부가가치세법 제17조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 주식회사 ○○○이엔씨(이하'소외 회사'라 한다)는 2005.9.14.경 학교법인 ○○학원(이하'○○학원'이라 한다)과 사이에 소외 회사가 ○○학원으로부터 ○○미디어정보고등학교와 ○○여자고등학교(이하'쟁점학교'라 한다)의 기존 학교부지(이하'쟁점토지'라 한다)를 매입하면서, 매매대금 대신 쟁점 학교가 이전할 부지를 구입하여 그곳에 신축하교를 건축하여 ○○학원에 제공하기로 하는 계약(이하'쟁점 계약'이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 2006.2.22.경부터 주택건설시행 및 분양대행 등을 영위하는 법인으로서, 2007.4.13.소외 회사로부터 쟁점 계약에 따른 모든 권리와 기존에 쟁점 계약을 위하여 진행된 서류 일체(이하'이 사건 사업권'이라 한다)를 14억 원에 양수하고, 기타 원고의 사업을 위하여 20,124,124원 상당을 매입한 후, 2007년 제1기 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 세액 확정신고시 아래와 같이 매입세액 142,012,407원 전액(이하'이 사건 매입세액'이라 한다)을 매출세액에서 차감하여 환급신고를 하였다.

다. 이에 대하여 피고는 2007.8.3. 원고에게, 원고가 쟁점 토지상의 아파트 신축사업에 관하여 작성한'사업계획서'및 '만수동 공동주택 사업수지표'(이하'이 사건 사업계획서'라 한다)에 근거하여 총예정사용면적에 대한 면세사업인 국민주택규모 이하의 아파트 신축사업의 예정사용면적의 비율로 안분한 이 사건 매입세액 중 면세사업 관련 매입세액 93,571,970원을 공제받지 못하는 세액으로 하고, 이에 따른 초과환급가산세를 더하여 총 102,929,160원의 환급을 거부한다는 부가가치세 환급 현지확인결과통지를 하였다(이하'이 사건 처분'이라 한다)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 8호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 소외 회사로부터 매입한 이 사건 사업권의 양도거래는 전액 부가가치세 과세대상이므로, 과세· 면세 공통매입세액임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하며, 즉, 원고 및 소외 회사는 모두 건설업 등을 영위하는 법인으로서, 소외 회사는 이 사건 사업권의 양도에 관하여 원고로부터 거래징수한 부가가치세 1억 4천만 원을 과세관청에 신고· 납부하였고, 이 사건 처분에 의하게 되면 과세관청은 소외 회사로부터 이 사건 사업권의 양도에 관한 매출세액은 전액 부가가치세로 과세하면서 원고의 매입세액은 일부를 공제해 주지 않게 되어 그 부분에 관하여는 이중과세를 하는 결과가 된다.

2) 예정사용면적을 근거로 공통매입세액을 안분계산하기 위해서는 건축허가 등이 있어 건축사업의 실행이 확정될 수 있는 상태에 있어야 하는데, 이 사건과 같이 ○○학원이 관할 교육청으로부터 이전승인도 받지 않은 상태에서 대출심사를 받기 위한 가상의 사업계획서인 이 사건 사업계획서라는 확정되지 않은 사실을 기초로 과세한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

국세기본법 제21조

부가가치세법 제17조

부가가치세법 시행령 제61조

다. 인정사실

아래 사실들은 위 인정증거들과 갑 제2 내지 7, 9-1 내지 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

1) 소외 회사는 주택건설 등 건설업을 영위하는 회사로서, 2007년 제1기 부가가치세를 신고· 납부하면서 이 사건 사업권의 거래에 관하여 과세관청에 부가가치세 1억 4천만 원을 신고· 납부하였다

2) 원고는 소외 회사로부터 이 사건 사업권을 양수하면서, ○○학원과'학교법인 재산협약서'라는 제목으로 쟁점 계약과 같은 내용의 계약을 체결하고, 위 계약에 근거하여 이 사건 사업계획서를 작성한 후, 이를 금융기관에 제출하는 한편 ○○건설 주식회사 등에 이 사건 사업계획서를 첨부하여 시공참여 의향서를 보낸 바 있다.

3) ○○학원은 인천광역시 교육청에 학교 위치변경 협의신청을 하였으나, 기준면적 미달 등의 이유로 2007.8.17. 부적합하다는 회신을 받은 바 있다.

4) 이 사건 사업계획서에는 쟁점 학교부지의 위치도, 부지개요, 사업개요, 사업추진일정, 사업자금조달 및 투입 등의 내용이 적시되어 있고, 그 중 사업개요에 의하면 건축할 아파트는 32평형(A,B형) 522세대, 45평형 86세대, 52평형 89세대로 예정되어 있다.

라. 판단

1) 원고의 첫째 주장에 대하여

원고는 이 사건 사업권의 양도거래가 과세대상 사업임을 이유로 이 사건 처분은 위법하다고 주장하나, 피고가 면세사업으로 본 것은 이 사건 사업권의 양도거래 자체가 아니라 원고가 영위하려는 아파트 신축사업 중 국민주택규모 이하의 해당 부분일 뿐이므로, 이와 다른 전제에 있는 이 부분 원고의 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

즉, 이 사건 사업권을 양도한 소외 회사는 건설업을 영위하는 회사로서 그 스스로 면세사업을 영위하거나 이 사건 사업권을 면세사업에 제공하였던 것이 아니라면 이 사건 사업권을 양도하는 데 대하여 부가가치세를 납부하는 것은 당연하고, 원고가 이 사건 사업권을 양수하여 이를 면세사업에 사용하게 되면 그 해당부분에 관하여 원고가 매입세액으로서 공제받지 못하게 되는 것은 뒤에서 보는 바와 같은 부가가치세법이 정하고 있는 면세사업의 개념에 따른 것일 뿐이며, 원고가 이 사건 사업권 중 일부를 면세사업에 제공함에 따라 매입세액을 공제받지 못한다고 하여 소외 회사까지 면세사업을 영위하였는지에 불문하고 당연히 그 해당부분에 대한 부가가치세 납부의무가 면해지는 것은 아니라 할 것이다.

2) 원고의 둘째 주장에 대하여

부가가치세 납세의무는 과세기간이 종료한 때 성립하고(국세기본법 제21조 제1항), 부가가치세액은 과세기간 내에 사업상 공급한 재화나 용역의 공급가액의 합계를 과세표준으로 하여 이에 10%의 세율을 적용한 매출세액에서 같은 기간 자기의 사업율 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역을 공급받은 가액에 대한 10% 상당의 세액 등 매입세액을 공제하여 납부할 세액이 정해지는 것이므로, 매출세액와 매입세액의 범위는 과세기간이 종료할 때를 기준으로 과세기간 내에 이루어지는 매출과 매입 거래의 각 공급가액에 의하여 정해진다.

한편, 부가가치세 면세사업이란, 사업상 자기가 공급한 재화나 용역에 대한 매출세액을 납부할 의무를 면하면서, 아울러 위 사업에 관련된 매입세액을 공제받지 못하는 것인바(부가가치세법 제17조 제2항), 부가가치세 납세의무의 성립시기와 그 세액을 특정할 기준시가 위와 같이 과세기간이 종료할 때임에 비추어 보면, 면세사업에 관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제하여서는 안될 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 특정되어야 하는 것이다. 따라서 면세사업에 관련된 매입세액인지 여부는 과세기간이 종료할 때를 기준으로, 매입거래 당사자가 거래 당시 가졌던 목적, 거래의 내용, 거래 이후 과세기간 종료시까지의 사정의 변화(예컨대, 면세사업의 전부 또는 일부를 과세사업으로 사업 내용을 변경하는 등) 등을 고려하여 정하여지는 것으로 보아야 하고, 과세기간 이후ㅠ의 사정변화에 의하여 면세사업인지 여부, 면세사업에 관련한 매입세액인지 여부 등이 좌우되는 것은 아니라고 할 것이다.

또한, 사업자가 건물을 신축함에 있어 과세사업과 면세사업을 겸영할 때의 공통매입세액의 안분에 관하여, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 제3호 및 제61조의 2는 당해 과세기간 중 과세사업 또는 면세사업의 공급가액이 없는 경우, 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 때에는 일단 이를 기초로 하여 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산하고, 그 이후 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되면 그 확정일이 속하는 과세기간의 확정신고 를 할 때 다시 정산하도록 규정하고 있다.

따라서, 위와 같은 법령의 취지를 종합적으로 고려하면, 추후 그 사업이 최종적으로 확정된 과세기간에 정산하는 것을 전제로, 매입세액이 발생한 과세기간이 종료할 때를 기준으로 일응 과세사업과 면세사업의 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우라면 그 사업이 확정되지 않았다고 하더라도 이를 기준으로 당해 과세기간에 공제받을 매입세액을 정할 수 있다. 그런데 위 인정사실에 나타난 원고의 이 사건 사업권의 취득 목적과 경위, 원고의 아파트 신축사업 계획의 내용, 이 사건 사업계획서의 작성 목적 및 사용 경위 등을 종합하면, 이 사건 처분의 대상인 2007년도 1기 부가가치세 과세기간 종료시를 기준으로 할 때 일응 이 사건 사업권이 사용될 과세사업과 면세사업의 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하고, 그 이후에 발생한 ○○학원이 학교 위치변경에 관한 관할관청의 협의를 얻지 못하였다는 사정 등은 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하는 데 고려할 사항이 된다고 할 수도 없으므로, 원고의 사업계획이 확정되지 않은 상태에서 한 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.