처분청은 청구인이 1999.9.28. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 토지 4,133.5㎡ 및 그 지상건축물 24,678.1㎡중 5분의 2지분(이하 “이건 부동산”이라 한다)을 ㅇㅇ수산(주)로부터 5,381,563,320원에 취득한 후 ㅇㅇ시세감면조례 제27조의2제1항의 규정에 의한 기업의 금융부채상환에 따른 매입 부동산의 취득에 해당된다고 보아 취득세·등록세 등의 면제를 신청하였으나, ㅇㅇ수산(주)가 매각대금중 2,952,400,000원만 1997.6.30. 이전에 채무가 성립한 금융부채를 상환하고 나머지 금액(2,429,163,320원)은 금융부채를 상환하지 아니하였으므로 금융부채상환금만 면제대상으로 결정하고 나머지 금액은 면제대상에서 제외하자, 면제대상에서 제외된 금액에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 48,583,260원, 농어촌특별세 4,858,320원, 등록세 72,874,890원, 교육세 14,574,970원, 합계 140,891,440원을 1999.9.28.과 1999.10.28. 각각 신고 납부함에 따라 같은날 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ㅇㅇ시세감면조례 제27조의2제1항에서 금융부채상환용 부동산을 취득하는 자에 대하여 취득세와 등록세를 감면하는 취지가 기업의 금융부채상환용 부동산을 취득하는 자에게 취득세와 등록세를 면제함으로써 부동산의 매각을 용이하게 하여 기업의 재무구조를 개선하려는데 있는데도 부채상환 비율에 따라 감면여부를 결정하는 것은 조례 제정취지에 어긋나고, 동조례를 보더라도 부채상환비율에 따라 감면하도록 규정하고 있지 아니하므로 그 매각대금으로 금융부채를 상환하기만 하면 부채상환금의 많고 적음에 불구하고 전액 면제하여야 하며, 행정자치부의 유권해석(세정 13407-506, 2000.3.17)과 서울고등법원의 판결문(99누 5506, 1999.10.1)에서도 부동산 양도대금으로 금융부채를 전액 상환하고서도 상환할 부채가 없어 양도대금이 일부 남아있다 하더라도 동조례의 규정에 의한 취득세 등 면제대상에 해당된다고 하고 있음에도 청구인이 신고납부한 취득세 등을 수납하여 징수결정한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 부동산 양도대금으로 금융부채를 전액 상환하고서도 상환할 금융부채가 없어 양도대금이 일부 남아있는 경우 그 부분에 대하여 취득세 등을 감면하지 아니한 것이 적법한지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, ㅇㅇ시세감면조례 제27조의2제1항에서 부동산매매계약 체결일 현재 5년이상 사업을 영위한 기업이 금융기관의 부채(1997.6.30. 이전에 채무가 성립한 부채에 한한다) 상환을 위하여 금융기관의 담보물권이 설정된 부동산을 당해 금융기관의 요청 또는 동의를 얻어 매도하는 경우에 그 부동산을 취득하는 자에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다.

다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.9.28. 이건 부동산을 청구외 ㅇㅇ수산(주)로부터 취득한 후 기업의 금융부채상환에 따른 매입부동산의 취득에 해당된다고 보아 취득세 등 감면신청을 한데 대하여, ㅇㅇ수산(주)가 매각대각중 54.86%만 금융기관의 부채를 상환하고 나머지 45.14%는 금융기관의 부채를 상환하지 아니하였으므로 금융부채상환금만 면제대상으로 결정하고 나머지금액은 면제대상에서 제외함에 따라 청구인이 나머지 금액에 대하여 취득세 등을 자진 신고납부하였음을 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 감면조례에 금융부채상환 비율만큼만 감면하라는 규정이 없고, 그 매각대금으로 금융부채를 상환하기만 하면 부채상환금이 많고 적음에 불구하고 전액 과세면제하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 금융부채상환금만 면제대상이 되고, 금융부채 미상환금은 과세면제 대상이 아니라고 판단하고 있으나, ㅇㅇ시세감면조례 제27조의2제1항에서 취득세등 감면요건을 1997.6.30. 이전에 채무가 성립한 부채를 상환하는 경우라고 규정하고 있을 뿐, 매각대금 전액을 1997.6.30. 이전에 채무가 성립한 부채를 상환하여야만 감면대상에 해당된다고 규정하고 있지 않고, 상환하여야 할 금융부채가 없어 매각대금중 일부가 남아있다 하여 이를 그 상환비율에 따라 안분하여 감면할 수 있는 아무런 합리적인 근거규정(추징규정)을 찾아볼 수 없으므로, 부동산 매각대금의 일부를 금융부채로 상환하기만 하면 매각대금 전체에 대하여 취득세 등이 면제되는 것으로 보아야 함에도 금융부채를 전액 상환하고 상환할 금융부채가 없어 남아 있는 금액에 대하여 취득세 등 면제대상에서 제외한 것은 잘못이라 할 것(같은 취지의 행정자치부 유권해석 세정 13407-406, 2000.3.17)이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 6. 27.

행 정 자 치 부 장 관