 따라 추가로 수령한 대금이라고 봄이 상당하고, 갑 제3호증, 을 제4호증의 1, 을 제8호증의 각 기재, 제1심 증인 서BB, 김DD, 당심 증인 정EE의 각 증언과 당심에서의 원고 대표이사 본인신문 결과만으로는 쟁점금액이 ◇◇종합건설이 시공권 양도대금으로 △△스로부터 수령한 금액으로서 원고의 수익이 아니라는 원고의 주장사실을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(2) 따라서 이 사건 처분 중 쟁점금액을 원고의 수익으로 보아 원고 법인의 익금으로 계상한 법인세 부분은 적법하고, 나아가 원고가 쟁점금액 중 5억 1,000만 원을 서BB의 원고에 대한 기존채무액과 상계한 것은 서BB을 귀속자로 한 기타소득에 해당한다고 할 수 있으므로 이 사건 처분 중 쟁점금액 전부를 서BB을 귀속자로 한 기타소득 부분도 적법하다.

3. 결론

원고의 청구를 기각한 제1심 판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 기각한 다.