처분청은 청구인이 2001.6.25. ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○○번지의 토지 333㎡를 취득한 후 동 지상에 건축물 934.36㎡(1층 185.75㎡ : 교회, 2층 185.75㎡ : 교회, 3층 187.62㎡ : 다가구주택, 4층 187.62㎡ : 다가구주택, 5층 187.62㎡ : 다가구주택, 동 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 2001.12.13. 신축함으로써 이 사건 부동산을 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 종교용부동산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 비과세하였으나 2004.9.8. 처분청 세무담당자(지방세무서기 강○○)의 현지확인에서 이 사건 부동산의 건축물 3층 302호, 4층 403호, 5층 501호, 503호(이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)는 종교용에 직접 사용하지 아니하고 청구외 심○○외 7인이 거주하고 있으므로 이 사건 쟁점부동산의 과세시가표준액(172,461,390원)에 지방세법 제112조제1항 및 구 같은 법(2005.1.5. 법률7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,139,080원, 농어촌특별세 379,390원, 등록세 2,734,950원, 지방교육세 501,400원, 합계 7,754,820원을 2004.12.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 초교파적인 평신도 선교기관으로서 한국과 전 세계의 대학생들과 모든 사람들에게 그리스도의 복음을 전파하는 ○○교회로서 타 지역의 학생들에게 임대료 없이 식비와 전기료 등 실비만을 받고 주거를 제공하여 학생들의 종교활동 장소로 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점부동산은 종교용에 직접 사용하는 부동산에 해당되어 이 사건 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 취득한 부동산 중 주택의 일부를 식비 등만 받고 학생들의 주거용으로 사용하고 있는 경우 종교용에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 지의 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호, 같은법시행령 제78조의2제1항 및 제79조제1항제1호에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 일부는 교회예배실 등의 종교용에 직접 사용하고 다가구주택인 이 사건 쟁점부동산을 학생들인 청구외 심○○외 7인이 거주하고 있으므로 2004.12.12. 이 사건 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 타 지역의 학생들에게 임대료 없이 식비와 전기료 등 실비만을 받고 주거를 제공하여 학생들의 종교활동장소로 사용하고 있으므로 이는 종교용에 직접 사용하는 부동산이라고 주장하고 있지만, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세 등을 부과한다고 규정하고 있는바

동 규정에서의 “직접 사용”의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는 지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것이므로 청구인의 경우는 다가구주택으로 신축한 이 사건 쟁점부동산 내에서 청구외 심재운외 7인이 주민등록전입을 하고 주거용으로 사용하고 있는 사실이 2004.9.8. 처분청의 세무담당자(지방세무서기 강○○)의 현지확인에서 입증되고 있는 이상 비록 식비 등 실비만을 받고 학생들에게 주거를 제공하고 있다고 하더라도 이 사건 쟁점부동산은 종교용으로 직접 사용되고 있는 것이 아니라 입주한 학생들이 주거용으로 사용하고 있는 것으로 보아야 하므로 처분청에서 이 사건 쟁점 부동산에 대한 취득세 등을 부과 고지한 것은 별다른 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 4. 6.

행 정 자 치 부 장 관