원심판결 이유에 의하면 원심은 직권으로 거시증거에 의하여 원고 1이 피고 개포세무서장으로부터 이 사건 부과처분을 고지받고 1989.12.13. 국세청장에게 심사청구를 하고 1990.2.9. 그 심사청구가 기각되자 1990.4.6. 국세심판소에 심판청구를 하였으나 1990.9.24.에야 비로소 심판청구를 기각하는 국세심판결정이 내려지고 그 무렵 그 결정이 위 원고에게 송달된 사실, 원고 2가 피고 서부세무서장으로부터 이 사건 부과처분을 고지받고 1990.1.13. 국세청장에게 심사청구를 하고 1990.2.26. 그 심사청구가 기각되자(1990.3.8. 그 기각결정이 위 원고에게 송달됨) 1990.4.28. 국세심판소에 심판청구를 하였으나 1990.9.13. 에야 비로소 심판청구를 기각하는 국세심판 결정이 내려지고 그 무렵 그 결정이 위 원고에게 송달된 사실을 인정한 다음 위 인정사실에 의하면 원고 1은 1990.4.6.이 사건 부과처분에 대한 국세심판 청구를 하였으나 이로부터 90일 이내인 1990.7.5.까지 위 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지 못하였고 국세심판소장으로부터 심판청구에 내용이나 절차에 관하여 보정 요구를 받았다고 볼 만한 자료도 없으므로 이로부터 60일 이내인 1990.9.4.까지 행정소송을 제기하여야 하고, 원고 2는 1990.4.28. 이 사건 부과처분에 대한 국세심판청구를 하였으나 이로부터 90일 이내인 1990.7.27.까지 위 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지 못하였고 국세심판소장으로부터 위와 같은 보정 요구를 받았다고 볼 만한 자료도 없으므로 이로부터 60일 이내인 1990.9.26.까지 행정소송을 제기하여야 함에도 불구하고 원고들이 1990.11.13.에야 이 사건 소를 제기하였음이 기록상 명백하여 이 사건 각 소는 그 제소기간이 도과된 후에 제기되어 부적법하다고 판시하였다.

그러나 국세기본법 제81조 , 제63조 제1항 , 제65조 제4항 에 의하면 국세심판소장은 심판청구의 내용이나 절차에 관하여 상당한 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있고 이 보정기간은 결정기간에 산입하지 아니한다고 규정하고 있어 이와 같은 보정요구가 있는 경우에는 국세심판청구가 있는 날로부터 90일이 경과한 사실만으로 기각된 것으로 간주될 수는 없는 것이므로 원심으로서는 막바로 소가 부적법하다는 이유로 각하할 것이 아니라 직권으로 그와 같은 보정요구사실의 유무나 실제로 원고들이 제소기간을 도과한 것인지의 여부를 석명하여 그 사실관계를 명확히 한 다음 소의 적법여부를 판단하였어야 할 것인데 이에 이르지 아니한 원심판결에는 국세심판의 결정기간에 관한 법리를 오해하였거나 직권조사 사항에 관한 심리를 미진한 위법이 있다고 할 것이고 이는 판결결과에 영향을 미쳤다 할 것이므로 논지는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.