부가가치세법 시행령 제38조국가・지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 6. 2. 원고에 대하여 한 [별지 1] 처분목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2010. 3. 10. AA시 근로자 종합복지관(이하 '이 사건 복지관'이라 한다)의 신축공사를 착공하여 2011. 5. 30. 준공 절차를 마친 후 2011. 9. 5. 한국노총 CCAA지역지부(이하 '한국노총지부'라 한다)에 2011. 10. 1.부터 2014. 9. 30.까지 3년간 무상으로 위탁관리를 맡기는 계약을 체결하였다(이하 '이 사건 계약'이라 한다). 한국노총지부는 피고에게 이 사건 복지관의 시설운영에서 발생하는 부동산임대업 및 스포츠시설 운영업 매출에 대하여 부가가치세 신고・납부를 하고 있다.

나. 원고는 이 사건 복지관 및 AA국민체육센터의 시설투자와 관련하여 원고가 부담한 부가가치세액을 매입세액으로 공제하지 아니한 채 부가가치세를 신고・납부하여 오다가 2011. 12. 20. 피고에게 이 사건 복지관 및 AA국민체육센터에 관한 사업이 부동산임대업에 해당하여 이를 부가가치세 과세사업으로 보아야 하므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 이유로 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지 부가가치세 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2012. 2. 22. 위 경정청구를 인용하여 합계 1,300,625,563원을 환급결정하고 이를 원고에게 환급하였으나, 중부지방국세청장은 2014. 1.경 BB세무서에 대한 종합감사 시 원고가 이 사건 복지관을 한국노총지부에 위탁하여 운영하도록 한 것은 용역의 무상제공에 해당하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다고 판단하고, 피고에게 이 사건 복지관의 시설투자에 관하여 원고가 부담한 부가가치 매입세액은 불공제하도록 시정요구하였다.

라. 이에 피고는 2014. 6. 2. 위 환급세액 중 이 사건 복지관의 시설투자 관련 매입세액에 초과환급신고 가산세와 납부불성실가산세를 가산하여 [별지 1] 처분목록 기재와 같이 각 부가가치세를 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 2014. 9. 5. 이에 불복하여 국세청장에 심사청구하였으나, 2014. 11. 18. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 계약에 따르면, 한국노총지부가 원고를 대신하여 이 사건 복지관의 유지관리비용을 부담하기로 하였으므로 실질적으로 원고에게 그 비용 상당액만큼 위탁수수료를 부담하는 것이므로 이 사건 계약은 무상임대에 해당하지 아니한다. 가사 이 사건 계약이 무상임대라고 하더라도 이 사건 복지관의 실질적 운영주체는 수탁자인 한국노총지부가 아니라 위탁자인 원고라고 보아야 하므로, 실질과세원칙상 원고가 이 사건 복지관에 관하여 유상의 부동산임대업을 영위하는 것으로 보고 관련 매입세액을 공제하여야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 처분은 사업의 포괄 양도양수에서 양도자가 양도 전 해당 사업에 관한 매입세액을 공제받을 수 있는 등의 경우와 차별하는 것으로 평등원칙에 위배된다.

(3) 이 사건 초과환급과 해당 부가가치세의 납부지연은 피고의 환급결정에서 비롯된 것이므로, 원고에 대하여 이에 관한 제재로서 가산세를 부과하는 것은 위법하다.

나. 관계법령

[별지 2] 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2011. 8. 5. 이 사건 복지관 운영과 관련하여 'AA시 근로자종합복지관 운영 조례'(이하 '이 사건 조례'라 한다)를 제정하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

제1조(목적) 이 조례는 근로자의 공공복지 증진을 도모하고 삶의 질 향상을 위하여 설치된 AA시 근로자종합복지관(이하 복지관 이라 한다)의 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제3조(기능) 복지관은 다음 각 호의 기능을 수행한다.

1. 근로자의 교양・문화・체육 등 근로자 생활편익 증진에 관한 사항

2. 무료직업상담 및 취업알선, 취업정보제공 등 근로자 취업 촉진에 관한 사항

3. 시민단체, 노동조합 또는 노・사 공동으로 실시하는 각종교육・회의 등에 대한 시설제공

4. 그 밖에 시민과 근로자의 복지향상을 위한 제반사업 등

제4조(이용자의 범위 등)

① 복지관 시설은 관내에 거주하는 근로자 및 일반시민(저소득층 주민 우선)과 그 밖에 AA시장(이하 시장 이라 한다)이 인정하는 자로 한다.

② 동시에 이용하려는 자가 경합될 경우에는 관내에 주소를 둔 근로자, 저소득층 주민, 일반시민 순서로 허가하며, 같은 조건일 때에는 신청서 접수 순서에 따른다.

제5조(사용허가)

① 복지관 시설을 사용하고자 하는 자는 시장의 허가를 받아야 하며, 허가받은 사항을 변경하거나 특별한 시설을 설치하고자 하는 경우도 또한 같다.

② 시장은 시설 등의 사용을 허가함에 있어 적정한 유지관리를 위하여 필요한 조건을 붙이거나 지시할 수 있다.

제6조(사용료)

① 복지관시설의 사용료는 별표의 기준에 따른다. 다만 시장이 공익상 필요하거나 특별한 사유가 있다고 인정하는 경우에는 이를 감면할 수 있다.

② 제9조에 따라 복지관 시설의 전부 또는 일부를 위탁 운영할 경우 수탁자는 조례로 정한 범위 안에서 시장의 승인을 받아 따로 사용료를 정할 수 있다.

제9조(운영 및 위탁관리)

① 시장은 복지관의 효율적인 관리 및 운영을 위하여 비영리법인 및 단체에 시설의 전부 또는 일부를 위탁 또는 임대하여 관리하게 할 수 있다.

② 복지관 시설을 위탁 또는 임대하여 운영하는 자(이하 수탁자 라 한다)는 복지관 설립목적과 계약조건에 따라 운영하여야 한다.

③ 제1항에 따른 위탁 또는 임대 계약기간은 3년으로 한다. 다만 시장이 필요하다고 인정할 때에는 그 기간을 단축하거나 연장할 수 있다.

④ 시장은 위탁 운영할 경우 필요하다고 인정될 때에는 예산의 범위 안에서 그 관리・운영 등에 필요한 경비의 일부를 보조할 수 있다.

제10조(수탁자 의무)

① 복지관 수탁자는 수탁기간 중 선량한 관리자로서의 의무를 다하여야 한다.

② 수탁자는 수탁기간 중 복지관 설립목적과 계약조건에 따라 관리・운영하여야 한다.

③ 수탁자는 복지관 운영에 따른 민・형사상의 책임을 진다.

④ 수탁자는 시장의 승인 없이 시설물의 원형을 변경할 수 없으며 시설을 변경할 사유가 발생한 때에는 사전에 시장의 승인을 받아야 한다.

⑤ 수탁자는 연 1회 이상 그 시설 등에 대한 관리・유지보수를 하여야 하며, 각종 재해보험 등에 가입하여야 한다.

제14조(감독)

① 시장은 관계 공무원으로 하여금 복지관의 운영상황을 조사하거나 관련 서류를 검사하게 할 수 있으며, 수탁자에게 필요한 보고를 명할 수 있다.

② 시장은 제1항에 따라 보고를 받거나 조사 또는 검사결과 시정하여야 할 사항에 대하여는 관계 규정에 따라 조치하여야 한다.

제15조(준용) 이 조례에 규정하지 아니한 사항에 대하여는「AA시 공유재산 관리 조례」를 준용한다.

(2) 원고와 한국노총지부 사이의 이 사건 복지관 위탁관리운영 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

제2조(위탁운영)

① AA시장은 계약기간 중 한국노총지부에게 무상으로 위탁하여 관리운영한다.

② 한국노총지부는 시설물을 관리운영함에 있어 수익만을 목적으로 하는 사업에 공여할 수 없으며 시설운영에 있어 발생한 수익금은 시설물 운영개선 및 유지관리비로만 사용하여야 한다.

제3조(조례 및 규칙준수) 한국노총지부는 위탁관리 운영에 있어 '이 사건 조례' 및 이 사건 조례 시행규칙과 재산관리에 필요한 제반법규 및 지침을 준수하여야 한다.

제5조(사용료의 사전승인) 제1조에 따른 시설물을 관리함에 있어 사용료에 대하여는 조례에서 정한 기준에 따라 정하되, AA시장의 사전승인을 얻은 요금으로 하고, 사용료 및 안내판을 쉽게 볼 수 있는 장소에 게시하여야 한다.

제14조(복지관의 우선사용) AA시장이 시설물의 일부를 사용하고자 할 때에는 한국노총지부는 사용에 불편이 없도록 조치하여야 한다.

제17조(운영실적 보고등) 한국노총지부는 AA시장에게 복지관 운영실적을 반기별로 보고하여야 하며 매년 예산운영 상황에 대하여 회계연도 종료 후 2월 이내에 보고하여야 한다.

[인정근거] 갑 제3호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 이 사건 처분 중 본세에 관한 판단

(1) 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 여기에서 매출세액에서 공제 대상이 되는 매입세액에 관하여 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은 과세업자의 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될' 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 대상으로 규정함으로써 그 기준을 사업관련성에 두고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제6호도 매입세액 불공제 대상의 하나로 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)'이라 하여 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 '사업'을 기준으로 하여 정하고 있으므로, 매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있지 않다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).

한편, 지방자치법 제9조 제2항 제5호는 지방자치단체 사무의 예시로 체육・문화

시설의 설치 및 관리'를 포함하는 "교육・체육・문화・예술의 진흥에 관한 사무"를 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호는 '국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것'의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24441호로 개정되기 전의 것) 제38조는 위와 같이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 범위에서 부동산임대업을 제외하여 규정하고 있다.

그리고 부동산 거래행위가 사업활동의 일환으로 이루어진 것이어서 그에 따른 건물의 양도행위가 부가가치세법상 과세대상인 재화의 공급에 해당하고, 그로 인한 소득이 사업소득에 속하는가 여부는 그 거래가 수익을 목적으로 하고 있는지와 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 한다(대법원 1994. 9. 9. 선고 93누17522 판결 참조). 이 법리는 부동산의 양도로 인한 소득이 부가가치세법상의 부동산매매업의 사업소득에 해당하는지 양도소득세법상의 양도소득에 해당하는지 여부를 판단하는 기준에 관한 것이지만, 원고가 한국노총지부에 이 사건 복지관의 관리를 위탁한 것이 부동산임대업의 사업활동의 일환으로 이루어진 것인지 여부가 쟁점인 이 사건에서도 부동산임대업 사업관련성 유무의 판단에 적용할 수 있다.

(2) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음 각 사정, 즉 ① 원고는 근로자의 공공복지 증진을 도모하고 삶의 질 향상을 위하여 이 사건 복지관을 신축한 이후 한국노총지부에 이 사건 복지관을 제공하여 위탁관리하도록 한 점, ②\u3000 원고는 이 사건 복지관을 신축한 이후 한국노총지부와 이 사건 계약을 체결하고 이 사건 복지관을 관리위탁하였는데, 한국노총지부로부터 대부료 등을 전혀 받지 않은 점, ③ 원고는 위탁 운영할 경우 필요하다고 인정될 때에 예산의 범위 안에서 그 관리・운영 등에 필요한 경비의 일부를 보조할 수 있도록 규정되어 있는 점, ④ 한국노총지부는 위탁한 사업에 대하여 이 사건 조례에서 규정한 설립목적에 반하는 행위를 할 수 없는 점, ⑤ 원고는 위탁관리 업무와 관련하여 관계 공무원으로 하여금 이 사건 복지관의 운영상황을 조사하거나 관련서류를 검사하게 할 수 있으며, 한국노총지부에게 필요한 보고를 명하여 지도・감독을 할 수 있는 점,\u3000 ⑥ 원고는 필요시 이 사건 복지관을 우선적으로 사용할 수 있는 권리가 부여된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 복지관을 신축하여 한국노총지부에 관리를 위탁한 것은 근로자의 공공복지라는 목적을 실현하기 위한 것으로서 지방자치단체의 고유 사무에 속하는 부가가치세 면세 사업에 해당하는 것으로 보일 뿐, 원고의 주장과 같이 원고의 부동산임대사업의 일환으로 이루어진 것으로 보이지 아니한다.

(3) 평등원칙 위반에 관한 부분을 포함하여 원고의 주장은 원고가 이 사건 복지관을 한국노총지부에 관리를 위탁한 것이 원고의 부동산임대업의 일환으로 이루어진 것을 전제로 한 것이므로, 나아가 살필 것 없이 이유 없다.

마. 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분에 관한 판단

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1996. 2. 9. 선고 95누3596 판결 참조).

(2) 앞서 인정한 사실관계에 따르면, 매입세액의 과다 공제 또는 이 사건 처분의 부가가치세 상당액의 과다 환급은 원고가 제때 관련 부가가치세액을 신고・납부한 이후에 한 경정청구에 대하여 피고가 이 사건 복지관의 운영이나 관련 위탁관리계약의 성격을 잘못 파악하여 관련 매입세액을 공제하기로 결정한 것에 주로 기인하므로 그 환급의 잘못에 대한 책임은 과세관청에 있다고 보인다. 따라서 이 사건 처분의 부가가치세액에 관한 원고의 초과환급신고나 납부지연에 대하여는 가산세를 부과하는 행정상 제재를 할 수 없다고 봄이 타당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구 중 [별지 1] 처분목록의 본세 부분에 관한 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 가산세 부분에 관한 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.