처분청은 청구법인이 1994.6.15. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 1,577㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득하여 같은해 11.15. 등기한 이건 부동산에 대하여 지방세법 제127조제1항의 규정에 의거 등록세 등의 비과세신청을 하였으나, 종교용에 사용하고자 대도시내에서 취득한 이건 부동산의 등기는 동규정에 의한 등록세 등의 비과세대상에 해당되지 않는다고 보아 이건 토지 취득가액(1,097,000,000원)에 같은법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 39,492,000원, 교육세 7,240,200원, 합계 46,732,200원(가산세포함)을 1995.3.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 수도원, 수련소의 설치운영 및 정신, 신체장애인을 위한 직업보도(교육) 및 복지시설 설치운영 등을 목적사업으로 하는 비영리종교법인으로서 1994.6.15. 교육목적사업의 하나인 정신 및 신체장애인을 위한 직업보도(교육) 및 복지시설을 설치운영하고자 이건 부동산을 취득하여 1994.11.5. 문화체육부장관으로 부터 기본재산전환인가를 받았으며, 현재 신체장애인을 위한 직업보도(교육) 및 복지시설을 건축하기 위하여 설계작업을 착수하고 있음에도 이건 부동산을 수도회에서 직접 사용하는 지방세법시행령 제94조제2항제1호에서 규정하고 있는 성당의 부속토지로 보아 이건 등록세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 종교법인이 대도시내의 부동산을 취득등기한 경우 지방세법 제127조제1항에서 규정하고 있는 등록세 등의 비과세대상에 해당되는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제124조에서 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득... 에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(...)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다”라고 규정하고, 구같은법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로 부터 1년이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 하고, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 대통령령으로 정하는 대도시내에서 등기하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 하고, 같은조 제2항에서는 “법 제127조제1항제1호 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자가 대통령령으로 정하는 대도시내에서 등기하는 경우’라 함은 제79조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역(ㅇㅇ시 등) ... 내에서 사찰, 사당, 불당, 성당, 교회용 건축물(그 부속시설물을 포함한다)과 그 부속토지에 관한 등기를 하는 경우를 말한다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제79조제1항에서 “‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 수도원, 수련소의 설치운영 등을 목적사업으로 하는 비영리종교법인으로서 1994.6.15. 이건 부동산을 취득하여 같은해 11.15. 등기하면서 지방세법 제127조제1항의 규정에 의거 등록세 등의 비과세신청을 하였으나, 처분청은 종교용에 직접 사용하고자 대도시내에서 취득한 이건 부동산의 등기는 동규정에 의한 등록세 등의 비과세대상에 해당되지 않는다고 보아 이건 등록세 등을 부과고지하였음은 제출된 관계증빙서류에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 교육목적사업의 하나인 정신 및 신체장애인을 위한 직업보도(교육) 및 복지시설을 설치운영하고자 이건 부동산을 취득하였으므로 등록세 등 비과세대상에 해당된다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제127조제1항 및 같은법시행령 제94조제1항에서 제사·종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 대하여는 등록세를 비과세하도록 규정하고 있으나, 그 단서에서 대도시내에서 등기하는 사찰·성당·교회용 등의 건축물 및 그 부속토지에 대한 등기의 경우에는 등록세를 과세하도록 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 1990.9.3. 민법 제32조의 규정에 의하여 문화체육부장관으로 부터 허가를 받아 설립된 비영리 종교법인으로서 1994.6.15. 대도시내에서 취득하여 같은해 11.15. 등기한 이건 부동산을 청구법인의 이사회 의결을 걸쳐 수도원 신축부지로 사용하고자 하였음이 입증(1994.4.20. 개최한 이사회 회의록)되고 있을 뿐만 아니라, 취득허가증 및 택지사용계획서에서도 사용목적을 수도회 신축부지라고 밝히고 있고, 더욱이 택지사용계획서상에서 사용계획개요를 상시 20명이상을 수용할 수 있는 시설로 기도실·수련자교육실·사무실·회의실·숙소 등을 갖춘 건축물 신축이라고 기재한 사실 등으로 볼 때, 이건 부동산은 청구법인의 주목적사업인 (재)ㅇㅇ수도회 건축물 신축부지로 직접 사용하고자 취득하였음이 명백하므로 교육목적사업의 하나인 정신 및 신체장애인을 위한 직업보도(교육) 및 복지시설을 설치운영하고자 취득하였다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 청구법인은 수도사업을 주목적으로 민법 제32조의 규정에 의거 설립된 종교법인이므로 청구법인이 직접 사용할 수도회 건축물은 지방세법시행령 제94조제1항에서 규정하고 있는 성당용 건축물과 그 성격을 같이 한다고 보아야 함이 상당하다 할 것이므로 대도시내에서 수도회 건축물을 신축하고자 취득한 이건 부동산의 등기는 구 지방세법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 등록세 비과세대상에서 제외된다 하겠는 바, 처분청에서 이건 부동산의 등기에 따른 등록세 등을 비과세하지 않고 이건 등록세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1995. 10. 26.

내 무 부 장 관