가.청구법인은 알루미늄 파이프를 제조하는 회사로 2005년 제2기에 주식회사 OOO(사업장: OOO, 업종:비철금속 도매업, 이하 “OOO”이라 한다)로부터 공급가액 OOO(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련거래를 “쟁점거래”라 한다)의 세금계산서 11매를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다.

나.OOO세무서장은 2011년 11월경 OOO의 2005년 제2기 거래에 대한 거래질서관련조사를 실시하여, OOO의 해당기간 모든 거래를 실물거래 없이 ‘가공세금계산서’를 발급한 것으로 보아 처분청에 과세자료 통보하였다.

다.처분청은 OOO 기간동안 청구법인의 2005년 제2기 부가가치세 부분조사를 실시하여 청구법인의 원재료 수불대장 및 매입대금 지급사실 등을 확인한 후, 쟁점세금계산서를 ‘공급자가 사실과 다른 세금계산서’로 보아 매입세액을 불공제하여 OOO 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 OOO, 2005사업연도 법인세(가산세) OOO 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2005년 제2기에 OOO으로부터 폐전선을 분쇄한 알루미늄 스크랩OOO을 매입하였는바, 구입당시 OOO의 사장을 만나 사업자등록증 및 사업장 실지여부를 확인하였고, 알루미늄 스크랩의 품질상태를 직접 확인한 후 매입하였으며, 거래가 있을 때마다 무게를 계량하고 수불원장에 기록하여 입출고 내역이 모두 확인되며, 거래대금을 계좌이체하거나 OOO으로부터 기업구매자금을 대출받아 지급하여 대가지급 근거가 명확하다.

처분청은 청구법인이 작성한 계량증명서에 쟁점거래의 거래처명이 OOO이 아니라 OOO으로 기록된 점을 들어 쟁점세금계산서가 ‘사실과 다른 세금계산서’라는 근거로 삼았으나, 청구법인의 직원이 OOO를 OOO로 번역하여 작성한 것일 뿐 다른 거래처가 있었던 것은 아니므로 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서이다.

설령, 쟁점거래와 관련하여 청구법인에게 사업자등록증을 제시하여 상담하고 알루미늄 스크랩을 공급하고 세금계산서를 발급해준 사업자가 OOO의 사업자등록증을 도용했다고 하더라도, 청구법인은 거래처 위장사실을 알 수가 없었는바, 청구법인은 선량한 관리자로서 주의의무를 다한 것이므로 OOO세무서장이 쟁점세금계산의 발행자인 OOO을 자료상으로 확정지었다는 사실만으로 청구법인의 쟁점거래를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 부당하며, 청구법인이 OOO과의 최초 거래는 2004년에 시작되었으며 OOO에 대한 OOO세무서장의 세무조사시 소명자료 제출로 선의거래가 소명된 것으로 알고 있었는데 첫거래부터 9년여가 지나서 청구법인에게 선의의 입증책임을 묻는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO의 2005년 제2기 거래에 대하여 OOO세무서장이 거래질서 조사를 실시한 바에 따르면, OOO의 2005년 제2기 부가가치세 매입신고액은 전액 재활용폐자원매입액이나 제출한 ‘재활용폐자원 및 중고품 매입세액 공제신고서’상 공급자들이 근로소득자, 사망자, 원거리 거주자로 확인되어 매입액 전액을 부인하고 OOO의 모든 거래를 가공거래로 보아 “가짜세금계산서판매상”으로 확정하였으므로, 청구법인이 쟁점거래의 알루미늄 스크랩을 OOO으로부터 매입하였다는 주장은 타당하지 않다.

청구법인은 OOO의 사장을 만나 사업자등록증, 알루미늄 스크랩의 품질 등을 직접 확인하였다고 주장하나, OOO의 사업장 소재지는 서울에 있는 오피스텔로 폐자원 수십 톤을 보관할 장소로 적합하지 않으며 별도의 하치장이나 야적장 등을 국세청에 신고한 바가 없음에도, 청구법인이 11회에 달하는 쟁점거래와 관련하여 OOO의 하치장이나 화물발송처를 확인하지 않았다는 것은 OOO이 가짜세금계산서를 발행하는 자료상이라는 사실을 알지 못한 데에 선량한 관리자로서 주의의무를 다했다고 할 수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 관련 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법률 : <별지>기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면,OOO은 OOO에서 비철, 금속도매업을 목적으로 OOO 개업하여 OOO 폐업한 법인으로, 2005년 제2기에 주식회사 OOO에 OOO의 거짓세금계산서를 발급한 혐의로 2011년 11월 OOO세무서장으로부터 거짓세금계산서교부자 조사를 받은 사실이 있으나, 대표자 OOO와는 연락이 두절되어 매입처 및 매출처조사가 실시되었으며, OOO의 OOO가 OOO과 같은 업종으로 운영한 6개 업체 중 4개 업체가 자료상으로 확정되고 OOO가 3차례 고발된 이력이 있는 사실, 매입처 조사결과 신고 매입액 OOO은 전액 비사업자로부터 매입한 재활용폐자원매입액이나 근로소득등 타소득이 있는 자및 사망자로부터 매입한 금액이 40%에 이르고, 기타 대구, 부산 등 원거리 거주자, OOO의 다른 사업장 자료상조사시 재활용폐자원매입세액 불공제된 자들로부터 매입한 것으로 확인된 사실을 바탕으로, 재활용폐자원매입세액 전액을 불공제하였고, 매출처에 대한 조사를 실시하여 청구법인을 포함한 10개 매출처 매출액 OOO 전액을 아래 <표1>과 같이 가공거래로 확정하였다.

<표1> OOO의 2005년 제2기 매출처별 가짜세금계산서 발급내역

(2)처분청이 OOO세무서장의 통보자료에 따라 청구법인에 실시한 부가가치세 부분조사 결과에 따르면,청구법인의 2005년 제2기 부가 가치세 과세기간의 매출액은 OOO, 매입액은 OOO이고, 매입액 중 OOO은 OOO 기간동안 OOO으로 부터 매입한 것으로청구법인은 계량증명서와 제품수불부를 작성하였고,대금지급은 아래 <표2>와 같이 대부분 거래즉시 계좌송금한 것으로 나타나는바,청구법인이 작성한 계량증명서에는 거래처명에 일부 ‘OOO’이라고 인쇄된 용지를 사용한 것도 있고, 일부는 수기로 OOO을 추가 기재한 것도 있으며, 일부는 거래처명이 기재되지 않은 것도 있음이 확인되었다.

<표2> 청구법인과 OOO의 거래내역

(3)청구법인의 전 대표이사 OOO가 2014.4.23. 조세심판관회의에 출석하여 ‘청구법인이OOO과 거래하게 된 동기는 청구법인의 용해팀장 OOO이 OOO으로부터 알루미늄폐자원 샘플을 가지고 와서 소개하여 거래를 하게 되었고, OOO의 사업자등록상 사무실은 OOO 근처에 있었으나 작업장은 난지도 나대지에 있다고 하여 난지도에 직접 가서 현장확인한 후 거래하였으며, 물건은 OOO에서 나오는 폐전선에서 추출한 것인데 사용해보니 순도가 99%를 넘어 품질이 좋았고, 청구법인은 당시 주로 조달청이나 비철조합 등을 통해서 공급받았는데 공급이 충분치 않아 OOO으로부터 공급받은 후, OOO이 물건을 주다가 말다가 하여 알아보니 한전에서 물건 나올 때만 공급이 가능하다고 하여 OOO과 작업장을 방문해 본 결과 알루미늄스크랩은 폐전선에서 외피와 철심을 제거하고 알루미늄을 분리시켜 추출하는데 7, 8명이 철심제거 작업을 하고 있었고 그 후 거래를 계속한 것으로, 청구법인과 OOO 간의 거래는 2004년 말에 처음 시작되었고, 거래후 6년 6개월이 지난 2011년 6월에 OOO세무서에서 청구법인에게 OOO과의 거래자료 소명하라고 요구하여 당시 세금 계산서, 계량확인서, 금융거래증빙을 모두 제출하였고, 그 후 한동안 추가소명요구가 없어 문제가 없는 것으로 알고 있었는데, 그로부터 다시 2년이 지나 2013년 7월에 청구법인에게 OOO과의 거래시실을 소명하라고 하면서 선의의 입증책임이 납세자에게 있다고 하여 입증이 충분하지 못하다고 선의를 부인한 처분은 너무 가혹합니다’라고 진술하였다.

(4)청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 실물거래증빙으로 계량증명서, 제품수불부,대금지급 금융증빙을 OOO세무서장에게 제출하였고, OOO세무서장은 조사법인의매입처에 대한 전수조사 없이 부분조사와 매출자의 사업자의 이력 등에 근거하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정하였고, 처분청은 청구법인의 2005년 제2기 부가가치세과세기간의매출액OOO의 실물거래를 인정하면서 매입액 OOO 중 OOO과의 거래액인 OOO만을 사실과 다른 거래로 보아 이 건을 과세하였는바, OOO세무서장과 처분청은 청구법인의 제출증빙 등에 대한 구체적인 조사없이 OOO이 자료상이라는 사실만을 근거로 하여 과세한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO세무서장의 통보자료에 의해 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 처분을 하였으나, OOO세무서장은 청구법인이 실물거래증빙으로 제시한 계량증명서, 제품수불부,대금지급 금융증빙에 대한 구체적인 조사없이쟁점세금계산서를 발행한 OOO에 대한 조사(조사법인의 매입처에 대한 전수조사 없이 부분조사와 매출자의 사업자이력 등에 근거하여 자료상으로 확정)만으로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 확정한 점, 처분청은 청구법인의 매출액과 매입액을 조사하면서 청구법인 제출증빙에 대한 확인없이 OOO세무서장의 과세자료 등에 의존하여 과세한 것으로 보이는 점, 조세심판관회의시 청구법인의 전 대표이사 진술 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서인지, 청구법인이 쟁점거래를 함에 있어 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1)부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것)

제17조(납부세액)

① (생 략)

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(이하 생략)