청구인은 서울특별시 마포구 OOO동 OOO를 사업장으로 하여 89.11.21 처분청으로부터 영위업종을 소매 서적으로 면세사업자용 사업자등록증을 교부 받아 사용하다가 93.5.18 과세사업자용 사업자등록증을 교부받고 93.1.1～93.6.30 기간동안의 부가가치세를 신고하면서 93.1.1～93.5.6 기간동안 수취한 면세사업자용 사업자등록번호를 기재한 세금계산서 31매 공급가액 131,584,678원, 매입세액 13,158,467원(이하 “쟁점세금계산서” 혹은 “쟁점매입세액”이라 한다)에 대한 매입세액을 공제신고하였다.

처분청은 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 보아 매입세액불공제하고 95.1.15 청구인에게 93년 제1기분 부가가치세 15,534,340원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.3.3 심사청구를 거쳐 95.5.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인이 89.11.20자 처분청에 사업자등록신청을 하고 등록증을 교부받은 것은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 규정하는 동법 제5조 제1항의 사업자등록에 해당하는 것이고, 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 것은 처분청의 조사에 따라 면세사업자로 분류된데 기인한 것이므로 이와 같이 처분청의 업무 잘못으로 면세사업자로 처리됨으로써 납세자가 적법한 사업자등록을 하지 아니한 것과 같이 되어 불이익을 받게됨은 신의성실원칙에 어긋난다 할 것이고, 처분청은 청구인이 93.5.18자 사업자등록 정정신고를 한 것을 사업자등록으로 보았으나 청구인은 업태와 종목을 변경한 일이 없으므로 등록사항을 정정할 필요는 없었으나 처분청의 업무착오를 시정하는 조치에 순응하는 편법으로 정정신고를 하였을 뿐인데 이를 신규사업자등록과 같이 취급하여 쟁점매입세액을 등록전 매입세액이라 하여 불공제하였음은 부당하다.

나. 국세청장 의견

이 건은 면세사업자로 등록하여 사업을 영위하던 자가 과세사업자로 변경한 경우로 매입세액은 면세사업에서 과세사업으로 사업자등록을 정정신청한 날부터 받을 수 있는 것이므로 청구인이 과세사업자로 정정신고하기 전에 수취한 쟁점세금계산서는 매입세액 공제대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 쟁점은 쟁점매입세액이 등록전매입세액이어서 불공제대상으로 볼 수 있는지를 가리는 데 있다.

나. 부가가치세법 제5조 제1항에 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

한편, 소득세법 제197조의2에는 신규로 사업을 개시하는 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 등록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 제3항에는 위 부가가치세법 제5조의 규정은 이법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에게 준용한다고 규정되어 있다.

또한, 부가가치세법 제17조 제2항 본문 및 제5호에는 위 부가가치세법 제5조 제1항에 의한 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

청구인의 이 건 사업자등록 및 정정신청과 처분청의 사업자등록증 교부경위를 보면,

청구인이 89.11.20 면세업종인 『소매, 서적』으로 사업자등록신청을 하자 처분청은 면세사업자(등록번호 OOO)로 사업자등록증을 교부하였고, 91.7 청구인이 당초 등록한 업종인 소매서적외에 부가가치세 과세종목인 비디오테프를 추가하여 부가가치세법 제5조 제4항의 규정에 의한 서식을 사용하여 『사업자등록정정신고서』를 제출하였으나 처분청은 청구인에게 이미 교부한 위 면세사업자용의 사업자등록증에 동 종목만을 추가하여 사업자등록증을 교부하였다.

이에 청구인은 93.5.18 위 91.7 『사업자등록정정신고서』와 같은 내용에 면세판정을 잘못하였다는 내용을 기재하여 다시 정정신고를 하자 처분청은 이때서야 비로소 부가가치세 과세사업자용 사업자등록증(OOO)을 교부하였음이 관련 사업자등록신청서, 사업자등록정정신고서, 사업자등록증에 의하여 확인된다.

위와 같은 사업자등록신청 및 정정교부 경위와 처분청이 93.5.18 이전 수취한 세금계산서상의 매입세액을 불공제한 사실로 보아 처분청은 청구인이 91.7 부가가치세 과세종목을 추가하여 사업자등록정정신고한 사실은 고려함이 없이 93.5.18 처분청이 과세사업자용 사업자등록증을 교부하기 이전의 기간을 등록전의 기간으로 보았음을 알 수 있는 바,

비록 청구인이 면세사업자에서 과세 및 면세사업자, 즉, 겸업사업자로 전환하면서 전시한 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 따라 새로운 사업자등록 신청은 하지 아니하였으나 부가가치세법에 의한 부가가치세 과세사업자가 등록사항 정정시 사용하는 서식으로 『사업자등록정정신고』를 하였으며, 청구인이 위와 같이 정정등록신고한 데 대하여 처분청은 조금만 주의를 하였더라도 추가된 업종인 비디오테프 소매업을 부가가치세 면세대상이 아님을 알 수 있었을 것이나 부가가치세법시행령 제11조 제2항에 “등록정정신고를 받은 세무서장은 정정내용을 확인하고 사업자등록증의 기재사항을 정정하여 교부하여야 한다”고 규정하고 있음에도 이를 소홀히 하여 청구인을 또다시 면세사업자로 판정하여 사업자등록증을 교부함으로써 청구인이 자신의 정정신고한 업종이 부가가치세 면세사업인줄 잘못 알게끔 한 잘못이 있다 하겠다.

이렇게 처분청의 잘못이 인정되는 경우이고, 이후 위와 같은 처분청의 잘못을 청구인 스스로 다시 『사업자등록정정신고』를 하는 방법으로 시정을 요구하여 처분청이 비로소 면세사업자로 잘못 교부된 사업자등록증을 과세사업자로 정정하여 교부하였다면 적어도 부가가치세 과세사업자로 사업자등록증이 정정교부된 날이 속한 과세 기간내에 수취한 세금계산서는 비록 종전의 면세사업자등록번호를 기재한 세금계산서를 제출하여 매입세액 공제신고를 하였다하여도 관련 매입세액은 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.